Scoprite l'ecosistema SwissBioData, una proposta del SIB Istituto Svizzero di Bioinformatica e di 13 istituzioni svizzere, che mira a consentire la ricerca basata sui dati di nuova generazione per potenziare la capacità della Svizzera di convertire i dati della ricerca biologica e biomedica in conoscenza e innovazione. Questa proposta si baserà su una delle quattro infrastrutture di ricerca nel campo delle scienze della vita proposte nell'ambito della Roadmap per la biologia coordinata dall'Accademia svizzera delle scienze naturali (SCNAT), su mandato della Segreteria di Stato per la formazione, la ricerca e l'innovazione (SEFRI).
Informazioni sulla Roadmap della biologia
La roadmap rappresenta il punto di vista della comunità scientifica svizzera nel campo della biologia ed è un elemento formale del processo di elaborazione della Roadmap svizzera per le infrastrutture di ricerca 2023. Si tratta di un contributo bottom-up all'identificazione e alla selezione di importanti infrastrutture di ricerca nazionali e internazionali da parte degli stessi biologi, su mandato della Segreteria di Stato per la formazione, la ricerca e l'innovazione (SEFRI).
La ricerca biologica in Svizzera: le sfide dei big data
La Svizzera è attualmente all'avanguardia nel campo delle tecniche omiche, grazie alle eccellenti piattaforme di laboratorio, alla presenza del SIB e di numerose strutture locali di bioinformatica. Tuttavia, la quantità di dati generati supera la capacità di gestione e analisi delle strutture locali e i processi di generazione e analisi dei dati sono frammentati. Infine, non tutti i biologi hanno un accesso diretto a tali strutture centrali, a seconda della loro ubicazione e dell'istituzione di appartenenza. I settori interdisciplinari (ad esempio, scienze alimentari, salute personalizzata, ecologia chimica) sono particolarmente colpiti da tali limitazioni.
Il potenziale del panorama attuale
Per consentire scoperte basate sui dati, è necessario creare un'infrastruttura che consenta l'accesso, l'integrazione e l'analisi a livello nazionale di grandi set di dati biologici di vario tipo e provenienza. Il SIB svolge già un ruolo di primo piano nella formazione e nel coordinamento delle infrastrutture bioinformatiche in tutta la Svizzera (ad esempio la rete BioMedIT per consentire la ricerca sanitaria personalizzata, la piattaforma svizzera di sorveglianza dei patogeni che attualmente funge da hub centrale per le sequenze genomiche COVID-19) e oltre, con il suo ruolo in ELIXIR, l'infrastruttura distribuita europea per le scienze della vita.
La proposta: l'ecosistema SwissBioData per unire e sfruttare le infrastrutture esistenti
L'ecosistema SwissBioData mira a fornire accesso a infrastrutture all'avanguardia per la gestione e l'analisi dei dati a tutti i ricercatori svizzeri nel campo della biologia, migliorando così in modo significativo la nostra capacità di convertire i dati della ricerca in conoscenza e innovazione. Come? Collegando le strutture centrali di bioinformatica e di laboratorio su scala nazionale, per rendere interoperabili dati, flussi di lavoro e strumenti e creare un cloud nazionale di dati per l'intelligenza artificiale, consentendo il benchmarking e la FAIRificazione dei metodi di deep learning, con il SIB che funge da hub centrale. La proposta, guidata congiuntamente da SIB e dall'Università di Berna, è il risultato di una discussione bottom-up con partner accademici e scienziati del settore delle scienze della vita.
Come funzionerebbe?
Con un focus sui dati omici, l'infrastruttura di ricerca SwissBioData si baserebbe sulle competenze dei nodi locali presso gli istituti di ricerca svizzeri (ad esempio piattaforme omiche e strutture centrali di bioinformatica) e le collegherebbe tra loro. Questi sforzi sarebbero coordinati e integrati dalle competenze dell'hub centrale. Quest'ultimo identificherebbe, svilupperebbe e diffonderebbe strumenti e flussi di lavoro all'avanguardia per la biologia e consentirebbe la condivisione degli sforzi. Tale infrastruttura nazionale consentirebbe:
- Una maggiore sostenibilità ed efficienza, evitando la moltiplicazione degli sforzi, promuovendo l'interoperabilità, accelerando l'adozione a livello nazionale di nuove tecnologie e principi FAIR, ecc.
- Una maggiore qualità scientifica e riproducibilità, migliorando la capacità di analisi dei dati, aprendo la strada all'intelligenza artificiale, confrontando e standardizzando flussi di lavoro e strumenti, promuovendo una condivisione efficiente dei dati, ecc.
- Promuovere una solida rete di strutture centrali per consentire nuovi progetti interdisciplinari e incentivi a livello nazionale.
Il progetto completo sarà presentato in dicembre al Fondo nazionale svizzero per la ricerca scientifica (FNS).
Reference(s)
Brunner D, Durinx C, Erb M, Fischer M, Hari Y, Jazwinska A, Leeb T, Reymond C, Scheidegger C, Stieger P, Studer B, Vergères G, Walter A (2021). Roadmap biologica per le infrastrutture di ricerca 2025-2028 della comunità biologica svizzera Swiss Academies Reports 16 (2).
