La plateforme UNCAN permettra aux chercheurs d'accéder en toute sécurité à un vaste ensemble de données sur le cancer, sélectionnées et harmonisées, ce qui accélérera la découverte de nouvelles approches thérapeutiques dont le besoin se fait urgemment sentir. Le SIB dirige les travaux visant à garantir l'interopérabilité et la haute qualité des données au sein de cette plateforme fédérée, notamment grâce à de nouveaux outils d'IA pour l'harmonisation des données. Construite par le partenariat public-privé conjoint UE/Suisse UNCAN-Connect, la plateforme contribuera à la réalisation de la mission européenne contre le cancer, soutiendra l'espace européen des données de santé et fera progresser la stratégie Health2030 de la Suisse.
Une nouvelle ère de partage transnational fiable des données
La mission « Cancer » de l'UE vise à améliorer la prévention, le dépistage et le traitement du cancer d'ici 2030, en réunissant la recherche, l'innovation et les politiques de santé publique d'une manière qui ne peut être réalisée par des études et des actions isolées aux niveaux national, régional ou local.
La plateforme UNCAN est la colonne vertébrale de la mission en matière de données. Au-delà d'une avancée majeure en matière d'infrastructure de recherche, son développement générera des connaissances et une expertise en phase avec l'European Health Data Space, une nouvelle réglementation visant à sécuriser l'utilisation et l'échange de toutes les données de santé électroniques au sein de l'UE.
UNCAN-Connect rassemble 53 instituts de recherche, entreprises et associations de patients de 19 pays afin de construire la plateforme, selon un plan élaboré dans le cadre d'un précédent projet européen. Le SIB est également partenaire du projet européen complémentaire CANDLE (National CAncer data Node DeveLopErs), qui soutiendra la mise en œuvre de la plateforme UNCAN.eu. Lancé en juin, CANDLE réunit 40 partenaires issus de 20 pays européens.
Construire la prochaine génération d'infrastructures de données de santé
Au cours des 175 dernières années, chaque avancée dans le traitement du cancer a suivi une avancée scientifique et technologique. La radiothérapie est apparue peu après la découverte des rayons X, la chimiothérapie après le développement de la synthèse chimique et, plus récemment, l'immunothérapie après les progrès de l'ingénierie génétique. Si ces thérapies révolutionnaires ont sauvé d'innombrables vies, le cancer reste la cause d'un décès sur quatre en Europe et, sans nouvelles innovations, il devrait devenir la première cause de mortalité et de morbidité dans la région d'ici 2035.
Une nouvelle ère de partage transnational fiable des données
La mission « Cancer » de l'UE vise à améliorer la prévention, le dépistage et le traitement du cancer d'ici 2030, en réunissant la recherche, l'innovation et les politiques de santé publique d'une manière qui ne peut être réalisée par des études et des actions isolées aux niveaux national, régional ou local.
La plateforme UNCAN est la colonne vertébrale de la mission en matière de données. Au-delà d'une avancée majeure en matière d'infrastructure de recherche, son développement générera des connaissances et une expertise en phase avec l'European Health Data Space, une nouvelle réglementation visant à sécuriser l'utilisation et l'échange de toutes les données de santé électroniques au sein de l'UE.
UNCAN-Connect rassemble 53 instituts de recherche, entreprises et associations de patients de 19 pays afin de construire la plateforme, selon un plan élaboré dans le cadre d'un précédent projet européen. Le SIB est également partenaire du projet européen complémentaire CANDLE (National CAncer data Node DeveLopErs), qui soutiendra la mise en œuvre de la plateforme UNCAN.eu. Lancé en juin, CANDLE réunit 40 partenaires issus de 20 pays européens.
La plateforme UNCAN (UNderstand CANcer) vise à accélérer cette prochaine avancée en tirant parti de deux révolutions récentes : la génération de vastes quantités de données en sciences de la vie et le développement de puissants modèles d'IA. La plateforme fédérée permettra de surmonter les obstacles techniques et administratifs afin de connecter et de cataloguer diverses données sur le cancer dans l'Union européenne, en Suisse, en Turquie et en Ukraine, que les scientifiques, les cliniciens, les développeurs d'IA et d'autres innovateurs dans le domaine de la santé pourront facilement trouver et mettre en commun afin de découvrir de nouvelles perspectives sur la biologie du cancer et de développer de nouvelles thérapies.
Le SIB est partenaire du consortium financé par l'UE et la Suisse qui construit la plateforme UNCAN-Connect. Nos scientifiques dirigent les travaux visant à garantir que les données cliniques et autres déposées sur la plateforme sont de haute qualité et harmonisées, notamment grâce à des outils d'IA de pointe permettant d'aligner les données sur des normes communes. Ces contributions, ainsi que celles apportées au projet CANDLE (voir encadré), s'appuient sur l'expérience acquise dans la coordination d'autres initiatives innovantes liées aux données de santé, notamment le nœud suisse de la Federated European Genome-phenome Archive (FEGA), l'atlas européen des données sur les patients IMMUcan et Swiss Personalized Health Network (SPHN).
UNCAN-Connect contribuera à la mise en œuvre de la mission européenne contre le cancer et alimentera une initiative encore plus vaste en matière de données de santé, l'espace européen des données de santé (EHDS) adopté cette année (voir encadré). Il soutient également des initiatives suisses dans le domaine de la santé, telles que la stratégie nationale de prévention des maladies non transmissibles, et contribue à la mission du SIB qui consiste à exploiter des connaissances approfondies en matière de données biologiques, de technologies de pointe et de collaborations interdisciplinaires afin d'accélérer l'innovation dans le domaine médical et sanitaire.
UNCAN-Connect est un exemple de la contribution du SIB à la prochaine génération d'infrastructures transnationales de santé en Europe et dans le monde, notamment par la fourniture de données prêtes pour l'IA et le développement de hub de données nationaux conformes à la législation pour trouver et partager en toute sécurité les données sensibles des patients.
Harmonisation et contrôle qualité des données sur le cancer à travers l'Europe
Le projet UNCAN-Connect fournira des cas d'utilisation sur six types de cancer majeurs : pédiatrique, lymphatique, pancréatique, ovarien, pulmonaire et prostatique. Les données proviendront d'hôpitaux, de registres, d'universités et de biobanques des 19 pays partenaires, et seront reliées aux infrastructures de recherche européennes existantes telles que ELIXIR, dont le SIB est le nœud suisse. Un large éventail d'informations sur les patients et les tumeurs sera déposé, notamment des données démographiques, cliniques et sur la qualité de vie ; des marqueurs génétiques et moléculaires issus de la génomique, de la protéomique et d'autres analyses « omiques » ; et des images de tumeurs et d'organes.
Afin de favoriser de nouvelles découvertes, notamment grâce à l'IA, ces données doivent toutes être d'une qualité élevée et constante, utiliser les mêmes unités et descriptions, et avoir la même structure afin de permettre une recherche fiable et reproductible. Les scientifiques du SIB guideront et coordonneront les partenaires du projet afin de répondre à ces exigences fondamentales, grâce à l'élaboration de lignes directrices et d'outils qui garantissent :
- une interopérabilité totale des données, grâce à des normes de formatage, de traitement et d'annotation des données conformes aux principes FAIR (Findable, Accessible, Interoperable and Reusable) et aux directives internationales, et alignées sur l'Espace européen des données de santé (EHDS) et le Règlement général sur la protection des données (RGPD) de l'UE ;
- l'intégrité et la traçabilité des données, grâce à un pipeline de dépôt formel et à des normes de provenance ;
- la qualité des données, grâce à un outil d'évaluation dédié.
Développement d'outils IA innovants pour l'harmonisation des données
Afin de faciliter la mise en œuvre de ces directives, nos scientifiques développeront également des outils d'IA qui aideront les cliniciens et les chercheurs à mettre en correspondance les termes utilisés dans leurs ensembles de données avec les normes communes.
UNCAN-Connect crée des outils et une infrastructure qui nous permettront d'exploiter les énormes quantités de données provenant de patients atteints de cancer qui ont été collectées à travers l'Europe, et de les rendre accessibles et utilisables par les chercheurs. Cela constituera un moteur important pour de nouvelles avancées dans la compréhension et le traitement du cancer au cours des prochaines décennies.
Reference(s)
Crédit photo : Keystone – Bibliothèque de photos scientifiques - Zephyr
