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Scopri un metodo per generare automaticamente query e democratizzare la glicoinformatica

Uno strumento per ampliare l'accesso alle risorse della glicobiologia

02 March 2023

Molte proteine presenti sulla superficie delle cellule possono contenere glicani che consentono loro di legarsi ad altre proteine. Lo studio delle strutture coinvolte in queste interazioni potrebbe fornire preziose informazioni sulle funzioni fisiologiche. A tal fine sono stati sviluppati vari database, ma spesso richiedono la conoscenza del linguaggio di query SPARQL. In questo in silico talk, Catherine Hayes del gruppo di Frédérique Lisacek presenta GlycoQL, uno strumento che consente anche a chi non è esperto di SPARQL di cercare strutture glicane, generando query automatizzate. Se sei un glicobiologo sperimentale o strutturale, o un informatico interessato a democratizzare le tue query SPARQL, allora questo in silico talk fa al caso tuo!

Informazioni sulla serie di conferenze in silico – Le ultime novità nel campo della bioinformatica dagli scienziati del SIB

La serie di conferenze online in silico talks ha lo scopo di informare bioinformatici, scienziati biologici e medici sugli ultimi progressi compiuti dagli scienziati dello SIB su una vasta gamma di argomenti relativi a metodi, ricerca e risorse nel campo della bioinformatica. Iscriviti alla mailing list di in silico talks per rimanere aggiornato sugli ultimi sviluppi, ottenere approfondimenti esclusivi sui recenti articoli scientifici e scoprire come questi progressi potrebbero aiutarti nel tuo lavoro o nella tua ricerca.

Altoparlante

Name:

Catherine Hayes

Institute:

Università di Ginevra

Group:

Proteome Informatics

Catherine Hayes ha conseguito il dottorato di ricerca presso il Dipartimento di Chimica dell'Università Nazionale d'Irlanda, Galway (NUIG) nel 2009, con una tesi sulla bioinformatica strutturale delle interazioni proteina-ligando. Contemporaneamente, ha collaborato con il Centro per le Scienze Bioanalitiche (CBAS) a un progetto di spettrometria di massa dei glicani, prima di trasferirsi al Dipartimento di Biomedicina dell'Università di Göteborg per lavorare con Niclas Karlsson alla delucidazione strutturale degli oligosaccaridi di tipo O-legato della mucina. Durante la sua permanenza a Göteborg ha anche partecipato a scambi di progetti con i gruppi di Pauline Rudd (NIBRT, Dublino), Nicki Packer (Macquarie University, Sydney) e Frederique Lisacek (il SIB, Ginevra). Dopo una pausa di alcuni anni, è tornata nel campo come biocuratrice di GlyConnect (2020), sempre nel gruppo di F. Lisacek. Attualmente si occupa di biocurazione, annotazione, tecnologie web semantiche e sviluppo di strumenti sia nel campo della glicomica che della proteomica.