Le projet Génome humain, achevé il y a plus de 20 ans, a eu un impact considérable sur la médecine. Biodiversity Genomics Europe (BGE), un nouveau consortium paneuropéen lancé aujourd'hui, vise à avoir un impact similaire pour une meilleure compréhension et protection de la biodiversité. BGE rassemble deux initiatives clés utilisant les données de séquençage de l'ADN pour la recherche sur la biodiversité au niveau européen. En tant que l'un des coordinateurs du consortium BGE, Robert Waterhouse, chef de groupe au SIB, a dirigé la conception du projet et supervisera désormais la mise en œuvre de ce programme financé par Horizon Europe.
BGE : deux initiatives de premier plan dans le domaine de la génomique de la biodiversité unissent leurs forces
À ce jour, deux initiatives européennes majeures en matière de biodiversité représentent les efforts menés en parallèle par les communautés de recherche utilisant le séquençage du génome entier ou le codage à barres ADN (voir encadré) : l'European Reference Genome Atlas (ERGA), qui a impliqué plusieurs chefs de groupe du SIB lors de sa mise en place et qui vise à coordonner la génération de génomes de référence de haute qualité pour environ 200 000 espèces à travers l'Europe ; et iBOL Europe, qui utilise le barcoding ADN pour l'identification et la surveillance rapides des espèces.
Biodiversity Genomics Europe (BGE) vise à combiner, pour la première fois, les efforts de ces deux initiatives dans le domaine de l'échantillonnage et de l'analyse de la biodiversité. En réunissant 33 partenaires de 20 pays européens, BGE augmentera considérablement le nombre de collaborations à travers le continent, garantissant ainsi une production plus efficace de données génomiques à grande échelle et un meilleur accès et partage des résultats entre les chercheurs et les autres parties prenantes.
Comment le séquençage de l'ADN peut aider à comprendre et à protéger la biodiversité
Le séquençage du génome complet offre une image complète du fonctionnement des systèmes biologiques et, surtout, de la manière dont les espèces réagissent et s'adaptent aux changements environnementaux. La cartographie complète du génome de chaque organisme révèle la présence de gènes et d'autres caractéristiques génomiques, et permet de détecter lorsque la diversité au sein d'une espèce devient dangereusement faible. Le codage à barres, quant à lui, consiste à cataloguer de courtes séquences d'ADN qui permettent d'identifier rapidement des espèces à partir d'échantillons prélevés dans des environnements très variés. Il est essentiel pour mener des programmes de conservation et de surveillance des écosystèmes ou pour signaler la présence d'espèces envahissantes potentiellement dangereuses.
Une initiative suisse pour coordonner les efforts communs
Robert Waterhouse (Université de Lausanne), chef du groupe SIB, coordonne les activités conjointes du projet qui combinent l'expertise des communautés du barcoding ADN (iBOL Europe) et de la génomique (ERGA). Comme le dit M. Waterhouse, « le BGE rassemble des personnes qui ne se parlent généralement pas, des taxonomistes aux spécialistes du séquençage, ou des écologistes de terrain aux chercheurs en génomique et aux bioinformaticiens. En reliant ces approches génomiques majeures, nous reconnaissons la valeur de la collaboration là où nous avons de fortes synergies, par exemple en développant des protocoles qui garantissent que l'échantillonnage des espèces permet de collecter du matériel pouvant être utilisé à la fois pour le barcoding et la génération de génomes de référence. » Cela reflète certains des objectifs de BGE en matière de gestion des données, à savoir tirer le meilleur parti des données pour la recherche future. Ces objectifs sont également alignés sur ceux de la proposition SwissBioData ecosystem (SBDe) menée par le SIB.
Parmi les différentes activités essentielles à la réalisation des objectifs de ce projet, M. Waterhouse participe également à la formation et au transfert de connaissances afin de garantir que l'expertise développée dans le cadre du projet soit diffusée aux membres des deux communautés de recherche. Cela comprend toutes les étapes des flux de travail de génération de données, de l'échantillonnage sur le terrain à l'extraction d'ADN, ou du courtage de données à l'analyse bioinformatique. Ces analyses comprennent des flux de travail de données génomiques qui utilisent les ressources du SIB telles que BUSCO (qui fait partie de SwissOrthology).
Relever les défis liés à la biodiversité
Financées par la Commission européenne ainsi que par les gouvernements suisse et britannique, les activités de BGE constitueront une avancée significative pour la recherche en génomique de la biodiversité en Europe. Le consortium contribuera à la réalisation des objectifs du Pacte vert européen et de la stratégie de l'UE en matière de biodiversité pour 2030 afin de relever les défis auxquels est confrontée la biodiversité, tels que le déclin des pollinisateurs et la détérioration des habitats.
Lire le communiqué de presse de Biodiversity Genomics Europe
