Pathogen Data Network, anno 2: informazioni utili per combattere le epidemie
Il Pathogen Data Network (PDN) entra nel suo secondo anno di attività...
Una panoramica degli strumenti sviluppati al SIB che possono essere utilizzati per comprendere l'attività virale nel contesto della glicosilazione
Attenzione agli zuccheri – L'importanza dei glicani nella progettazione dei vaccini e nell'infezione virale
Gli zuccheri presenti sulla superficie di un virione o delle cellule dell'ospite svolgono un ruolo fondamentale, ma spesso trascurato, nel successo di un vaccino e nel processo di infezione. In questa seriedi in silico talksdell' , Frédérique Lisacek, leader del gruppo al SIB, glicoinformatica, e Philippe Le Mercier, virologo molecolare, presentano una visione dinamica del loro recente articolo congiunto su questo argomento e forniscono una panoramica degli strumenti sviluppati al SIB che possono essere utilizzati per comprendere l'attività virale nel contesto della glicosilazione.
Informazioni sulla serie di conferenze in silico – Le ultime novità nel campo della bioinformatica dagli scienziati del SIB
La serie di conferenze online in silico talks ha lo scopo di informare bioinformatici, scienziati biologici e medici sugli ultimi progressi compiuti dagli scienziati dello SIB su una vasta gamma di argomenti relativi a metodi, ricerca e risorse nel campo della bioinformatica. Iscriviti alla mailing list di in silico talks per rimanere aggiornato sugli ultimi sviluppi, ottenere approfondimenti esclusivi sui recenti articoli scientifici e scoprire come questi progressi potrebbero aiutarti nel tuo lavoro o nella tua ricerca.
Quando virologi e glicobiologi iniziano a dialogare tra loro, il motivo per cui alcuni vaccini hanno particolare successo o falliscono ripetutamente diventa improvvisamente molto più chiaro. I glicani, noti anche come zuccheri, carboidrati o polisaccaridi, presenti sulla superficie di un virus possono infatti agire come uno "scudo" per proteggere il virus dagli anticorpi del vaccino. Lo studio della composizione, della diversità e della struttura di questi glicani è quindi di primaria importanza nella progettazione dei vaccini, ma non solo.
I virus sfruttano anche i glicani degli ospiti per penetrare nella cellula durante l'infezione. Concentrandosi sull'esempio dell'influenza, Philippe Le Mercier (Swiss-Prot Group) e Frédérique Lisacek (Proteome Informatics Group) del SIB tracciano le fasi biologiche che si verificano durante l'infezione e navigano nell'attuale panorama di strumenti bioinformatici interconnessi che possono aiutare a studiare e comprendere le interazioni tra virus e glicani, concentrandosi sulle risorse sviluppate dai gruppi al SIB.
Per citarne solo alcuni: ViralZone per comprendere la diversità dei virus; SugarBind per dedurre le sequenze glicane più probabili a cui gli organismi patogeni aderiscono in modo specifico; GlyConnect per esplorare strutture glicane specifiche delle proteine a cui sono attaccate e viceversa, esplorando al contempo possibili associazioni tra l'espressione tissutale o la glicosilazione sito-specifica; e UniLectin che si concentra sulla struttura 3D e sui dettagli atomici delle proteine che mediano l'attacco e il legame dei virus ai loro bersagli.
In futuro, aumentare la connettività tra le risorse esistenti in immunologia, glicobiologia e virologia, nonché incoraggiare l'adozione di standard di formattazione condivisi - come già avviene per la maggior parte dei dati -omics - per il crescente corpus di informazioni sulla glicosilazione sarà fondamentale per consentire, in ultima analisi, una migliore comprensione dell'influenza e di altri virus.
