Anamaria Necsulea – Vincitrice del Premio Il SIB 2013 per giovani bi informatici all'inizio della carriera
Anamaria ha ricevuto il premio per la sua ricerca su "L'evoluzione dei trascrittomi dei tessuti vertebrati" (Brawand, Soumillon, Necsulea et al., 2011 e Necsulea et al., 2014), condotta nell'ambito del suo lavoro post-dottorato presso l'Università di Losanna nel team dell'ex responsabile del gruppo Il SIB Henrik Kaessmann (ora presso il Centro di biologia molecolare dell'Università di Heidelberg).
Oggi Anamaria ricopre una posizione di ricercatrice a tempo indeterminato presso il Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) di Lione, in Francia, dove continua la sua ricerca nel campo della genomica evolutiva.
Informazioni sui premi SIB Bioinformatics Awards e sulla nostra serie di interviste "Incontra i vincitori delle passate edizioni dei premi SIB"
Lanciati nel 2008 come iniziativa volta a premiare i giovani bioinformatici svizzeri, i SIB Bioinformatics Awards hanno fatto molta strada da allora: da un unico premio nazionale sono diventati oggi tre diversi riconoscimenti, che premiano 1) i bioinformatici internazionali all'inizio della carriera (SIB Early Career Bioinformatician Award), 2) l'eccellenza nella comunità svizzera dei dottorandi (SIB Best Swiss Bioinformatics Graduate Paper Award) e 3) le risorse bioinformatiche innovative (SIB Bioinformatics Resource Innovation Award). Nel corso degli anni sono stati assegnati 21 premi, con nove vincitori premiati per la loro eccezionale carriera in fase iniziale, dieci dottorandi per le loro eccellenti pubblicazioni e due risorse bioinformatiche per il loro aspetto innovativo.
Nel 2019, i SIB Bioinformatics Awards saranno assegnati per ladecima volta, offrendo una grande occasione per contattare i vincitori delle edizioni precedenti e chiedere loro a che punto sono ora nella loro carriera: questa intervista fa parte di una serie che vi invita a conoscere i vincitori delle edizioni precedenti dei SIB Bioinformatics Awards.
A che punto della tua carriera ti trovavi quando hai ricevuto il premio Il SIB? Come ti sei sentito? Qual era l'argomento principale della tua ricerca in quel momento?
Ho ricevuto il premio poco dopo aver terminato il mio post-dottorato con Henrik Kaessmann. È stata una sensazione incredibile ricevere questo riconoscimento da parte di Il SIB. All'epoca la mia ricerca era incentrata sull'evoluzione dei trascrittomi nei vertebrati. Avevo partecipato alle prime analisi comparative su larga scala dei modelli di espressione genica delle proteine codificanti e dei repertori di RNA non codificanti lunghi negli amnioti (Brawand, Soumillon, Necsulea et al., 2011 e Necsulea et al., 2014). Entrambi questi studi richiedevano analisi dettagliate di grandi quantità di dati di sequenziamento del trascrittoma e erano quindi molto impegnativi dal punto di vista della bioinformatica.
Quali sono i tuoi attuali interessi di ricerca?
Sono (ancora) molto interessato alla genomica evolutiva. Attualmente mi sto concentrando sull'evoluzione dei modelli di regolazione dell'espressione genica e sul suo legame con l'evoluzione dei fenotipi nei vertebrati.
Secondo te, qual è la scoperta più interessante che è stata fatta grazie alla bioinformatica?
Si tratta di una domanda difficile con molte possibili risposte. Oggi, la maggior parte delle questioni di ricerca in biologia viene affrontata generando e analizzando grandi quantità di dati, attraverso approcci di bioinformatica e biostatistica. Provenendo dal campo della genomica evolutiva, devo menzionare la scoperta precoce di elementi genomici non codificanti ultra-conservati, che sono sequenze di DNA quasi identiche tra specie altamente divergenti come l'uomo, il topo e il pollo, nonostante centinaia di milioni di anni di evoluzione. Questi elementi sono stati rivelati attraverso confronti evolutivi di sequenze genomiche, prima per alcuni geni (Duret et al., 1993) e poi a livello genomico (Bejerano et al., 2004). I loro straordinari livelli di conservazione evolutiva sono intriganti, poiché suggeriscono che le mutazioni che perturbano queste sequenze sono fortemente deleterie e vengono rapidamente eliminate dalla selezione purificatrice. I biologi molecolari stanno ancora cercando di chiarire le funzioni di queste sequenze ultra-conservate, molti anni dopo che sono state identificate per la prima volta con approcci di bioinformatica.
Cosa ti piace fare nel tempo libero?
Ho iniziato ad andare in bicicletta quando ero ricercatore post-dottorato in Svizzera e ancora oggi mi piace fare escursioni sulle strade di montagna ogni volta che ho del tempo libero.
Le quantità di dati generati dagli attuali approcci di biologia molecolare continuano ad aumentare in modo esponenziale e non dovremmo trascurare il fatto che l'analisi di questi dati richiede notevoli risorse informatiche e tempo di calcolo, e quindi grandi quantità di energia
Qualche consiglio per la futura generazione di bioinformatici?
A mio avviso, ci sono due punti chiave su cui i bioinformatici di oggi devono concentrarsi. Il primo è la riproducibilità: quando si pubblica qualsiasi tipo di analisi, è di fondamentale importanza fornire informazioni sufficienti affinché altri ricercatori possano riprodurre i risultati. Purtroppo, questo non è ancora il caso per molte pubblicazioni. Il secondo punto (ma non meno importante) è l'energia richiesta dalle analisi di bioinformatica. La quantità di dati generati dagli attuali approcci di biologia molecolare continua ad aumentare in modo esponenziale e non dovremmo trascurare il fatto che l'analisi di questi dati richiede notevoli risorse e tempi di calcolo, e quindi grandi quantità di energia. Pertanto, la nostra ricerca può avere un forte impatto negativo sull'ambiente. Per limitare questo effetto, dovremmo tutti fare del nostro meglio per scrivere software altamente efficiente per l'analisi dei dati biologici. Quindi, due consigli: ottimizzate il vostro codice e rendetelo riproducibile!
