Rajesh Ramaswamy – Lauréat du prix SIB 2010 du meilleur article de fin d'études en bioinformatique
Rajesh Ramaswamy a reçu ce prix pour son article « A new class of highly efficient exact stochastic simulation algorithms for chemical reaction networks »(Une nouvelle classed'algorithmes de simulation stochastique exacte hautement efficaces pour les réseaux de réactions chimiques), basé sur les travaux qu'il a menés en tant qu'étudiant diplômé dans l'équipe de l'ancien chef du groupe SIB Ivo Sbalzarini (aujourd'hui à l'Institut Max Planck de Dresde) à l'ETH Zurich.
Aujourd'hui, Rajesh travaille comme « responsable des sciences des données de santé en Amérique du Nord » pour EMD Serono, une société biopharmaceutique de Merck KGaA basée à Boston, aux États-Unis. L'une de ses principales tâches consiste à développer des méthodes et des algorithmes informatiques pour la modélisation basée sur les données. Pour découvrir d'autres projets de recherche sur lesquels Rajesh a travaillé, consultez sa page Google Scholar et lisez notre interview.
À propos des SIB Bioinformatics Awards et de notre série d'entretiens « Rencontre avec les anciens lauréats des SIB Awards »
Lancés en 2008 dans le but de distinguer de jeunes bioinformaticiens en Suisse, les SIB Bioinformatics Awards ont depuis parcouru un long chemin : d'un seul prix national à trois prix différents aujourd'hui, récompensant 1) des bioinformaticiens internationaux en début de carrière (SIB Early Career Bioinformatician Award), 2) l'excellence au sein de la communauté suisse des doctorants (SIB Best Swiss Bioinformatics Graduate Paper Award) et 3) des ressources bioinformatiques innovantes (SIB Bioinformatics Resource Innovation Award). Au fil des ans, 21 prix ont été décernés, récompensant neuf lauréats pour leur début de carrière exceptionnel, dix étudiants diplômés pour l'excellence de leurs publications et deux ressources bioinformatiques pour leur caractère innovant.
En 2019, les SIB Bioinformatics Awards seront décernés pour la10e fois, ce qui sera l'occasion de retrouver les anciens lauréats et de leur demander où ils en sont dans leur carrière : cette interview fait partie d'une série qui vous invite à rencontrer les anciens lauréats des SIB Bioinformatics Awards.
À quel stade de votre carrière étiez-vous lorsque vous avez reçu le prix SIB ? Qu'avez-vous ressenti ? Quel était le principal centre d'intérêt de vos recherches à cette époque ?
J'ai reçu ce prix au milieu de mes études de doctorat, deux ans avant l'obtention de mon diplôme. Je me souviens avoir été très enthousiaste et encouragé à poursuivre mes travaux sur le développement d'algorithmes de simulation stochastique efficaces pour les grands réseaux de réactions chimiques. Nous avions publié une nouvelle variante de l'algorithme dit « exact stochastic simulation algorithm (SSA) » pour simuler des réseaux de réactions biochimiques. Notre variante, appelée « partial propensity SSA », réduit considérablement le coût de calcul par rapport à d'autres méthodes, quelle que soit la complexité du réseau de réactions, tout en restant exacte (voir l'article pour plus de détails). En tant que lauréat, j'ai eu la chance de pouvoir présenter mes travaux lors de la conférence sur la biologie computationnelle à Bâle. Avec le recul, je peux dire que ce prix m'a motivé à redoubler d'efforts pendant une phase critique de mon doctorat.
Quels sont vos domaines de recherche actuels ?
Je m'intéresse principalement au développement de méthodes et d'algorithmes informatiques pour la modélisation basée sur les données et les hypothèses. Mes domaines d'intérêt sont les suivants : (1) le traitement de l'information dans les réseaux de réactions biochimiques, (2) les solutions automatisées basées sur les données, (3) l'inférence causale et (4) la mécanique active des cellules et des tissus.
Selon vous, quelle est la découverte la plus fascinante rendue possible par la bioinformatique ?
Il est difficile d'imaginer ce qui succédera au projet génome humain. Il sera fascinant de voir les avancées réalisées dans le cadre de ce projet jouer un rôle important dans l'avenir de la médecine de précision et personnalisée.
Voyez grand, prenez des risques, il n'y a aucune limite à ce que chacun d'entre nous peut accomplir.
Qu'aimez-vous faire pendant votre temps libre ?
J'aime faire du sport, principalement la course à pied, la musculation et le squash. J'aime aussi beaucoup aller à des concerts et fréquenter des pubs sympas pour discuter avec les autres clients.
Un message pour la future génération de bioinformaticiens ?
Voyez grand, prenez des risques, il n'y a aucune limite à ce que chacun d'entre nous peut accomplir.
