Nelle ultime settimane, con l'aumentare della minaccia rappresentata dalle varianti emergenti, la comunità scientifica ha lanciato un appello urgente affinché i dati relativi al sequenziamento del SARS-CoV-2 fossero condivisi apertamente. Tale condivisione consentirebbe di condurre ricerche rapide, rappresentative e su larga scala sul virus, ma spesso mancano le infrastrutture e i relativi investimenti. Facendo eco a queste richieste, la Swiss Pathogen Surveillance Platform (SPSP), co-guidata da Il SIB, è ora sostenuta dalle autorità federali svizzere per fungere da hub svizzero dei dati sul SARS-CoV-2. Inizialmente sviluppata per monitorare la comparsa e la diffusione di eventuali agenti patogeni in Svizzera, la SPSP si è evoluta in una piattaforma di facile utilizzo per raccogliere le sequenze del genoma virale prodotte da campioni svizzeri nel contesto della pandemia e inviarle in particolare all'European Nucleotide Archive (ENA), il riferimento per la condivisione aperta dei dati di sequenziamento.
Integrare i dati aperti svizzeri negli sforzi globali con un hub svizzero dei dati SARS-CoV-2
Riconoscendo il valore che SPSP (vedi riquadro) rappresenta per i dati generati in Svizzera in questo contesto, le autorità federali svizzere, attraverso la Segreteria di Stato per la formazione, la ricerca e l'innovazione (SEFRI), ne sostengono l'uso specifico per la condivisione delle sequenze virali con la comunità internazionale. L'SPSP funge quindi da hub svizzero dei dati sul SARS-CoV-2: qualsiasi laboratorio di ricerca o clinico che sequenzi il genoma del virus da test positivi lo invieràall'SPSP1, che annoterà i dati e invierà le sequenze virali, insieme ai metadati non sensibili associati, all'ENA e al GISAID, i due principali archivi di dati di sequenze sul virus esistenti ad oggi.
"Attraverso l'SPSP, la Svizzera ha appena collegato la sua comunità scientifica agli sforzi internazionali di condivisione aperta dei dati per promuovere la ricerca sul virus e il monitoraggio della sua evoluzione", afferma Aitana Lebrand, Team Lead Data Science presso il SIB e co-PI dell'SPSP. Nel prossimo futuro, il consorzio potrebbe anche segnalare e notificare nuove varianti all'Ufficio federale della sanità pubblica.
Informazioni sulla Swiss Pathogen Surveillance Platform (SPSP)
SPSP è una piattaforma collaborativa di sorveglianza One Health che consente agli epidemiologi ospedalieri, agli esperti di sanità pubblica e ai microbiologi/virologi di condurre ricerche, identificare rapidamente potenziali focolai e adottare misure tempestive per contenere la trasmissione, monitorandoli quasi in tempo reale. SPSP è co-gestita da il SIB insieme agli ospedali universitari di Basilea, Losanna e Ginevra, nonché alle università di Berna e Zurigo (vedi l'elenco completo dei gruppi registrati). È ospitata sull'infrastruttura IT sicura del SIB ed è conforme agli standard di sicurezza dei dati della Swiss Personalized Health Network (SPHN).
Perché i dati sui virus devono essere resi disponibili in modo più trasparente
La condivisione delle sequenze genomiche del virus in modo da facilitarne il riutilizzo e l'integrazione in set di dati più ampi è fondamentale per consentire una copertura più rappresentativa delle varianti emergenti e anticipare l'efficacia dei vaccini, nonché per la ricerca fondamentale sull'evoluzione del virus, la trasmissione, ecc. Esistono diverse piattaforme che consentono di caricare i dati delle sequenze genomiche, ma le modalità di riutilizzo dei dati (e dei metadati associati) da parte dei ricercatori variano.L'European Nucleotide Archive (ENA) si è posizionato come riferimento per la condivisione aperta dei dati di sequenza. In quanto tale, l'ENA fornisce, insieme alle sequenze assemblate, l'accesso ai dati grezzi, rendendo ancora più facile il loro riutilizzo. La comunità scientifica ha lanciato diversi appelli per la condivisione dei dati sul COVID-19, come ad esempio in una lettera aperta pubblicata dal Portale europeo dei dati sul COVID-19 e sostenuta dal SIB (firma la lettera), o in un recente articolo pubblicato su Nature.
Dai virus ai batteri resistenti agli antibiotici: uno strumento di sorveglianza ad alta risoluzione per gli agenti patogeni
Prima che il COVID-19 stravolgesse le priorità di ricerca, lo scopo originario dell'SPSP era quello di monitorare la comparsa e la diffusione di eventuali agenti patogeni, concentrandosi inizialmente sui batteri multiresistenti. Riunendo laboratori di ricerca, clinici e veterinari, in futuro l'SPSP consentirà alle istituzioni sanitarie registrate, ad esempio, di comprendere e monitorare meglio le epidemie diverse dal COVID-19 con dati geografici ad alta risoluzione, fino al livello dei codici postali.
Con l'accordo consortile e l'approvazione etica ora convalidati, i laboratori registrati in tutto il paese possono iniziare a inviare i dati di sequenza del SARS-CoV-2 e, presto, anche altre sequenze genomiche batteriologiche o virologiche, nonché i metadati clinici ed epidemiologici associati, all'SPSP seguendo un processo legale approvato.
“Si tratta di un importante passo avanti per la Svizzera, che ci consente di condurre ricerche e sorveglianza sui patogeni su una scala senza precedenti in tutto il Paese”, commenta Adrian Egli, responsabile di batteriologia e micologia presso l'Ospedale universitario di Basilea e PI di SPSP.
1 Siete un gruppo/laboratorio svizzero interessato a fornire dati genomici sul SARS-CoV-2 all'SPSP?Maggiori informazioni
