Comprendere come le proteine interagiscono tra loro offre informazioni fondamentali su una serie di processi fisiologici e patologici. Sono ora disponibili nuove conoscenze su questo argomento: il gruppo Il SIB CALIPHO e ENYO Pharma SA hanno collaborato in un partenariato pubblico-privato (PPP) transnazionale per rendere disponibili al pubblico e FAIR i dati sulle interazioni proteiche umane, attraverso la risorsa SIB neXtProt.
Nell'ambito delle sue attività di ricerca farmacologica, un settore che si basa sempre più sulla decifrazione dell'insieme completo delle interazioni proteiche esistenti in natura, ENYO ha creato un database di interazioni proteiche umane frutto della curazione di esperti.
Con l'obiettivo di rendere questi dati disponibili alla comunità scientifica globale, ENYO ha collaborato con il gruppo CALIPHO allo sviluppo della risorsa Il SIB neXtProt, una banca dati leader nel settore delle proteine umane e punto di riferimento per il progetto HUPO Human Proteome Project (HPP), al fine di integrarli. Di conseguenza, le 108.000 descrizioni delle interazioni proteiche umane curate da ENYO sono apparse nell'ultima versione dei dati neXtProt. Queste interazioni proteina-proteina altamente affidabili e comprovate sperimentalmente coprono più di 12.500 proteine di riferimento umane neXtProt.
"Grazie a questa collaborazione, abbiamo potuto rendere i dati sulle interazioni proteina-proteina di ENYO facilmente accessibili a tutti attraverso la fantastica piattaforma di conoscenza dedicata alle proteine umane che è neXtProt", afferma Laurène Meyniel-Schicklin, co-fondatrice di ENYO. "Siamo lieti di contribuire a renderli disponibili a tutti i ricercatori che studiano e interpretano le reti proteiche nella salute e nella malattia".
"Grazie a questa integrazione, i dati di alta qualità di ENYO non solo sono resi liberamente accessibili, ma anche 'FAIRificati'", commenta Lydie Lane, co-responsabile del gruppo CALIPHO.
Infatti, grazie a neXtProt questi dati sono ora: reperibiliutilizzando gli strumenti di query semantica neXtProt e come esemplificato dalle nuove query SPARQL; accessibilicon licenza CC-BY 4.0 che si applica ai dati in neXtProt; interoperabilicon tutti i dati contenuti nella knowledge base e in altre risorse che utilizzano gli stessi standard del web semantico; e riutilizzabili, poiché i metodi sperimentali e le pubblicazioni sono completamente documentati.
"Tali collaborazioni illustrano molto bene la scalabilità di risorse come neXtProt nell'integrazione di nuovi livelli di conoscenza aperta", conclude.
