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Rivelazione delle nicchie cellulari e delle interazioni spaziali in dati omici spaziali eterogenei
CellCharter: nicchie cellulari spaziali flessibili e scalabili
CellCharter è un framework algoritmico per lo studio delle comunità di cellule all'interno dei tessuti. Il suo obiettivo principale è quello di rivelare come tipi distinti di cellule operano e funzionano in aree mirate. Ciò offre una comprensione più approfondita del comportamento cellulare e delle interazioni all'interno di diversi ambienti biologici, compreso il cancro. CellCharter supera i metodi esistenti non solo identificando nicchie cellulari biologicamente rilevanti in contesti diversi, ma anche rivelando stati spaziali distinti delle cellule tumorali. In questo video vedrete anche come utilizzare CellCharter per rilevare artefatti dai dati di immunofluorescenza. Se siete biologi oncologi, biologi dello sviluppo o neuroscienziati interessati alle comunità cellulari, allora questo intervento fa al caso vostro!
Informazioni sulla serie di conferenze in silico – Le ultime novità nel campo della bioinformatica dagli scienziati del SIB
La serie di conferenze online in silico talks ha lo scopo di informare bioinformatici, scienziati biologici e medici sugli ultimi progressi compiuti dagli scienziati dello SIB su una vasta gamma di argomenti relativi a metodi, ricerca e risorse nel campo della bioinformatica. Iscriviti alla mailing list di in silico talks per rimanere aggiornato sugli ultimi sviluppi, ottenere approfondimenti esclusivi sui recenti articoli scientifici e scoprire come questi progressi potrebbero aiutarti nel tuo lavoro o nella tua ricerca.
Reference(s)
Varrone M, Tavernari, D., Santamaria-Martínez, A. et al. CellCharter rivela nicchie cellulari spaziali associate al rimodellamento dei tessuti e alla plasticità cellulare. Nat Genet 56, 74–84 (2024)
