TRIPLE è una nuova iniziativa europea che consentirà un livello senza precedenti di condivisione interoperabile dei dati tra ricercatori di qualsiasi ambito scientifico. L'accesso ai dati di ricerca pubblici e privati condivisi in modo selettivo sarà facilitato grazie a soluzioni innovative. Coordinato dal SIB, che sfrutta la sua esperienza nella FAIRificazione dei dati, nella rappresentazione delle conoscenze e nei database aperti, il progetto riunisce partner provenienti dal Belgio e dalla Repubblica Ceca. Grazie alle scoperte che renderà possibili, TRIPLE porterà benefici alla comunità scientifica in generale e alla società, con una delle sue prime applicazioni che sarà la ricerca di organismi che potrebbero aiutare a degradare gli inquinanti.
1. Archiviazione sicura dei dati privati in caveau
I Solid Pod sono una nuova tecnologia in grado di proteggere i dati in archivi sicuri. In questo modo, i set di dati sensibili, come quelli provenienti dalle prime fasi della ricerca, possono mantenere la loro riservatezza pur rimanendo accessibili a gruppi definiti quando lo si desidera e, successivamente, a tutti quando opportuno.
Sfruttando una grande quantità di dati precedentemente inutilizzati
Immaginate un futuro in cui sia possibile accedere contemporaneamente sia a dati provenienti da risorse aperte sia a dati privati condivisi in modo selettivo da altri, come ad esempio dati non pubblicati. Tale accesso a un corpus di conoscenze aggregato e ancora inesplorato rappresenterebbe un enorme impulso alla riproducibilità della ricerca e accelererebbe le scoperte. Questo è l'obiettivo di TRIPLE, ovvero Transforming RDF Interoperability with Solid Pods for next Level Experience (Trasformare l'interoperabilità RDF con Solid Pods per un'esperienza di livello superiore). Questo nuovo progetto, finanziato dal bando europeo CHIST-ERA per promuovere i dati di ricerca aperti (ORD), è guidato da Il SIB e riunisce l'Istituto di Chimica Organica e Biochimica dell'Accademia delle Scienze ceca (IOCB Praga) e l'Università di Gand (Belgio).
"Agire come coordinatore di un progetto europeo di questo tipo è un riconoscimento sia della nostra esperienza pluriennale nel campo dei dati di ricerca aperti, sia della nostra capacità di riunire attori multidisciplinari su larga scala", afferma Christophe Dessimoz, direttore esecutivo di Il SIB. "TRIPLE mira a gettare le basi per consentire ricerche integrate sui dati di ricerca pubblici e privati".
2. Un primo caso d'uso per identificare organismi in grado di degradare gli inquinanti utilizzando SIB Resources
Come primo caso d'uso di TRIPLE, verrà condotta una ricerca sugli organismi in grado di degradare gli inquinanti, un processo noto come biorisanamento. Si tratta di un compito particolarmente impegnativo, poiché richiede il recupero, da banche dati pubbliche e set di dati privati, delle proteine presenti negli organismi che svolgono le reazioni biochimiche appropriate. Ciò avverrà in particolare utilizzando le risorse del SIB Rhea, UniProtKB e OMA. Verrà sviluppata una nuova metodologia per semplificare tali query complesse per gli scienziati del settore.
Soluzioni innovative basate su competenze nel campo dei dati di ricerca aperti
Per raggiungere questo obiettivo, TRIPLE combinerà le competenze multidisciplinari dei partner del progetto nel rendere accessibili i dati della ricerca e nel consentire una perfetta interoperabilità con i dati privati archiviati in archivi sicuri noti come Solid Pods (vedi riquadro 1).
«Un modo efficace per sfruttare al meglio i dati di ricerca è quello di rendere i set di dati ben documentati e interoperabili, in modo che possano essere interrogati congiuntamente, cioè in combinazione. Creando grafici di conoscenza dai dati, è possibile sfruttare le interconnessioni esistenti per estrarre nuove informazioni dalla ricchezza dei dati attraverso query federate. Tutte queste competenze sono fondamentali per il SIB", afferma Ana Claudia Sima dell'unità Knowledge Representation del gruppo Vital-IT al SIB.
Maggiori informazioni su come promuoviamo l'ORD
Tre gruppi SIB metteranno quindi a disposizione del progetto il loro know-how: FAIRificazione dei dati nel contesto di grandi partnership pubblico-private europee, rappresentazione della conoscenza e modellizzazione metabolica presso il gruppo Vital-IT; sviluppo di software e database aperti interconnessi, come le risorse SIB UniProtKB e Rhea presso il gruppo Swiss-Prot e il browser OMA presso il gruppo Comparative Genomics.I nostri team stanno unendo le forze con il gruppo di bioinformatica dell'IOCB di Praga e l'Internet Technology and Data Science Lab (IDLab) dell'Università di Gand, che apportano le loro conoscenze nello sviluppo di strumenti di chemoinformatica aperti, nel web semantico e nell'uso dei Solid Pods.
Impatti di vasta portata dalla comunità scientifica alla società
TRIPLE apporterà vantaggi agli sviluppatori di software e ai produttori di dati fornendo una documentazione migliorata e nuovi strumenti per rendere più efficienti le complesse query federate. Anche i ricercatori nel campo delle scienze della vita e altri soggetti interessati ai dati prodotti potranno sfruttare in modo più efficace le risorse online e integrare i propri dati garantendone la conformità al principio FAIR. La società nel suo complesso trarrà infine vantaggio dai risultati e dalle conoscenze acquisite grazie a questo maggiore sfruttamento dei dati (vedi riquadro 2).
Membri del SIB coinvolti:
