Rivelazione delle nicchie cellulari e delle interazioni spaziali in dati omici spaziali eterogenei

CellCharter: nicchie cellulari spaziali flessibili e scalabili

CellCharter è un framework algoritmico per lo studio delle comunità di cellule all'interno dei tessuti. Il suo obiettivo principale è quello di rivelare come tipi distinti di cellule operano e funzionano in aree mirate. Ciò offre una comprensione più approfondita del comportamento cellulare e delle interazioni all'interno di diversi ambienti biologici, compreso il cancro. CellCharter supera i metodi esistenti non solo identificando nicchie cellulari biologicamente rilevanti in contesti diversi, ma anche rivelando stati spaziali distinti delle cellule tumorali. In questo video vedrete anche come utilizzare CellCharter per rilevare artefatti dai dati di immunofluorescenza. Se siete biologi oncologi, biologi dello sviluppo o neuroscienziati interessati alle comunità cellulari, allora questo intervento fa al caso vostro!

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Altoparlante
Name:
Marco Varrone
Institute:
Università di Losanna
Group:

Marco Varrone è uno studente di dottorato presso il laboratorio di Oncologia computazionale dell'Università di Losanna. Ha conseguito una laurea magistrale in Informatica e Ingegneria presso il Politecnico di Milano, Italia. Durante il suo progetto di tesi di laurea magistrale, ha lavorato allo studio della relazione tra espressione genica e struttura della cromatina. Attualmente sta lavorando alla caratterizzazione dell'eterogeneità intratumorale attraverso l'analisi computazionale dei dati omici spaziali.

Video
Duration:
9 minutes 30 seconds
Licenza:

Questo video è disponibile sotto licenza Creative Commons CC-BY-4.0

Reference(s)

Varrone M, Tavernari, D., Santamaria-Martínez, A.  et al. CellCharter rivela nicchie cellulari spaziali associate al rimodellamento dei tessuti e alla plasticità cellulare. Nat Genet 56, 74–84 (2024)

 

DOI:
10.1038/s41588-023-01588-4

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