Se concentrer sur la mission du groupe
Pour protéger et restaurer l'environnement qui soutient l'humanité, nous devons le comprendre. Le groupe Environmental Bioinformatics, dirigé par Robert Waterhouse, développe des solutions de science des données pour relever ce défi. Il s'appuie sur les capacités de l'institut en matière de coordination des ressources de données biologiques et de développement d'outils et de services de science des données afin de contribuer à la préservation et à la restauration de la planète en répondant à la crise mondiale et en apportant des avantages directs à la société.
En répondant aux besoins essentiels en matière de collecte, d'intégration et d'analyse des données sur la biodiversité, l'équipe fournit des outils et des services qui soutiennent des politiques et des actions fondées sur des données, empiriques et guidées par des modèles. Elle contribue ainsi à positionner fermement la Suisse sur les questions environnementales aux niveaux national et international.
Nous sommes un partenaire de confiance dans le cadre de projets nationaux et internationaux axés sur l'étude de la biodiversité, où nous apportons notre expertise dans la coordination de données génomiques, observationnelles et bibliographiques afin de mieux soutenir les décisions et les politiques éclairées.
Solutions scientifiques basées sur les données pour relever les défis environnementaux
Une meilleure intégration et interopérabilité des données améliorent considérablement le potentiel des données sur la biodiversité et l'environnement pour orienter et évaluer les efforts visant à restaurer et protéger les écosystèmes vitaux. Le groupe développe des solutions en science des données, notamment des outils et des services, afin de faire progresser trois axes principaux :
- la gestion de la collecte des données, parallèlement aux métadonnées, dans des référentiels ouverts ;
- l'intégration des ressources pour améliorer l'interopérabilité entre les plateformes de données sur la biodiversité ;
- le développement d'approches de modélisation et d'intelligence artificielle afin de tirer parti de la richesse et de l'interconnexion des données pour améliorer l'analyse.
Cela se fait par le biais de :
- Le soutien à la mise en conformité des données environnementales/sur la biodiversité avec les principes FAIR et le renforcement des capacités des chercheurs en matière de gestion des données de recherche, par exemple via le hub de connaissances ERGA;
- La promotion des synergies entre les groupes SIB actifs dans les sciences de l'environnement et l'agriculture.
Trois types de données clés sont mis en avant : la génomique, les observations et la littérature
La compréhension de l'environnement et de sa biodiversité repose sur diverses sources de données. Celles-ci comprennent de plus en plus les données génomiques à haut débit issues du séquençage de l'ADN (pour en savoir plus sur nos travaux dans le cadre de Biodiversity Genomics Europe) et les observations d'espèces rendues possibles par l'analyse, à l'aide de l'IA, d'images, de sons et d'ADN environnemental (pour en savoir plus sur nos travaux dans le cadre de Biodiversity Meets Data). Ces données sont complétées par la littérature scientifique, une ressource vaste mais complexe qui nécessite une extraction et un traitement minutieux afin d'enrichir les connaissances sur la biodiversité (pour en savoir plus sur notre engagement à libérer les connaissances sur la biodiversité issues de la littérature scientifique grâce à la feuille de route Disentis). Ensemble, ces trois piliers de données constituent la mission du groupe Environmental Bioinformatics du SIB, qui mène des projets et des collaborations en Suisse, en Europe et dans le monde entier.
Connexion avec les parties prenantes nationales et internationales
En Suisse et à l'échelle internationale, on reconnaît de plus en plus la nécessité de mettre en relation les instituts et les agences afin de rassembler les chercheurs et les praticiens et de coordonner les efforts pour relever les défis environnementaux. Le groupe Environmental Bioinformatics établit des liens en participant à des initiatives et à des projets communautaires :
- Le projet Earth BioGenome (EBP) vise à séquencer, cataloguer et caractériser les génomes de toute la biodiversité eucaryote de la Terre sur une période de dix ans. Robert Waterhouse préside son comité de gouvernance.
Découvrez notre contribution au projet EBP
- L'initiative European Reference Genome Atlas (ERGA) est le nœud européen de l'EBP et un effort communautaire visant à coordonner la production de séquences génomiques de référence de haute qualité pour les espèces eucaryotes en Europe. Robert Waterhouse préside l'initiative ERGA.
- Le projet Biodiversity Genomics Europe (BGE) rassemble les réseaux de codage à barres ADN (iBOL Europe) et de génomes de référence (ERGA, voir ci-dessus) afin d'accélérer l'utilisation de la science génomique pour améliorer la compréhension de la biodiversité.
- La communauté ELIXIR Biodiversity établit des liens entre les nombreuses infrastructures et services actifs dans la recherche sur la biodiversité au sein et au-delà d'ELIXIR. Robert Waterhouse est co-responsable de la communauté et co-responsable du domaine prioritaire « Biodiversité, sécurité alimentaire et agents pathogènes » du programme scientifique 2024-2028 d'ELIXIR.
- 2023 Biodiversité : un atlas des génomes européens de référence https://doi.org/10.1038/d41586-023-02229-w
- 2023 La communauté ELIXIR pour la biodiversité : comprendre les changements à court et à long terme de la biodiversité https://doi.org/10.12688/f1000research.133724.1
- 2023 Comment la génomique peut contribuer à la conservation de la biodiversité https://doi.org/10.1016/j.tig.2023.01.005
- 2022 Recommandations pour connecter les infrastructures de recherche sur les séquences moléculaires et la biodiversité via ELIXIR https://doi.org/10.12688/f1000research.73825.2
- 2022 Évaluation de la couverture des espèces et de la qualité de l'assemblage des génomes séquencés qui s'accumulent rapidement https://doi.org/10.1093/gigascience/giac006
- 2022 Un panel de séquençage d'amplicons ciblé pour identifier simultanément les espèces de moustiques et la présence de Plasmodium dans l'ensemble du genre Anopheles https://doi.org/10.1111/1755-0998.13436
- 2021 RADSex : un workflow informatique pour étudier la détermination du sexe à l'aide de données de séquençage d'ADN associées à des sites de restriction https://doi.org/10.1111/1755-0998.13360
- 2021 La caractérisation à l'échelle du genre des génomes des bourdons fournit des informations sur leur évolution et la variation de leurs traits écologiques et comportementaux https://doi.org/10.1093/molbev/msaa240
- 2021 Visualisations sommaires des termes de l'ontologie génétique avec GO-Figure ! https://doi.org/10.3389/fbinf.2021.638255
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