Découvrez l'écosystème SwissBioData, une proposition du SIB Institut Suisse de Bioinformatique et de 13 institutions suisses, qui vise à permettre à la recherche basée sur les données de nouvelle génération de renforcer la capacité de la Suisse à convertir les données issues de la recherche biologique et biomédicale en connaissances et en innovations. Cette proposition s'appuiera sur l'une des quatre infrastructures de recherche en sciences de la vie proposées dans le cadre de la Feuille d'route pour la biologie coordonnée par l'Académie suisse des sciences naturelles (SCNAT), sur mandat du Secrétariat d'État à la formation, à la recherche et à l'innovation (SEFRI).
À propos de la feuille de route en biologie
La feuille de route représente le point de vue de la communauté scientifique suisse dans le domaine de la biologie et constitue un élément officiel du processus d'élaboration de la Feuille de route pour les infrastructures de recherche 2023. Il s'agit d'une contribution ascendante à l'identification et à la sélection d'infrastructures de recherche nationales et internationales importantes par les biologistes eux-mêmes, sur mandat du Secrétariat d'État à la formation, à la recherche et à l'innovation (SEFRI).
La recherche en biologie en Suisse : les défis du big data
La Suisse est actuellement à la pointe des techniques omiques, avec d'excellentes plateformes de laboratoires humides, la présence du SIB et de nombreuses infrastructures locales de bioinformatique. Cependant, la quantité de données générées dépasse la capacité de gestion et d'analyse des infrastructures locales, et les pipelines de génération et d'analyse des données sont fragmentés. Enfin, tous les biologistes n'ont pas facilement accès à ces infrastructures, selon leur lieu de travail et leur institution. Les domaines interdisciplinaires (par exemple, les sciences alimentaires, la santé personnalisée, l'écologie chimique) sont particulièrement touchés par ces limitations.
Le potentiel du paysage actuel
Pour permettre des découvertes fondées sur les données, il est nécessaire de mettre en place une infrastructure permettant l'accès, l'intégration et l'analyse à l'échelle nationale de grands ensembles de données biologiques de différents types et origines. Le SIB joue déjà un rôle de premier plan dans la formation en bioinformatique et la coordination des infrastructures en Suisse (par exemple, le réseau BioMedIT pour la recherche en santé personnalisée, la plateforme suisse de surveillance des agents pathogènes, qui sert actuellement de centre névralgique pour les séquences génomiques du COVID-19) et au-delà, grâce à son rôle dans ELIXIR, l'infrastructure européenne distribuée pour les sciences de la vie.
La proposition : l'écosystème SwissBioData pour unir et exploiter les infrastructures existantes
L'écosystème SwissBioData a pour ambition de fournir à tous les chercheurs suisses en biologie un accès à une infrastructure de gestion et d'analyse des données à la pointe de la technologie, améliorant ainsi considérablement notre capacité à convertir les données de recherche en connaissances et en innovations. Comment ? En connectant les infrastructures centrales de bioinformatique et de laboratoire humide à l'échelle nationale, afin de rendre les données, les flux de travail et les outils interopérables, et de créer un cloud national de données pour l'intelligence artificielle, permettant l'analyse comparative et la FAIRification des méthodes d'apprentissage profond, avec le SIB comme hub central. La proposition, co-dirigée par le SIB et l'Université de Berne, est le résultat d'une discussion ascendante avec des partenaires universitaires et des scientifiques du domaine des sciences de la vie.
Comment cela fonctionnerait-il ?
Axée sur les données omiques, l'infrastructure de recherche SwissBioData s'appuierait sur l'expertise des nœuds locaux des institutions de recherche suisses (p. ex. plateformes omiques et bioinformatiques) et les relierait entre elles. Ces efforts seraient coordonnés et complétés par l'expertise du hub central. Ce dernier identifierait, développerait et diffuserait des outils et des flux de travail de pointe pour la biologie et permettrait de partager les efforts. Une telle infrastructure nationale permettrait :
- Une durabilité et une efficacité accrues, en évitant la multiplication des efforts, en favorisant l'interopérabilité, en accélérant l'adoption à l'échelle nationale des nouvelles technologies et des principes FAIR, etc.
- Une amélioration de la qualité scientifique et de la reproductibilité, en renforçant les capacités d'analyse des données, en ouvrant la voie à l'intelligence artificielle, en comparant et en normalisant les flux de travail et les outils, en favorisant un partage efficace des données, etc.
- Promouvoir un réseau solide d'installations centrales afin de permettre de nouveaux projets interdisciplinaires et des incitations à l'échelle nationale.
Le projet complet sera soumis en décembre au Fonds national suisse (FNS).
Reference(s)
Brunner D, Durinx C, Erb M, Fischer M, Hari Y, Jazwinska A, Leeb T, Reymond C, Scheidegger C, Stieger P, Studer B, Vergères G, Walter A (2021). Feuille de route pour les infrastructures de recherche en biologie 2025-2028 par la communauté biologique suisse Rapports des Académies suisses 16 (2).
