Visualizza, comprendi e interpreta le specificità di legame dell'MHC e i ligandi

Un database che utilizza l'apprendimento automatico per decifrare i peptidi per il riconoscimento delle cellule T

Le proteine del complesso maggiore di istocompatibilità (MHC) svolgono un ruolo cruciale nelle risposte immunitarie presentando i peptidi per il riconoscimento delle cellule T. Questi peptidi sono quindi bersagli terapeutici molto importanti e promettenti per i vaccini e l'immunoterapia. In questo in silico talk, Daniel Tadros presenta l'atlante MHC Motif, un database addestrato su grandi set di dati di spettrometria di massa con apprendimento automatico per illuminare la scatola nera per la visualizzazione e l'interpretazione delle specificità di legame delle proteine MHC. Il database è stato sviluppato nel gruppo di David Gfeller del SIB, in collaborazione tra Simon Eggenschwiler e Daniel Tadros.

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Altoparlante
Name:
Daniel Tadros
Institute:
Fondazione ISREC
Group:

Daniel Tadros ha conseguito la laurea triennale e magistrale in Ingegneria delle scienze della vita presso l'École Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL). Ha svolto la sua tesi di laurea magistrale nel Laboratorio di elaborazione delle immagini mediche del Prof. Dimitri Van De Ville. Da maggio 2021 lavora come dottorando nel Laboratorio di biologia computazionale del cancro sotto la supervisione del Prof. David Gfeller allo sviluppo di algoritmi per la previsione degli epitopi. L'obiettivo principale del progetto è quello di svelare le regole della presentazione dell'antigene e della specificità del riconoscimento delle cellule T, che sono alla base dell'immunoterapia contro il cancro.

Video
Duration:
8 minutes
Licenza:

Questo video è disponibile sotto licenza Creative Commons CC-BY-4.0

A causa dell'elevato polimorfismo delle molecole MHC, proteine MHC diverse mostrano specificità di legame diverse. I ricercatori hanno sfruttato grandi set di dati per addestrare strumenti di apprendimento automatico a prevedere i ligandi MHC. Tuttavia, gli strumenti di previsione dei ligandi MHC sono spesso utilizzati come scatole nere e non forniscono spiegazioni sul perché un peptide ottenga un punteggio buono o cattivo. L'atlante dei motivi MHC offre ora l'opportunità di interpretare meglio questi risultati e comprendere meglio le proprietà di legame dei ligandi MHC

Se siete interessati all'immunoterapia contro il cancro e allo sviluppo di vaccini, nonché all'uso dell'apprendimento automatico in questo campo, allora questo intervento fa al caso vostro!

Reference(s)

Tadros D.M. et al. The MHC Motif Atlas: un database delle specificità di legame e dei ligandi dell'MHC. Nucleic Acids Research. 2023;gkac965. doi: 

DOI:
10.1093/nar/gkac965

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