Nacho Molina – Lauréat du Prix SIB 2011 pour les bioinformaticiens en début de carrière
Nacho Molina a reçu le prix SIB Early Career Bioinformatician Award pour son projet surla transcription des gènes mammifères avec des cinétiques d'explosion très différentes, réalisé au sein de l'équipe du chef de groupe SIB Félix Naef à l'EPFL (Lausanne).
Aujourd'hui, Nacho dirige avec succès son propre groupe à l'Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire (IGBMS) en France et est également chercheur permanent au Centre national de la recherche scientifique (CNRS). Avec son équipe, il tente d'améliorer notre compréhension de l'influence des processus stochastiques sur la régulation des gènes eucaryotes. Pour en savoir plus sur les recherches de Nacho, suivez @molina_lab sur Twitter.
À propos des SIB Bioinformatics Awards et de notre série d'entretiens « Rencontre avec les anciens lauréats des SIB Awards »
Lancés en 2008 dans le but de distinguer de jeunes bioinformaticiens en Suisse, les SIB Bioinformatics Awards ont depuis parcouru un long chemin : d'un seul prix national à trois prix différents aujourd'hui, récompensant 1) des bioinformaticiens internationaux en début de carrière (SIB Early Career Bioinformatician Award), 2) l'excellence au sein de la communauté suisse des doctorants (SIB Best Swiss Bioinformatics Graduate Paper Award) et 3) des ressources bioinformatiques innovantes (SIB Bioinformatics Resource Innovation Award). Au fil des ans, 21 prix ont été décernés, récompensant neuf lauréats pour leur début de carrière exceptionnel, dix étudiants diplômés pour l'excellence de leurs publications et deux ressources bioinformatiques pour leur caractère innovant.
En 2019, les SIB Bioinformatics Awards seront décernés pour la10e fois, ce qui sera l'occasion de retrouver les anciens lauréats et de leur demander où ils en sont dans leur carrière : cette interview fait partie d'une série qui vous invite à rencontrer les anciens lauréats des SIB Bioinformatics Awards.
À quel stade de votre carrière étiez-vous lorsque vous avez reçu le prix SIB ? Qu'avez-vous ressenti ? Quel était le principal centre d'intérêt de vos recherches à cette époque ?
J'étais postdoc dans le laboratoire de Félix Naef à l'EPFL lorsque j'ai reçu le prix, peu après la publication de notre projet dans Science. C'était la première fois que je recevais un prix pour mes recherches et j'étais très honoré. Même si la publication dans Science était déjà une reconnaissance importante pour mon travail, c'était très spécial pour moi d'être récompensé par la communauté suisse de la bioinformatique, mes collègues. Comme je le dis toujours : scientifiquement parlant, je suis né en Suisse !
À l'époque, je travaillais sur le développement de modèles mathématiques et de méthodes computationnelles pour étudier la stochasticité de l'expression génétique dans les cellules mammifères. J'ai développé un cadre bayésien combinant des modèles de Markov cachés et des modèles stochastiques de réactions biochimiques afin d'analyser les traces d'un rapporteur luciférase spécial (ndlr : une enzyme qui produit de la bioluminescence et permet de suivre l'activité d'autres gènes) mis au point par David Suter dans le laboratoire d'Ueli Schibler à Genève. Ensemble, nous avons pu étudier des paramètres fondamentaux de la transcription génétique, tels que les taux d'activation et de désactivation des gènes ou les taux de synthèse d'ARNm des promoteurs endogènes. De plus, nous avons découvert que pour être réactivés, les gènes doivent passer par une période réfractaire, une sorte de période de réinitialisation pendant laquelle la transcription ne peut pas être activée.
Quels sont vos domaines de recherche actuels ?
L'activité principale de mon groupe consiste à développer des modèles stochastiques et biophysiques de régulation génétique chez les eucaryotes. Nos travaux se situent à l'interface entre la bioinformatique et la biophysique, combinant des outils et des méthodes issus de ces deux domaines. Nous développons des modèles mécanistiques de régulation génétique basés à la fois sur des données génomiques à grande échelle et sur des données d'imagerie unicellulaire. Plus récemment, je me suis intéressé à la modélisation de la dynamique de la régulation génétique dans le contexte du cycle cellulaire et de la différenciation cellulaire.
De nos jours, il est presque impossible de trouver une avancée majeure en biologie qui ne repose pas largement sur des approches informatiques sophistiquées pour analyser les données expérimentales et modéliser le processus biologique étudié
Selon vous, quelle est la découverte la plus fascinante rendue possible par la bioinformatique ?
De nos jours, il est presque impossible de trouver une avancée majeure en biologie qui ne repose pas largement sur des approches informatiques sophistiquées pour analyser les données expérimentales et modéliser le processus biologique étudié. Cependant, si je devais choisir un domaine de recherche récent en bioinformatique qui me passionne particulièrement, ce serait l'inférence des types cellulaires, des lignées de différenciation et des réseaux de régulation génétique à partir de données transcriptomiques unicellulaires.
Qu'aimez-vous faire pendant votre temps libre ?
J'ai deux enfants âgés de 7 et 5 ans : je n'ai pas de temps libre !
Un message pour la future génération de bioinformaticiens ?
Continuez à travailler dur, car l'avenir de la recherche en biologie vous appartient.
