Environ 20 300 gènes codant pour des protéines ont été prédits à partir de l'analyse du génome humain. À l'occasion de son dixième anniversaire, le Human Proteome Project (HPP) annonce la validation expérimentale de 90,4 % du protéome humain avec un haut niveau de rigueur, une étape importante. La publication souligne le rôle de la ressource neXtProt du SIB en tant que base de connaissances de référence du HPP.
À propos de HPP, une initiative communautaire et scientifique ouverte
L'Organisation du protéome humain(HPP) a lancé le projet Proteome humain en 2010, créant ainsi un cadre international pour la collaboration mondiale, le partage des données, l'assurance qualité et l'amélioration de l'annotation précise du protéome codé par le génome. Au cours de la décennie qui a suivi, le HPP a établi des collaborations, élaboré des lignes directrices et des mesures, et entrepris une nouvelle analyse des données communautaires précédemment déposées, augmentant ainsi continuellement la couverture du protéome humain. Pour un voyage interactif dans l'histoire de la protéomique, consultez la chronologie de la HUPO
La ressource neXtProt du SIB est la base de données officielle du projet HPP : en étroite collaboration avec d'autres partenaires clés du projet tels que PeptideAtlas ou Human Protein Atlas, elle centralise, standardise et redistribue les données et propose un certain nombre d'indicateurs pour mesurer l'avancement du projet. En particulier, neXtProt attribue à chaque entrée un statut « d'existence de la protéine », qui indique le type de preuve qui étaye l'existence de la protéine. lire la suite
À l'occasion de son 10e anniversaire et à l'aide de ces indicateurs, HPP annonce que le plan du protéome humain à haute rigueur est complet à 90,4 % (voir Références) : en d'autres termes, plus de 90 % des protéines prédites ont désormais été validées expérimentalement.
« Nous sommes très fiers de participer à cette aventure communautaire visant à approfondir nos connaissances et notre compréhension des protéines humaines grâce à neXtProt. Il s'agit d'une réalisation remarquable », déclare Lydie Lane, co-auteure principale de l'article et directrice adjointe du groupe CALIPHO.
Le prochain défi du HPP sera de comprendre les rôles joués par chacune de ces protéines dans la santé et les maladies humaines, et d'utiliser ces connaissances pour améliorer notre compréhension, le diagnostic et le traitement des cancers, des maladies cardiovasculaires et des maladies infectieuses.
Reference(s)
Adhikari S et al. Un plan détaillé et rigoureux du protéome humain, Nature Communications, 2020.
Omen G S et al. La recherche sur le protéome humain franchit une étape importante : selon le projet HUPO Human Proteome Project,plus de 90 % des protéines humaines prédites ont désormais été détectées de manière fiable, J. Proteome Res., 2020.
