Formazione

Il gruppo SIB Training garantisce che la Svizzera mantenga una forza lavoro altamente qualificata nel settore delle scienze della vita e della salute, sempre più orientato all'uso intensivo dei dati. A tal fine, organizziamo corsi di formazione e promuoviamo collaborazioni internazionali. In questa pagina potete anche scoprire chi formiamo e come rendiamo il nostro Training aperta e FAIR.

Concentrati sulla missione del gruppo

Il gruppo Training del SIB, guidato da Patricia Palagi, coordina l'offerta formativa e i corsi di bioinformatica dell'istituto. Attraverso le sue attività, garantisce che la prossima generazione di bioinformatici e scienziati biologici possa sfruttare al meglio gli ultimi progressi nel campo della biologia computazionale.

I nostri corsi sono unici: tenuti da esperti, aggiornati e pratici. Integrano l'insegnamento delle università svizzere, con cui collaboriamo. In qualità di leader nelle linee guida aperte e FAIR* per i materiali didattici, ci impegniamo anche a responsabilizzare altri formatori in tutto il mondo attraverso lo sviluppo di standard e il rafforzamento delle capacità.

Patricia Palagi

Direttore del gruppo formazione del SIB

Rispondere alle esigenze formative

Dalle lezioni in presenza e in streaming ai materiali liberamente accessibili, alle registrazioni e ai moduli di e-learning, viene offerta una vasta gamma di contenuti e argomenti aggiornati regolarmente. Sono progettati per soddisfare le esigenze di Training in bioinformatica di tutti gli attori del settore delle scienze della vita, dal mondo accademico al settore privato, compresi dottorandi, ricercatori post-dottorato e professionisti della salute. Scopri tutti i corsi in programma erimani informato. Se hai bisogno di Training in un'area della bioinformatica attualmente non coperta,faccelo sapere.

Collaborazioni internazionali

Il gruppo Training collabora a progetti di formazione paneuropei e internazionali, insieme alla più ampia comunità bioinformatica di ELIXIR, GOBLET e ISCB. Ad esempio, il gruppo Training co-dirige o è coinvolto nei seguenti progetti:

ELIXIR-STEERS: contribuisce a potenziare i nodi ELIXIR per fornire corsi di formazione migliori.
Pathogen Data Network (PDN): contribuisce allo sviluppo e alla realizzazione di corsi mirati.
EOSC-FIDELIS: contribuisce a promuovere lo sviluppo e il funzionamento di una rete europea di archivi affidabili.
ELIXIR-GOBLET Train-the-Trainer: co-guida il programma ELIXIR e GOBLET, che consente ai ricercatori di fornire una formazione di alta qualità.
Co-direzione dell'ISCB Education COSI, che promuove la collaborazione nell'ambito dell'istruzione e della formazione in bioinformatica.

Persone

I corsi di formazione SIB sono sviluppati e tenuti in collaborazione dal personale del gruppo di formazione, dai membri del SIB e da esperti nazionali e internazionali, garantendo un'istruzione di livello mondiale.

Chi formiamo?

Offriamo una ricca gamma di corsi a studenti, ricercatori, bioinformatici, programmatori, tecnici e professionisti clinici provenienti dal mondo accademico e industriale. I partecipanti provenienti dalla Svizzera e dall'estero hanno così la possibilità di affinare le loro competenze in tutto lo spettro delle tecniche, dei metodi e degli strumenti della bioinformatica.

Corsi per scienziati

Offriamo corsi per ricercatori di tutti i livelli: dottorandi e post-dottorandi, scienziati senior, ricercatori principali, nonché personale di ricerca come programmatori, tecnici o bioinformatici, provenienti dalla Svizzera o dall'estero. I partecipanti provenienti dall'industria sono invitati a frequentare i corsi del SIB per sviluppare rapidamente competenze in un'area specifica, come la genomica, la proteomica e la biologia dei sistemi.

Per sostenere in modo specifico i dottorandi in Svizzera che svolgono ricerche nel campo della bioinformatica o della biologia computazionale, l'istituto gestisce la rete di formazione SIB PhD Training Network.

Siete alla ricerca di una nuova sfida o di un cambiamento di carriera? I corsi del SIB sono aperti anche a partecipanti con un background scientifico che desiderano seguire una formazione aggiuntiva.

Visualizza i prossimi corsi

Di seguito puoi trovare anche i vari diplomi accademici disponibili in Svizzera per diventare bioinformatico.

Corsi privati per aziende

Che siate una startup, una piccola o media impresa o una multinazionale, l'offerta formativa del SIB può essere personalizzata in base alle esigenze specifiche della vostra attività. Questi corsi possono essere svolti sia in presenza che online.

Contattaci per discutere di qualsiasi Training in bioinformatica di cui potresti aver bisogno.

Corsi per professionisti clinici

I nostri corsi sono sviluppati in collaborazione con gli operatori clinici e sono progettati per integrarsi perfettamente nei loro programmi di formazione continua. L'obiettivo principale di questi corsi è fornire ai professionisti clinici, come medici, clinici e professionisti di laboratori medici, una comprensione completa dei concetti fondamentali di bioinformatica che sono cruciali per l'analisi, l'interpretazione e la gestione dei dati molecolari e le loro applicazioni pratiche in ambito clinico.

Questo corso regolare è:

Certificato di studi avanzati (CAS) in oncologia molecolare personalizzata, in collaborazione con gli ospedali universitari di Basilea e Losanna e l'Università di Basilea.

Titoli accademici in Svizzera che consentono di intraprendere una carriera nel campo della bioinformatica

Laurea triennale in Scienze computazionali – Università di Basilea
Laurea magistrale in Bioinformatica e Biologia computazionale – Università di Berna e Università di Friburgo
Laurea magistrale in Biologia computazionale e bioinformatica – ETH Zurigo, Università di Zurigo e Università di Basilea
Laurea magistrale in Scienze della vita molecolari con specializzazione in bioinformatica – Università di Losanna
Laurea magistrale in Biologia con specializzazione in bioinformatica e Analisi dei dati biologici – Università di Ginevra

Il gruppo SIB Training si impegna a rendere i materiali didattici accessibili e riutilizzabili da tutti. Lo facciamo non solo condividendo i nostri materiali didattici, ma anche sostenendo chi fa lo stesso e partecipando allo sviluppo di standard.

Formazione aperta e FAIR

Ci impegniamo a rendere i materiali di training accessibili e riutilizzabili da tutti. Lo facciamo non solo condividendo i nostri materiali di training, ma anche sostenendo chi fa lo stesso e partecipando allo sviluppo di standard.

I vantaggi della condivisione

Hai mai imparato qualcosa da un tutorial o da un corso online aperto? Beh, non sei il solo. Al giorno d'oggi, i materiali didattici disponibili gratuitamente online fanno parte del percorso di apprendimento di quasi tutti. Un numero crescente di educatori condivide i propri materiali, perché questo amplia il loro pubblico, incoraggia la collaborazione e permette loro di ottenere riconoscimento per il proprio lavoro. Tuttavia, condividere con l'obiettivo di riutilizzare non è un compito facile. Ad esempio, il materiale deve essere accessibile con link stabili, avere descrizioni standardizzate e deve essere facile da trovare. Le migliori pratiche Open Research Data e i principi FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, and Reusable) sono stati sviluppati per supportare il riutilizzo degli oggetti digitali. Nel gruppo SIB Training, applichiamo e aiutiamo altri a implementare queste pratiche per i materiali didattici.

Iniziative di training aperte e FAIR

Il gruppo SIB Training è stato e continua ad essere coinvolto in diverse iniziative volte a promuovere la formazione aperta e FAIR, sia all'interno che all'esterno del SIB. Solide collaborazioni internazionali sono molto importanti perché la descrizione e l'indicizzazione dei materiali di formazione richiedono standard comuni con un'ampia base di supporto.

Collaborazioni internazionali attuali e passate e risultati ottenuti:

Dieci semplici regole per rendere i materiali di formazione FAIR: un documento fondamentale sulla creazione di materiali di formazione FAIR. Sviluppato dalla piattaforma di formazione ELIXIR
Manuale di formazione FAIR: una guida per rendere i materiali didattici FAIR. Sviluppato dalla piattaforma di formazione ELIXIR
Co-direzione del gruppo di lavoro sulla formazione FAIR di ELIXIR
Profili di formazione Bioschemas: uno standard per descrivere il materiale didattico e i corsi. Sviluppato dal gruppo di lavoro ELIXIR FAIR Training Focus, GOBLET e ISCB.

Attività interne e risultati:

Materiali didattici SIB aperti e FAIR
Glittr.org: un database di materiali di formazione aperti ospitati su GitHub e GitLab
Task force di formazione FAIR: un gruppo di appassionati di formazione FAIR all'interno del SIB che mira a catalizzare le pratiche di formazione FAIR all'interno del SIB, istituzioni nazionali e internazionali.

Cerchi supporto per condividere i tuoi materiali di formazione? Vuoi saperne di più sull'applicazione dei principi FAIR ai materiali di formazione o vuoi collaborare con noi? Contatta Geert van Geest.

Comitato consultivo per la Training

Nel Comitato Formazione vengono discussi e decisi gli orientamenti strategici e il concetto delle attività di formazione. Esso è composto dai responsabili del Gruppo Il SIB maggiormente coinvolti nelle attività di formazione, ovvero:

Relazione: Sfruttare il potenziale dei grafici di conoscenza per i metadati sulla formazione Panouris , D. et al. OSF.

Report: Data sharing and reuse under GDPR - BY-COVID Fest workshop report. Saldner, S. et al. Zenodo.
Report: BY-COVID D6.2 Training efforts report. Palagi, P. et al. Zenodo.
Article: Using Glittr.org to find, compare and re-use online materials for training and education. van Geest G. et al. PLoS ONE 19(12): e0308729.
Article: The ELIXIR Biodiversity Community: Understanding short- and long-term changes in biodiversity. Waterhouse, R. et al. F1000Res. 2024 May 22;12:ELIXIR-499.
Article: A research data management (RDM) community for ELIXIR. D'Anna, F. et al. F1000Res; 2024.
Article: ELIXIR fair training handbook. Holinski, A. et al. Zenodo; 2024. Read the news

Article: Bioschemas training profiles: A set of specifications for standardizing training information to facilitate the discovery of training programs and resources. Castro LJ. et al. PLoS Comput Biol. 2023.
Article: Grand challenges in bioinformatics education and training. Büşra Işık, E. et al. Nat Biotechnol. 2023.
Article: An international consensus on effective, inclusive, and career-spanning short-format training in the life sciences and beyond. Williams, J. et al. PLoS One. 2023.
Article: Beyond COVID - how the BY-COVID project is increasing European pandemic preparedness. Lauer, K. et.al (2023). Zenodo.
Article: Ten simple rules for writing a PLOS Computational Biology quick tips article.Palagi PM, Schwartz R, Markel S, Ouellette BFF (2023). PLoS Comput Biol 19(12): e1011689.

Article: Community-driven ELIXIR activities in single-cell omics. Czarnewski P, Mahfouz A, Calogero RA et al. Community-driven ELIXIR activities in single-cell omics [version 1; peer review: awaiting peer review]. F1000Research 2022, 11(ELIXIR):869
Article: Ten simple rules for good research practice. Simon Schwab, Perrine Janiaud, Michael Dayan, Valentin Amrhein, Radoslaw Panczak, Patricia M. Palagi, Lars G. Hemkens, Meike Ramon, Nicolas Rothen, Stephen Senn, Eva Furrer, Leonhard Held. PLoS Computational Biology, 2022 June 23.

Article: Ten simple rules in good research practice for early career researchers. Simon Schwab, Perrine Janiaud, Michael Dayan, Valentin Amrhein, Radoslaw Panczak, Patricia Palagi, Lars M. Hemkens, Meike G. Ramon, Nicolas Rothen, Stephen Senn. 2021,OSF Preprint.
Article: ELIXIR‐EXCELERATE: establishing Europe's data infrastructure for the life science research of the future. Jennifer Harrow, John Hancock, Niklas Blomberg, Søren Brunak, Salvador Capella‐Gutierrez, Christine Durinx, Chris T Evelo, Carole Goble, Ivo Gut, Jon Ison, Thomas Keane, Brane Leskošek, Luděk Matyska, Johanna McEntyre, Célia Miguel, Arcadi Navarro, Steven Newhouse, Tommi Nyrönen, Patricia Palagi, Bengt Persson, Cyril Pommier, Jordi Rambla, Marco Roos, Gabriella Rustici, Andrew Smith, Alfonso Valencia, Celia van Gelder, Jiri Vondrasek, Nils Peder Willassen, Juan Arenas, Helen Parkinson, Robert D Finn, Sergi Beltran, Leslie Matalonga, Hannah Hurst, Paul Kersey, Ilkka Lappalainen, Pascal Kahlem, Gary Saunders, Sirarat Sarntivijai, Rachel Drysdale, Johnathan Tedds, Jeremy Lanfear. The EMBO Journal,40, 6, e107409, 2021.
Report: Copyright Guidelines - How to acknowledge and be acknowledged in training material. Frédéric Schütz, Clement Parisato, Valeria Di Cola, Monique Zahn, Patricia M. Palagi. 2021 November 29.
Presentation: Making training materials FAIR experiences, challenges, solutions. Saskia Hiltemann, Anna Swan, Verena Ras, Maria Doyle, Melissa Burke, Patricia M. Palagi, Celia W.G van Gelder. 2021 July 25.
Presentation: Open and FAIR in bioinformatics and training. Patricia M. Palagi. 2021 March, Open Science Zurich, 04 March 2021, online.

Report: Lessons learned when moving SIB Training courses from in-person to online – anything in bioinformatics can be taught online, but not anyhow. Patricia M. Palagi. 2020 September 17.
Article: Biocuration - mapping resources and needs. Alexandra Holinski, Melissa L. Burke, Sarah L. Morgan, Peter McQuilton, Patricia M. Palagi. 2020 September 04.
Article: Clinical bioinformatics for microbial genomics and metagenomics: an ESCMID Postgraduate Technical Workshop. Gilbert Greub, Patricia M. Palagi, David Dylus, Adrian Egli, Trestan Pillonel, John W. A. Rossen, Helena M. B. Seth-Smith, Aitana Lebrand. 2020 August 22.
Article: A framework to assess the quality and impact of bioinformatics training across ELIXIR. Kim T. Gurwitz, Prakash Singh Gaur, Louisa J. Bellis, Lee Larcombe, Eva Alloza, Balint Laszlo Balint, Alexander Botzki, Jure Dimec, Victoria Dominguez del Angel, Pedro L. Fernandes, Eija Korpelainen, Roland Krause, Mateusz Kuzak, Loredana Le Pera ,Brane Leskošek, Jessica M. Lindvall, Diana Marek, Paula A. Martinez, Tuur Muyldermans, Ståle Nygård, Patricia M. Palagi, Hedi Peterson, Fotis Psomopoulos, Vojtech Spiwok, Celia W. G. van Gelder, Allegra Via, Marko Vidak, Daniel Wibberg, Sarah L. Morgan, Gabriella Rustici. 2020 July 23.
Presentation: Applying best practices to enhance bioinformatics training in Switzerland. Diana Marek, Wandrille Duchemin, Isabelle Dupanloup, Grégoire Rossier, Margaux Roulet, Frédéric Schütz, Monique Zahn, Patricia M. Palagi. 2020 July 16.
Article: Ten simple rules for making training materials FAIR. Leyla Garcia, Bérénice Batut, Melissa L. Burke, Mateusz Kuzak, Fotis Psomopoulos, Ricardo Arcila, Teresa K. Attwood, Niall Beard, Denise Carvalho-Silva, Alexandros C. Dimopoulos, Victoria Dominguez del Angel, Michel Dumontier, Kim T. Gurwitz, Roland Krause, Peter McQuilton, Loredana Le Pera, Sarah L. Morgan, Päivi Rauste, Allegra Via, Pascal Kahlem, Gabriella Rustici, Celia W. G. van Gelder, Patricia M. Palagi. 2020 May 21

Report: Report on training provided across the ELIXIR community. Attwood Terri, Ben-Avraham Daniel, Beard Niall, Dominguez del Angel Victoria, Fernandes Pedro, Gurwitz Kim, Kahlem Pascal, Korpelainen Eija, Leskošek Brane, Lindvall Jessica, Morgan Sarah, Nygard Stale, Palagi Patricia, Peterson Heidi, Rustici Gabriella, Sansone Susanna-A, Thurston Milo, van Gelder Celia, Via Allegra. 2019 August 23
Presentation: FAIR Training in ELIXIR Europe. Mateusz Kuzak, Leyla García Castro, Bérénice Batut, Ricardo Arcila, Niall Beard, Melissa Burke, Denise Carvalho-Silva, Victoria Dominguez Del Angel, Kim Gurwitz, Pascal Kahlem, Paula Martinez, Sarah Morgan, Peter McQuilton, Patricia Palagi, Fotis Psomopoulos, Gabriella Rustici, Celia van Gelder. 2019 July 24.

Presentation: ELIXIR-Training-2018-ELIXIR-CZ-Conference. Celia van Gelder, Patricia M. Palagi, Gabriella Rustici, Pascal Kahlem. 2018 November 24.
Presentation: Challenges in adopting FAIR principles in Training. Patricia M. Palagi, Pascal Kahlem, Gabriela Rustici, Celia W. G. van Gelder. 2018 October 29.

Article: A new pan-European Train-the-Trainer programme for bioinformatics: pilot results on feasibility, utility and sustainability of learning. Allegra Via, Teresa K. Attwood, Pedro L. Fernandes, Sarah L. Morgan, Maria Victoria Schneider, Patricia M. Palagi, Gabriella Rustici, Rochelle E. Tractenberg. 2017 September 26.
Article: The ELIXIR-EXCELERATE Train-the-Trainer pilot programme: empower researchers to deliver high-quality training . Sarah L. Morgan, Patricia M. Palagi, Pedro L. Fernandes, Eija Koperlainen, Jure Dimec, Diana Marek, Lee Larcombe, Gabriella Rustici, Teresa K. Attwood, Allegra Via. 2017 August 24.
Article: Developing a strategy for computational lab skills training through Software and Data Carpentry: Experiences from the ELIXIR Pilot action. Aleksandra Pawlik, Celia W.G. van Gelder, Aleksandra Nenadic, Patricia M. Palagi, Eija Korpelainen, Philip Lijnzaad, Diana Marek, Susanna-Assunta Sansone, John Hancock, Carole Goble. 2017 Jun 03.
Article: BioCIDER: a Contextualisation InDEx for biological Resources discovery. Carlos Horro, Martin Cook, Teresa K. Attwood, Michelle D. Brazas, John M. Hancock, Patricia M. Palagi, Manuel Corpas, Rafael Jimenez. Bioinformatics. 2017 Apr 12. doi: 10.1093/bioinformatics/btx213.
Conference poster: GOBLET Standards Committee: best practices and standards in bioinformatics and biocuration. Maria Victoria Schneider, Teresa K. Attwood, Manuel Corpas, Mike Charleston, Saravanan Dayalan, Pascale Gaudet, Judit Kumuthini, Sarah Morgan, Patricia M. Palagi, Gabriella Rustici. ISB 2017 Mar.

Report: Defining a lingua franca for the ELIXIR/GOBLET e-learning ecosystem. Teresa K. Attwood, Brane Leskosek, Jure Dimec, Sarah Morgan, Nicola Mulder, Celia W. van Gelder, Patricia M. Palagi. 2016 Nov 13.
Report: Report on the training needs identified across the ELIXIR community. Celia van Gelder, Sarah Morgan, Allegra Via, Rita Hendricusdottir, Eija Korpelainen, Chris Ponting, Terri Attwood, Patricia Palagi. 2016 Sep 2.
Article: The SIB Swiss Institute of Bioinformatics' resources: focus on curated databases. SIB Swiss Institute of Bioinformatics Members. Nucleic Acids Res. 2016 Jan 4;44(D1):D27-37. doi: 10.1093/nar/gkv1310. Epub 2015 Nov 28.

Article: GOBLET: The Global Organisation for Bioinformatics Learning, Education and Training
Teresa K. Atwood, Erik Bongcam-Rudloff, Michelle E. Brazas, Manuel Corpas, Pascale Gaudet, Fran Lewitter, Nicola Mulder, Patricia M. Palagi, Maria Victoria Schneider, Celia W. G. van Gelder, and the GOBLET Consortium. PLoS Computational Biology 04/2015; 11(4):e1004143. DOI:10.1371/journal.pcbi.1004143