Après avoir démontré avec succès la sécurité de son infrastructure de stockage et de partage des données sensibles des patients, la Suisse a officiellement rejoint la Federated European Genome-phenome Archive (FEGA), une communauté internationale en pleine expansion qui offre un accès fédéré aux ressources génomiques pour la recherche. Consortium de six institutions coordonné par le SIB, le nœud suisse de FEGA permettra d'approfondir notre compréhension de la santé et des maladies, d'accélérer le développement de thérapies personnalisées et de soutenir la mise en œuvre d'initiatives à grande échelle dans le domaine de la génomique et des données de santé en Suisse et au-delà.
Les données omiques des patients constituent une ressource essentielle pour la recherche sur la santé et les maladies. L'accès à ces données est toutefois difficile : elles ne peuvent être rendues publiques ni transférées au-delà des frontières nationales ; les chercheurs individuels délèguent souvent l'expertise et l'infrastructure nécessaires au stockage et à l'accès sécurisé aux données sensibles qu'ils produisent ; et les chercheurs d'autres groupes ne peuvent pas facilement trouver où se trouvent les données non publiques.
FEGA surmonte ces problèmes grâce à un réseau de nœuds nationaux pour le stockage et l'accès sécurisés et conformes à la législation, qui sont reliés à un nœud central (EGA central) pour la recherche de données à l'échelle mondiale. Outre la Suisse, FEGA comprend des nœuds au Canada, en Finlande, en Allemagne, en Norvège, en Pologne, au Portugal, en Espagne et en Suède, et de nombreux autres pays dans le monde sont en train de rejoindre le réseau.
Une ressource mondiale pour la recherche sur les maladies et la médecine personnalisée
FEGA a été lancé en 2022 afin de surmonter un obstacle majeur à la recherche biomédicale : la capacité des scientifiques à trouver et à partager des séquences d'ADN (génomique), des analyses d'expression génétique (transcriptomique) et d'autres données « omiques » provenant de patients. La Suisse a désormais rejoint ce réseau international en pleine expansion, qui comprend actuellement des pays d'Europe et d'Amérique du Nord.
Les données omiques des patients constituent une ressource essentielle pour la recherche sur la santé et les maladies. L'accès à ces données est toutefois difficile : elles ne peuvent être rendues publiques ni transférées au-delà des frontières nationales ; les chercheurs individuels délèguent souvent l'expertise et l'infrastructure nécessaires au stockage et à l'accès sécurisé aux données sensibles qu'ils produisent ; et les chercheurs d'autres groupes ne peuvent pas facilement trouver où se trouvent les données non publiques.
FEGA surmonte ces problèmes grâce à un réseau de nœuds nationaux pour le stockage et l'accès sécurisés et conformes à la législation, qui sont reliés à un nœud central (EGA central) pour la recherche de données à l'échelle mondiale. Outre la Suisse, FEGA comprend des nœuds au Canada, en Finlande, en Allemagne, en Norvège, en Pologne, au Portugal, en Espagne et en Suède, et de nombreux autres pays dans le monde sont en train de rejoindre le réseau.
Cette infrastructure permettra pour la première fois aux chercheurs suisses de déposer des données génomiques humaines dans une archive nationale sécurisée, conforme à la réglementation suisse en matière de protection des données et de recherche sur l'être humain, et de contrôler l'accès à ces données pour des études approuvées dans le monde entier. Cela facilitera la découverte de mécanismes pathologiques et le développement de la médecine personnalisée, en augmentant le volume et la diversité des données génomiques disponibles pour la recherche.
Swiss FEGA prévoit d'être opérationnel pour la soumission de données d'ici la fin de l'année. Le nœud est dirigé par le SIB et soutenu par le Swiss Personalized Health Network (SPHN), avec l'ETH Zürich - Scientific IT Services (ETH-SIS), l'ETH Zürich - NEXUS Personalized Health Technologies (NEXUS), le Health 2030 Genome Center (H2030GC), le Swiss Data Science Center (SDSC) et Switch comme partenaires clés. Swiss Data Science Center (SDSC) et Switch comme partenaires clés. Ce travail contribue à nos objectifs stratégiques qui consistent à libérer les données omiques pour une meilleure santé, à rester à la pointe des nouveaux développements technologiques et à représenter les intérêts de la Suisse au niveau international dans le domaine des infrastructures de recherche en sciences de la vie.
Nous sommes ravis d'accueillir le nœud suisse au sein du réseau FEGA. L'équipe suisse a mené à bien le processus d'intégration en sollicitant l'aide d'autres nœuds déjà établis. Sa documentation minutieuse et sa volonté de partager son savoir-faire seront très utiles aux autres nœuds FEGA en cours d'intégration.
Mise en place des premières archives suisses pour les données génomiques humaines
Swiss FEGA a été invité à rejoindre le réseau mondial après avoir démontré avec succès le fonctionnement de son système de bout en bout :
soumission et stockage sécurisés des données, ainsi que des descriptions standardisées de chaque ensemble de données (métadonnées) ;
recherche de données grâce au téléchargement automatisé des métadonnées non sensibles dans le nœud central EGA, qui permet aux chercheurs de rechercher en un seul endroit les ensembles de données pertinents pour une étude prévue ;
accès contrôlé aux données grâce à un système d'autorisation des demandes d'accès, d'accords de protection des données et d'accès temporaire aux projets de recherche approuvés.
Le SIB a coordonné le développement de cette infrastructure et élaboré le cadre juridique garantissant la conformité de Swiss FEGA avec la réglementation nationale. Toutes les données Swiss FEGA seront archivées en toute sécurité sur l'infrastructure cloud Switch, le SIB étant le propriétaire du service et fournissant le portail utilisateur pour la soumission et la demande de données. L'ETH-SIS gère le service d'archivage sécurisé des données, le SDSC fournit la plateforme de gouvernance des données, et H2030 GC et le SDSC sont responsables de l'engagement des utilisateurs et des tests.
L'accès contrôlé aux données est rendu possible grâce à l'environnement de recherche sécurisé suisse BioMedIT, qui a été créé dans le cadre du SPHN et bénéficie de près d'une décennie d'expérience dans le traitement des données sensibles des patients. Le SPHN est dirigé par l'Académie suisse des sciences médicales en collaboration avec le SIB et soutient la création de Swiss FEGA par un financement initial.
Les scientifiques du SIB alignent en outre les normes relatives aux données et métadonnées du nœud sur les directives internationales afin de garantir l'interopérabilité des données suisses avec d'autres initiatives de grande envergure dans le domaine de la génomique et des données de santé. Il s'agit notamment du projet Génome Suisse, de l'initiative européenne 1+ Million Genomes, du projet européen Genomic Data Infrastructure et de l'European Health Data Space (EHDS). Ces travaux suivent les lignes directrices pour les chercheurs en génomique publiées plus tôt cette année par le SPHN.
Je suis fier de travailler avec des partenaires de toute la Suisse sur ce projet important. Swiss FEGA sera une ressource clé qui profitera à tous les chercheurs en sciences de la vie en Suisse et ouvrira la voie à l'alignement sur les initiatives suisses et européennes en matière de partage des données de santé
Un modèle pour étendre le réseau mondial FEGA
La démonstration de Swiss FEGA sert désormais de modèle à d'autres pays souhaitant rejoindre le réseau. Le SIB a développé un script pour la démonstration de bout en bout, accompagné de lignes directrices sur les exigences organisationnelles, juridiques et techniques, et soutient directement plusieurs pays en phase d'intégration par le biais d'ateliers, notamment lors de la récente réunion 2025 All Hands Meeting d'ELIXIR, l'infrastructure européenne pour les sciences de la vie.
Ces efforts permettront d'accélérer encore davantage la production de connaissances et la médecine personnalisée, en consolidant davantage FEGA en tant que plus grand référentiel mondial pour le partage efficace de données génomiques humaines et de données de santé connexes à des fins de recherche.
Réseau FEGA actuel
Crédits images : FEGA Suisse ; Gabriele Rinck ; FEGA
