Negli ultimi anni, le tecnologie single-cell si sono diffuse a un ritmo incredibilmente rapido e ora svolgono un ruolo centrale in molti progetti di ricerca biologica e medica. In risposta alle sfide interpretative che esse sollevano, sono stati sviluppati centinaia di strumenti e metodi della bioinformatica per aiutare la comunità ad analizzare e visualizzare i propri dati single-cell. Il gruppo di lavoroSingle-cell omics riunisce i membri del SIB interessati a questi argomenti per condividere e discutere le migliori pratiche e far progredire il settore.
Visualizzazione dei dati relativi alle singole cellule: una sfida per la bioinformatica
Il recente avvento del sequenziamento ad alta velocità di singole cellule, come lo scRNA-seq, ha consentito importanti progressi in molti campi (ad esempio l'immuno-oncologia), ma ha anche sollevato notevoli sfide computazionali e analitiche. È disponibile una vasta gamma di metodi che coprono aspetti diversi come il controllo di qualità, il clustering di normalizzazione, la riduzione della dimensionalità, la rimozione dell'effetto batch, l'annotazione del tipo di cellula, l'analisi differenziale o l'inferenza della traiettoria, e ogni settimana ne vengono pubblicati di nuovi. Inoltre, oggi continuano ad emergere nuovi test (multi-omica, profilazione dei recettori immunitari, trascrittomica spaziale), che comportano nuove sfide.
Informazioni sui focus group al SIB
I focus group mirano a promuovere lo scambio di conoscenze e la collaborazione nella comunità dei 900 membri del SIB su argomenti scientifici specifici e/o trasversali, dal sequenziamento di singole cellule all'uguaglianza, alla diversità e all'inclusione. Visualizza tutti i focus group
Un gruppo di lavoro dedicato all'omica delle singole cellule al SIB
Lanciato nel novembre 2022, il gruppo amplia il gruppo AGORA Single-Cell Omics fondato dal leader del gruppo del SIB Santiago Carmona e organizza incontri ibridi ogni primo mercoledì del mese. Il gruppo ha lo scopo di discutere vari argomenti legati all'analisi e alla visualizzazione dei dati delle singole cellule, con particolare attenzione ai problemi pratici ("hands-on") e ai nuovi metodi, benchmark o tecnologie. In presentazioni di 30 minuti, i membri di solito presentano il loro lavoro in corso, ma discutono anche articoli recenti o preprint. Le presentazioni mirano a rimanere informali e sono seguite da una discussione.
Il gruppo conta attualmente più di 150 membri, registrati sul canale dedicato #single-cell-omics-meetings al SIB Slack, e gli incontri riuniscono regolarmente circa 20 partecipanti in presenza e 10-20 partecipanti in remoto, provenienti principalmente dalle comunità del SIB di Losanna, Ginevra, Basilea, Zurigo, Berna e dalla comunità locale dell'AGORA Cancer Research Center di Losanna.
Membri coordinatori del Focus Group:
- Santiago Carmona, presidente (responsabile del gruppo)
- Julien Roux, copresidente (scienziato senior)
- Nadine Fournier, copresidente (direttore associato, TDS)
Sei un membro del SIB e sei interessato a partecipare alle nostre riunioni? Contatta Santiago Carmona o Julien Roux per essere aggiunto al canale Slack e per prenotare una data per una presentazione futura.
RIFERIMENTO
Zappia, L., Theis, F.J. Oltre 1000 strumenti rivelano le tendenze nel panorama dell'analisi RNA-seq a singola cellula. Genome Biol 22, 301 (2021). https://doi.org/10.1186/s13059-021-02519-4
