En octobre dernier, nous avons annoncé avec les HUG le lancement d'une nouvelle plateforme de diagnostic du cancer, OncobenchTM. Développée conjointement par le personnel hospitalier et les équipes Clinical Bioinformatics et Vital-IT de SIB, OncobenchTM a été conçue pour rationaliser et automatiser les analyses moléculaires complexes menant au diagnostic du cancer, tout en garantissant la confidentialité des données des patients.
Quatre mois plus tard, les utilisateurs d'OncoBenchTM au Service de pathologie clinique des HUG ont été invités à évaluer les avantages de la plateforme, utilisée quotidiennement depuis sa mise en place.
Neuf utilisateurs finaux, dont un bioinformaticien clinique, trois techniciens de laboratoire, trois biologistes et deux pathologistes, ont répondu à une série de questions visant à évaluer la facilité d'utilisation de la plateforme, ses fonctionnalités et son impact sur le travail du laboratoire, ainsi que la qualité de la collaboration avec le SIB.
Selon l'enquête, OncobenchTM permet :
- Un gain de temps – Les résultats peuvent désormais être transmis à l'oncologue dans un délai de 4 jours, contre 5 auparavant. De plus, le gain de temps estimé pour le laboratoire correspond à une journée complète par semaine;
- Une amélioration de la qualité des données générées et de leur interprétation clinique ;
- Une courbe d'apprentissage courte et la convivialité de la plateforme - La transition des systèmes précédemment en place vers OncoBenchTM s'est déroulée sans heurts et facilement pour tous les utilisateurs finaux.
Les fonctionnalités les plus appréciées d'OncoBenchTM sont les suivantes :
- La visualisation synthétique de toutes les informations nécessaires au contrôle qualité et à l'annotation des variants ;
- L'accès intégré et transparent à des bases de données publiques externes, combiné à la réutilisation des annotations issues d'analyses internes précédentes ;
- La traçabilité et la standardisation des données ;
- La gestion des rapports cliniques diagnostiques.
Enfin, le modèle de collaboration est unanimement salué, tous les participants estimant que les réunions conjointes avec les développeurs du SIB, ainsi que l'intégration du bioinformaticien du laboratoire dans l'équipe de développement, ont largement contribué à la qualité de la plateforme.
Fort de ce succès, le département Clinical Bioinformatics du SIB travaille déjà à l'exportation de ce modèle collaboratif vers d'autres domaines de la médecine et vers d'autres hôpitaux suisses.
Lien vers le Service de pathologie clinique des HUG
