L'impact des variantes génétiques peut dépendre du parent dont elles proviennent
Des caractéristiques telles que la taille, le métabolisme et le risque de...
Il s'agit d'une base de données réconciliée des métabolites et des réactions biochimiques présentant un intérêt pour les scientifiques qui s'intéressent à la modélisation du métabolisme, à la biologie synthétique ou à la biologie des systèmes.
MetaNetX/MNXref: un espace de noms unifié pour les modèles métaboliques
La capture des voies biologiques représente un défi considérable pour les bases de données : elle implique de représenter les métabolites d'une manière compréhensible à la fois pour les humains et les ordinateurs, et qui permette de les interconnecter à travers les réactions biochimiques auxquelles ils participent. Un certain nombre de ressources publiques décrivent l'un ou l'autre de ces aspects, mais le plus difficile est d'assurer leur interopérabilité. La base de données présentée dans cet in silico talk offre une solution à cette fin. Marco Pagni, du groupe Vital-IT du SIB, met en évidence ce qui distingue MetaNetX/MNXref et comment cette base de données alimente toute une série d'applications, des modèles métaboliques à la biologie synthétique et à la bio-ingénierie.
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Quel est le rapport entre l'histoire de la tour de Babel et la manière dont les réseaux métaboliques sont actuellement décrits ? Un indice : la diversité des langages utilisés pour les décrire. Comme Marco l'explique dans son exposé, « les modèles publiés par différents groupes sont très difficiles à comparer et à concilier ».
En effet, plusieurs bases de données existent déjà et se concentrent sur une ou plusieurs couches d'informations liées au métabolisme : la description des métabolites (c'est-à-dire des composés chimiques) en tant que tels, les réactions chimiques dans lesquelles ils sont impliqués, ou les réseaux métaboliques à l'échelle du génome (c'est-à-dire les modèles métaboliques qui capturent les différentes réactions impliquées dans un processus biologique spécifique).
MetaNetX/MNXref est conçu comme un « dictionnaire multilingue » reliant les principales ressources publiques liées au métabolisme.
Écoutez Marco expliquer le défi que représente la création d'une telle ressource et comment le jeu de données résultant de sa dernière version, qui comprend plus d'un million de métabolites et plus de 50 000 réactions, peut être utilisé pour identifier les réactions essentielles d'une voie métabolique ou guider la conception d'études expérimentales.
Reference(s)
Moretti S et al. MetaNetX/MNXref : espace de noms unifié pour les métabolites et les réactions biochimiques dans le contexte des modèles métaboliques, Nucleid Acids Research 2021.
DOI:
