Christophe Dessimoz – Lauréat du Prix SIB 2012 pour les jeunes chercheurs en bioinformatique
Christophe Dessimoz a reçu le prix SIB Early Career Bioinformatician Award pour son projet intitulé « Résoudre la conjecture orthologique : les orthologues ont tendance à être faiblement, mais significativement, plus similaires en termes de fonction que les paralogues ». Ce projet s'inscrivait dans le cadre des travaux postdoctoraux de Christophe au sein de l'équipe du chef de groupe SIB Gaston Gonnet à l'ETH Zurich, et a été mené en étroite collaboration avec le chef de groupe SIB Marc Robinson-Rechavi à l'Université de Lausanne.
Aujourd'hui, Christophe bénéficie d'une chaire SNSF à l'Université de Lausanne et a créé son propre groupe de recherche, le Laboratoire de biologie évolutive computationnelle et de génomique, afin d'étudier les relations évolutives et fonctionnelles entre les gènes de nombreuses espèces. Son groupe développe également OMA, la base de données orthologique et la ressource SIB. Pour en savoir plus sur les intérêts de recherche de Christophe, consultez la page web du groupe, regardez la vidéo enthousiaste du laboratoire et suivez @cdessimoz sur Twitter.
À propos des SIB Bioinformatics Awards et de notre série d'entretiens « Rencontre avec les anciens lauréats des SIB Awards »
Lancés en 2008 dans le but de distinguer de jeunes bioinformaticiens en Suisse, les SIB Bioinformatics Awards ont depuis parcouru un long chemin : d'un seul prix national à trois prix différents aujourd'hui, récompensant 1) des bioinformaticiens internationaux en début de carrière (SIB Early Career Bioinformatician Award), 2) l'excellence au sein de la communauté suisse des doctorants (SIB Best Swiss Bioinformatics Graduate Paper Award) et 3) des ressources bioinformatiques innovantes (SIB Bioinformatics Resource Innovation Award). Au fil des ans, 21 prix ont été décernés, récompensant neuf lauréats pour leur début de carrière exceptionnel, dix étudiants diplômés pour l'excellence de leurs publications et deux ressources bioinformatiques pour leur caractère innovant.
En 2019, les SIB Bioinformatics Awards seront décernés pour la10e fois, ce qui sera l'occasion de retrouver les anciens lauréats et de leur demander où ils en sont dans leur carrière : cette interview fait partie d'une série qui vous invite à rencontrer les anciens lauréats des SIB Bioinformatics Awards.
À quel stade de votre carrière étiez-vous lorsque vous avez reçu le prix SIB ? Qu'avez-vous ressenti ? Quel était le principal centre d'intérêt de vos recherches à cette époque ?
Lorsque j'ai appris que j'avais remporté ce prix, je venais de quitter l'ETH Zurich pour rejoindre l'Institut européen de bioinformatique (EMBL) dans le cadre d'un deuxième post-doctorat. Je me souviens que c'était une période intense. Je venais d'avoir un enfant, j'étais dans un nouveau pays, j'essayais de terminer plusieurs articles que j'avais commencés à Zurich et, en même temps, je découvrais un tout nouvel univers scientifique. L'EBI est un endroit incroyable pour les bioinformaticiens : tout le magnifique campus est dédié à la bioinformatique, avec de nombreuses interactions, des séminaires, des cours et des visiteurs. C'est un peu comme être aux SIB Days tous les jours ! Mais parmi tant de modèles et de pairs partageant les mêmes idées, il est aussi beaucoup plus difficile de se démarquer, de faire la différence. Recevoir le prix SIB m'a donné confiance.
À l'époque, nous étudiions ce qui allait devenir la « conjecture orthologique », l'hypothèse commune selon laquelle les orthologues (gènes divergeant par spéciation) ont tendance à être fonctionnellement plus proches que les paralogues (gènes divergeant par duplication). Notre étude a fini par corroborer cette théorie, mais seulement après avoir découvert et modélisé des biais jusqu'alors inconnus dans les annotations des fonctions génétiques.
Quels sont vos domaines de recherche actuels ?
Notre laboratoire tente d'élucider les relations évolutives et fonctionnelles entre les gènes de nombreuses espèces. Nous développons des méthodes et des ressources bioinformatiques, que nous appliquons en collaboration avec des expérimentateurs. Cela nous permet de travailler sur des sujets très variés, couvrant l'ensemble de l'arbre de la vie. Ces dernières années, nous avons mené des projets sur la biotechnologie agricole, la détection des épidémies bactériennes, la phylogénie des vers plats, l'émergence de l'écholocation chez les chauves-souris, la fusion membranaire chez les archées, ou encore le furet comme modèle pour les maladies respiratoires !
Selon vous, quelle est la découverte la plus fascinante rendue possible par la bioinformatique ?
Il est difficile aujourd'hui de penser à une découverte biologique qui ne fasse pas appel à la bioinformatique ! Mais si je devais n'en citer qu'une, je choisirais la reconstruction et l'annotation du génome humain, où la bioinformatique a joué un rôle primordial.
Il reste encore beaucoup à faire. Le meilleur de la bioinformatique est encore devant nous !
Un message pour la future génération de bioinformaticiens ?
Il reste encore beaucoup à faire. Le meilleur de la bioinformatique est encore devant nous !
