Les bactéries résistantes aux antibiotiques ne prennent pas nécessairement le dessus
Une analyse complète et à long terme de la résistance aux antibiotiques chez les...
Niko Beerenwinkel, chef du groupe SIB à l'ETH Zurich, présente V-Pipe, un nouvel outil de pipeline de bout en bout.
V-Pipe: une ressource du SIB pour exploiter les génomes viraux et améliorer les diagnostics cliniques
L'utilisation clinique des outils génomiques, par exemple dans le contexte des maladies infectieuses, est en plein essor. Mais elle représente encore une tâche analytique colossale, en particulier lorsqu'il s'agit d'identifier et de quantifier les variants d'un virus chez un patient – une prouesse qui pourrait, par exemple, aider à lutter contre la résistance. Premier intervenant de la série« in silico talks », Niko Beerenwinkel, chef de groupe au SIB à l'ETH Zurich, présente V-Pipe, une nouvelle ressource du SIB et un outil complet permettant d'exploiter les génomes viraux et d'améliorer les diagnostics cliniques. Découvrez comment utiliser cet outil, comment créer votre propre pipeline analytique et comment rejoindre la communauté des utilisateurs de V-Pipe.
À propos de la série in silico talks - Les dernières avancées en bioinformatique par les scientifiques du SIB
La série in silico talks a pour but d'informer les bioinformaticiens, les spécialistes des sciences de la vie et les cliniciens des dernières avancées réalisées par les scientifiques du SIB sur un large éventail de sujets liés aux méthodes, à la recherche et aux ressources en bioinformatique. Restez au courant des derniers développements, obtenez des informations exclusives sur les articles récents et découvrez comment ces avancées pourraient vous aider dans votre travail ou votre recherche en vous inscrivant à la liste de diffusion in silico talks.
D'un outil émergent à une ressource à part entière
En 2017, V-Pipe a rejoint le portefeuille de ressources soutenues par le SIB en tant que ressource émergente prometteuse . Aujourd'hui, l'outil est arrivé à maturité et dispose de son propre site web, d'événements et d'une communauté. « Que ce soit en nous permettant d'offrir à nos utilisateurs une assistance experte et un développement continu de l'outil, ou en tirant parti des meilleures pratiques en matière d'expérience utilisateur (UX) pour nous aider à élargir notre base d'utilisateurs, le soutien du SIB est essentiel pour assurer la pérennité d'une ressource telle que V-Pipe, au-delà de la durée d'un projet unique », explique Niko.
En raison de leurs caractéristiques évolutives uniques, notamment leurs taux de mutation élevés et leurs temps de génération courts, les virus ont tendance à former des populations très diverses au sein de chaque patient, abritant de nombreuses variantes différentes. Cela revêt une importance particulière car même les variantes virales à faible fréquence peuvent entraîner une résistance et un échec du traitement.
Le séquençage de nouvelle génération, qui permet d'augmenter la sensibilité des diagnostics viraux en quantifiant la proportion respective de chaque variante chez un patient (diversité génomique intra-hôte), pose plusieurs défis analytiques, car les lectures de séquençage sont généralement très courtes et sujettes à des erreurs.
C'est là qu'intervient V-Pipe, un pipeline informatique qui, à partir des échantillons de séquençage de nouvelle génération provenant du patient, fournit, grâce à plusieurs étapes, une reconstruction complète de la population virale avec les fréquences respectives des variantes.
Des bioinformaticiens intégrés dans des environnements cliniques aux chercheurs dans le domaine des maladies infectieuses ou de la phylogénétique, V-Pipe répond aux besoins d'un large éventail d'utilisateurs. « C'est vraiment passionnant de voir que V-Pipe est déjà utilisé par plusieurs groupes à travers la Suisse. Par exemple, il est déjà intégré dans la recherche sur le VIH et dans des applications diagnostiques à l'hôpital universitaire de Zurich », se réjouit Niko.
