UniProt se voit attribuer près de la moitié des nouveaux financements « Horizon Europe » annoncés aujourd’hui afin de préserver trois ressources essentielles de données biologiques pour les sciences de la vie et la biotechnologie. Cette subvention implique ses deux co-développeurs européens, le SIB et l’Institut européen de bioinformatique de l’EMBL (EMBL-EBI). Elle confirme la valeur essentielle de quatre décennies d’expertise suisse en matière de gestion et de conservation des données protéiques pour la compétitivité de l’Europe, la souveraineté des données et la capacité à relever les défis sanitaires et environnementaux. Elle renforce également le rôle vital du SIB dans la mise à disposition de données ouvertes et de connaissances qui sous-tendent la recherche, l’innovation et une IA fiable.
Soutenir les ressources de données biologiques d'importance stratégique pour l'Europe
La Commission européenne a annoncé aujourd’hui l’octroi d’une enveloppe totale de 57 millions d’euros destinée à préserver trois ressources de données biologiques, afin de garantir aux chercheurs et aux innovateurs un accès libre et fiable aux informations essentielles sur les gènes, les protéines et les découvertes scientifiques.
Outre UniProt, il s’agit de : GENCODE, la base de données de référence pour l’annotation des gènes des génomes humain et murin, gérée par l’EMBL-EBI en partenariat avec le Centre de régulation génomique (CRG; 19 millions d’euros) ; et Europe PMC, le dépôt en libre accès de la littérature scientifique en sciences de la vie géré par l’EMBL-EBI (8 millions d’euros). Ce financement est subordonné à l’évaluation des conventions de subvention, conformément aux procédures habituelles du programme « Horizon Europe ».
Une nouvelle source de financement soutient la pérennité à long terme d’UniProt
UniProt accélère le progrès scientifique, l’innovation et le développement de systèmes d’IA fiables en fournissant des données et des connaissances de haute qualité, librement accessibles, sur des centaines de millions de protéines issues de l’arbre de la vie. Témoignant de son importance fondamentale pour les sciences de la vie et l’innovation, cette ressource est citée dans plus de 200 000 publications scientifiques et brevets, génère d’énormes gains d’efficacité pour les utilisateurs et a constitué une source essentielle de données d’entraînement pour AlphaFold – l’IA lauréate du prix Nobel qui a révolutionné la découverte de médicaments, la biotechnologie et bien d’autres domaines en prédisant la structure 3D des protéines (voir ci-dessous). Cette importance se reflète dans sa reconnaissance en tant que ressource SIB, ELIXIR Core Data Resource et ressource mondiale centrale de données biologiques.
Soutenir les ressources de données biologiques d'importance stratégique pour l'Europe
La Commission européenne a annoncé aujourd’hui l’octroi d’une enveloppe totale de 57 millions d’euros destinée à préserver trois ressources de données biologiques, afin de garantir aux chercheurs et aux innovateurs un accès libre et fiable aux informations essentielles sur les gènes, les protéines et les découvertes scientifiques.
Outre UniProt, il s’agit de : GENCODE, la base de données de référence pour l’annotation des gènes des génomes humain et murin, gérée par l’EMBL-EBI en partenariat avec le Centre de régulation génomique (CRG; 19 millions d’euros) ; et Europe PMC, le dépôt en libre accès de la littérature scientifique en sciences de la vie géré par l’EMBL-EBI (8 millions d’euros). Ce financement est subordonné à l’évaluation des conventions de subvention, conformément aux procédures habituelles du programme « Horizon Europe ».
La base de connaissances nécessite un soutien stable et durable afin de garantir un accès ininterrompu, de suivre le rythme des nouvelles technologies et de la croissance constante des données sur les protéines, et de s’adapter aux besoins en constante évolution des chercheurs, de l’industrie et des développeurs d’IA. À l’heure actuelle, les plus de 100 personnes qui assurent la maintenance et le développement d’UniProt au sein de ses trois institutions partenaires – le SIB, l’EMBL-EBI et la Protein Information Resource (PIR) – bénéficient d’un soutien de longue date de la part des Instituts nationaux de la santé (NIH) des États-Unis, du Secrétariat d’État à la formation, à la recherche et à l’innovation (SEFRI) et de l’EMBL, ainsi que d’un soutien plus récent et à plus court terme de la Fondation Novo Nordisk.
La nouvelle subvention de 30 millions d’euros au titre d’Horizon Europe apporte une diversification supplémentaire et un coup de pouce bienvenu à la pérennité d’UniProt. Disponible à partir de 2027 pour une durée maximale de sept ans, ce financement est destiné à soutenir les travaux scientifiques et techniques nécessaires à la maintenance de la ressource, à la curation de ses séquences protéiques (voir ci-dessous) et à faire face aux volumes croissants de données biologiques.
Ce soutien reflète l’engagement de l’UE en faveur de la science ouverte et du maintien des infrastructures nécessaires à la coopération internationale en matière de recherche.
La force de l’Europe réside dans la combinaison de compétences nationales de niveau mondial et d’une collaboration transfrontalière étroite. Cet investissement s’appuie sur ce modèle unique, en mettant en relation des expertises et des infrastructures complémentaires à travers le continent afin de renforcer la compétitivité de l’Europe dans les domaines de la science, de l’intelligence artificielle et des biotechnologies.
Affirmation de l'expertise suisse indispensable en matière de biodonnées
Le SIB développe et gère la base de données Swiss-Prot d’UniProt, alimentée par des experts, créée à Genève en 1986 par Amos Bairoch, qui a ensuite fondé le SIB. Le travail de l’équipe comprend notamment :
- le contrôle qualité des séquences protéiques ;
- l’annotation par des experts des séquences protéiques à l’aide d’informations vérifiées et actualisées sur leur structure et leur fonction, issues de la littérature scientifique ;
- le développement d’outils d’intelligence artificielle pour améliorer et accélérer cette curation des données ;
- la garantie de l’interopérabilité avec d’autres bases de données et bases de connaissances grâce à des normes de métadonnées et d’annotation, telles que Rhea pour les réactions enzymatiques et Gene Ontology pour les fonctions ;
- la garantie que les connaissances soient à la fois lisibles par machine et accessibles aux utilisateurs.
Les avantages de ces travaux pour la communauté scientifique ont été quantifiés dans une étude indépendante réalisée en 2025, qui a estimé les gains d’efficacité pour les utilisateurs entre 373 et 565 millions d’euros par an – soit 25 à 39 fois le coût d’exploitation annuel moyen d’UniProt. Ces travaux contribuent également à une IA fiable : les développeurs d’AlphaFold, lauréat du prix Nobel, ont par exemple utilisé les annotations d’experts pour comprendre et déboguer les performances du modèle.
La décision de l’UE d’investir dans UniProt, ainsi que son choix du SIB comme partenaire clé pour mener à bien ce projet, renforcent la position de la Suisse en tant que pôle international de données de haute qualité, d’expertise en IA et de collaboration.
Alors que l'IA accélère la recherche et l'innovation dans le domaine des sciences de la vie, le besoin de données et de connaissances fiables ne cesse de croître. Ce financement complémentaire au titre d'Horizon Europe contribuera à garantir que les scientifiques, les cliniciens, les innovateurs et les développeurs d'IA puissent continuer à accéder à l'ensemble croissant d'informations de haute qualité sur les protéines, soigneusement sélectionnées par des experts, disponibles dans UniProt.
