In questa era basata sui dati, la quantità di dati biomedici e biologici è aumentata esponenzialmente nel tempo. Questi dati sono spesso contenuti in silos, dispersi e altamente eterogenei. Questi problemi ostacolano il (ri)utilizzo e lo scambio dei dati e, di conseguenza, il progresso e le scoperte nella ricerca nel campo delle scienze della vita e della sanità. Il gruppo di lavoro sul web semantico dei dati lavora alla ricerca di soluzioni comuni per l'integrazione senza soluzione di continuità dei set di dati e delle banche dati delle scienze della vita e per la loro FAIRificazione.
Informazioni sul Web semantico dei dati
Il Web semantico fornisce un quadro comune che consente la condivisione e il riutilizzo dei dati oltre i confini delle applicazioni, delle aziende e delle comunità. Si basa sul Resource Description Framework (RDF), un modello di dati grafico. Per saperne di più
Dai silos di dati al Web semantico dei dati
I dati relativi alle scienze della vita sono intrinsecamente eterogenei, ad esempio in termini di formati, modellizzazione, archiviazione, modalità di accesso e semantica. Questa eterogeneità rende estremamente difficili la scoperta dei dati e la loro integrazione senza soluzione di continuità, elementi fondamentali per svelare i processi e i modelli biologici.Il "Semantic Web of data focus group" mira a costruire un web semantico di dati biologici e biomedici (vedi riquadro) per favorire l'integrazione e la riutilizzabilità dei dati di ricerca. Questo web di dati può includere set di dati privati e pubblici in modo vagamente accoppiato. Rendere i dati FAIR è un prerequisito per il successo.
Informazioni sui focus group al SIB
I focus group mirano a promuovere lo scambio di conoscenze e la collaborazione nella comunità dei 900 membri del SIB su argomenti scientifici specifici e/o trasversali, dal sequenziamento di singole cellule all'uguaglianza, alla diversità e all'inclusione. Visualizza tutti i focus group
Un focus group dedicato a livello di SIB
Lanciato nel 2022, questo focus group è un gruppo di ricerca e sviluppo altamente dinamico composto da oltre 30 membri provenienti da diversi gruppi del SIB, che si riunisce ogni due mesi per discutere delle recenti tecnologie, sfide e soluzioni relative all'RDF. I loro ultimi risultati vengono comunicati attraverso la co-autorialità e la pubblicazione di articoli di ricerca, incontri esterni e presentazioni a conferenze. Ad esempio, un anno dopo il lancio di questo focus group, è stato pubblicato un articolo nella rivista Nucleic Acids Research (vedi Riferimento 1: https://doi.org/10.1093/nar/gkad902).
Membri coordinatori del Focus Group:
- Ana Claudia Sima (Presidente), Responsabile della rappresentazione delle conoscenze
- Séverine Duvaud (copresidente), responsabile del team, risorse biodatali
- Tarcisio Mendes de Farias, Responsabile rappresentazione delle conoscenze
- Marco Pagni, Team Lead, Biologia computazionale
- Jerven Bolleman, ingegnere software principale
Sei un membro del SIB e sei interessato a partecipare? Contatta Ana Claudia Sima o Séverine Duvaud
RIFERIMENTI
- Membri del gruppo RDF del SIB, Il SIB Istituto Svizzero di Bioinformatica Semantic Web of data, Nucleic Acids Research 2023. DOI: 10.1093/nar/gkad902
- Bolleman J. et al, Una vasta raccolta di coppie di domande-query di bioinformatica su grafici di conoscenza federati: metodologia e applicazioni, GigaScience 2025, DOI: 10.1093/gigascience/giaf045