Formation

Se concentrer sur la mission du groupe

Le groupe Training du SIB, dirigé par Patricia Palagi, coordonne l'offre de formation et les cours en bioinformatique de l'institut. À travers ses activités, il veille à ce que la prochaine génération de bioinformaticiens et de scientifiques du vivant tire le meilleur parti des dernières avancées en biologie computationnelle.

Nos cours sont uniques : dispensés par des experts, ils sont à la pointe de l'actualité et axés sur la pratique. Ils complètent l'enseignement dispensé dans les universités suisses, avec lesquelles nous collaborons. En tant que leaders dans le domaine des directives ouvertes et FAIR* pour les supports pédagogiques, nous nous engageons également à autonomiser d'autres formateurs à travers le monde grâce à l'élaboration de normes et au renforcement des capacités.

Patricia Palagi

Directeur du groupe Training du SIB

Répondre aux besoins en matière de formation

Des cours en présentiel et en streaming aux supports librement accessibles, en passant par des enregistrements et des modules d'apprentissage en ligne, une gamme de contenus et de thèmes régulièrement mis à jour est proposée. Ils sont conçus pour répondre aux besoins de formation en bioinformatique detous les acteurs des sciences de la vie, qu'ils soient issus du monde universitaire ou du secteur privé, y compris les doctorants, les post-doctorants et les professionnels de la santé. Découvrez tous les cours à venir etrestez informé. Si vous avez besoin d'une formation dans un domaine de la bioinformatique qui n'est pas encore couvert, n'hésitez pasà nous en faire part.

Collaborations internationales

Le groupe Training collabore à des projets de formation paneuropéens et internationaux, en collaboration avec la communauté bioinformatique élargied'ELIXIR,GOBLET etISCB. Par exemple, le groupe Training codirige ou participe aux projets suivants :

ELIXIR-STEERS: contribuer à donner aux nœuds ELIXIR les moyens d'offrir de meilleures formations.
Pathogen Data Network (PDN) : contribuer au développement et à la mise en place de cours ciblés.
EOSC-FIDELIS: contribuer à promouvoir le développement et le fonctionnement d'un réseau européen de référentiels fiables.
ELIXIR-GOBLET Train-the-Trainer: codiriger le programme ELIXIR et GOBLET, qui permet aux chercheurs de dispenser une formation de haute qualité.
Co-direction de l'ISCB Education COSI, qui encourage les collaborations dans le domaine de l'éducation et de la formation en bioinformatique.

Nos formateurs

Le SIB Training exploite les connaissances des membres du SIB ainsi que celles d'experts nationaux et internationaux pour proposer des cours de niveau mondial.

Comité consultatif pour la formation

Le comité Training discute et décide des perspectives stratégiques et du concept des activités de formation. Il comprend les responsables de groupe du SIB les plus impliqués dans les activités de formation, à savoir :

Report: Data sharing and reuse under GDPR - BY-COVID Fest workshop report. Saldner, S. et al. Zenodo.
Report: BY-COVID D6.2 Training efforts report. Palagi, P. et al. Zenodo.
Article: Using Glittr.org to find, compare and re-use online materials for training and education. van Geest G. et al. PLoS ONE 19(12): e0308729.
Article: The ELIXIR Biodiversity Community: Understanding short- and long-term changes in biodiversity. Waterhouse, R. et al. F1000Res. 2024 May 22;12:ELIXIR-499.
Article: A research data management (RDM) community for ELIXIR. D'Anna, F. et al. F1000Res; 2024.
Article: ELIXIR fair training handbook. Holinski, A. et al. Zenodo; 2024. Read the news

Article: Bioschemas training profiles: A set of specifications for standardizing training information to facilitate the discovery of training programs and resources. Castro LJ. et al. PLoS Comput Biol. 2023.
Article: Grand challenges in bioinformatics education and training. Büşra Işık, E. et al. Nat Biotechnol. 2023.
Article: An international consensus on effective, inclusive, and career-spanning short-format training in the life sciences and beyond. Williams, J. et al. PLoS One. 2023.
Article: Beyond COVID - how the BY-COVID project is increasing European pandemic preparedness. Lauer, K. et.al (2023). Zenodo.
Article: Ten simple rules for writing a PLOS Computational Biology quick tips article.Palagi PM, Schwartz R, Markel S, Ouellette BFF (2023). PLoS Comput Biol 19(12): e1011689.

Article: Community-driven ELIXIR activities in single-cell omics. Czarnewski P, Mahfouz A, Calogero RA et al. Community-driven ELIXIR activities in single-cell omics [version 1; peer review: awaiting peer review]. F1000Research 2022, 11(ELIXIR):869
Article: Ten simple rules for good research practice. Simon Schwab, Perrine Janiaud, Michael Dayan, Valentin Amrhein, Radoslaw Panczak, Patricia M. Palagi, Lars G. Hemkens, Meike Ramon, Nicolas Rothen, Stephen Senn, Eva Furrer, Leonhard Held. PLoS Computational Biology, 2022 June 23.

Article: Ten simple rules in good research practice for early career researchers. Simon Schwab, Perrine Janiaud, Michael Dayan, Valentin Amrhein, Radoslaw Panczak, Patricia Palagi, Lars M. Hemkens, Meike G. Ramon, Nicolas Rothen, Stephen Senn. 2021,OSF Preprint.
Article: ELIXIR‐EXCELERATE: establishing Europe's data infrastructure for the life science research of the future. Jennifer Harrow, John Hancock, Niklas Blomberg, Søren Brunak, Salvador Capella‐Gutierrez, Christine Durinx, Chris T Evelo, Carole Goble, Ivo Gut, Jon Ison, Thomas Keane, Brane Leskošek, Luděk Matyska, Johanna McEntyre, Célia Miguel, Arcadi Navarro, Steven Newhouse, Tommi Nyrönen, Patricia Palagi, Bengt Persson, Cyril Pommier, Jordi Rambla, Marco Roos, Gabriella Rustici, Andrew Smith, Alfonso Valencia, Celia van Gelder, Jiri Vondrasek, Nils Peder Willassen, Juan Arenas, Helen Parkinson, Robert D Finn, Sergi Beltran, Leslie Matalonga, Hannah Hurst, Paul Kersey, Ilkka Lappalainen, Pascal Kahlem, Gary Saunders, Sirarat Sarntivijai, Rachel Drysdale, Johnathan Tedds, Jeremy Lanfear. The EMBO Journal,40, 6, e107409, 2021.
Report: Copyright Guidelines - How to acknowledge and be acknowledged in training material. Frédéric Schütz, Clement Parisato, Valeria Di Cola, Monique Zahn, Patricia M. Palagi. 2021 November 29.
Presentation: Making training materials FAIR experiences, challenges, solutions. Saskia Hiltemann, Anna Swan, Verena Ras, Maria Doyle, Melissa Burke, Patricia M. Palagi, Celia W.G van Gelder. 2021 July 25.
Presentation: Open and FAIR in bioinformatics and training. Patricia M. Palagi. 2021 March, Open Science Zurich, 04 March 2021, online.

Report: Lessons learned when moving SIB Training courses from in-person to online – anything in bioinformatics can be taught online, but not anyhow. Patricia M. Palagi. 2020 September 17.
Article: Biocuration - mapping resources and needs. Alexandra Holinski, Melissa L. Burke, Sarah L. Morgan, Peter McQuilton, Patricia M. Palagi. 2020 September 04.
Article: Clinical bioinformatics for microbial genomics and metagenomics: an ESCMID Postgraduate Technical Workshop. Gilbert Greub, Patricia M. Palagi, David Dylus, Adrian Egli, Trestan Pillonel, John W. A. Rossen, Helena M. B. Seth-Smith, Aitana Lebrand. 2020 August 22.
Article: A framework to assess the quality and impact of bioinformatics training across ELIXIR. Kim T. Gurwitz, Prakash Singh Gaur, Louisa J. Bellis, Lee Larcombe, Eva Alloza, Balint Laszlo Balint, Alexander Botzki, Jure Dimec, Victoria Dominguez del Angel, Pedro L. Fernandes, Eija Korpelainen, Roland Krause, Mateusz Kuzak, Loredana Le Pera ,Brane Leskošek, Jessica M. Lindvall, Diana Marek, Paula A. Martinez, Tuur Muyldermans, Ståle Nygård, Patricia M. Palagi, Hedi Peterson, Fotis Psomopoulos, Vojtech Spiwok, Celia W. G. van Gelder, Allegra Via, Marko Vidak, Daniel Wibberg, Sarah L. Morgan, Gabriella Rustici. 2020 July 23.
Presentation: Applying best practices to enhance bioinformatics training in Switzerland. Diana Marek, Wandrille Duchemin, Isabelle Dupanloup, Grégoire Rossier, Margaux Roulet, Frédéric Schütz, Monique Zahn, Patricia M. Palagi. 2020 July 16.
Article: Ten simple rules for making training materials FAIR. Leyla Garcia, Bérénice Batut, Melissa L. Burke, Mateusz Kuzak, Fotis Psomopoulos, Ricardo Arcila, Teresa K. Attwood, Niall Beard, Denise Carvalho-Silva, Alexandros C. Dimopoulos, Victoria Dominguez del Angel, Michel Dumontier, Kim T. Gurwitz, Roland Krause, Peter McQuilton, Loredana Le Pera, Sarah L. Morgan, Päivi Rauste, Allegra Via, Pascal Kahlem, Gabriella Rustici, Celia W. G. van Gelder, Patricia M. Palagi. 2020 May 21

Report: Report on training provided across the ELIXIR community. Attwood Terri, Ben-Avraham Daniel, Beard Niall, Dominguez del Angel Victoria, Fernandes Pedro, Gurwitz Kim, Kahlem Pascal, Korpelainen Eija, Leskošek Brane, Lindvall Jessica, Morgan Sarah, Nygard Stale, Palagi Patricia, Peterson Heidi, Rustici Gabriella, Sansone Susanna-A, Thurston Milo, van Gelder Celia, Via Allegra. 2019 August 23
Presentation: FAIR Training in ELIXIR Europe. Mateusz Kuzak, Leyla García Castro, Bérénice Batut, Ricardo Arcila, Niall Beard, Melissa Burke, Denise Carvalho-Silva, Victoria Dominguez Del Angel, Kim Gurwitz, Pascal Kahlem, Paula Martinez, Sarah Morgan, Peter McQuilton, Patricia Palagi, Fotis Psomopoulos, Gabriella Rustici, Celia van Gelder. 2019 July 24.

Presentation: ELIXIR-Training-2018-ELIXIR-CZ-Conference. Celia van Gelder, Patricia M. Palagi, Gabriella Rustici, Pascal Kahlem. 2018 November 24.
Presentation: Challenges in adopting FAIR principles in Training. Patricia M. Palagi, Pascal Kahlem, Gabriela Rustici, Celia W. G. van Gelder. 2018 October 29.

Article: A new pan-European Train-the-Trainer programme for bioinformatics: pilot results on feasibility, utility and sustainability of learning. Allegra Via, Teresa K. Attwood, Pedro L. Fernandes, Sarah L. Morgan, Maria Victoria Schneider, Patricia M. Palagi, Gabriella Rustici, Rochelle E. Tractenberg. 2017 September 26.
Article: The ELIXIR-EXCELERATE Train-the-Trainer pilot programme: empower researchers to deliver high-quality training . Sarah L. Morgan, Patricia M. Palagi, Pedro L. Fernandes, Eija Koperlainen, Jure Dimec, Diana Marek, Lee Larcombe, Gabriella Rustici, Teresa K. Attwood, Allegra Via. 2017 August 24.
Article: Developing a strategy for computational lab skills training through Software and Data Carpentry: Experiences from the ELIXIR Pilot action. Aleksandra Pawlik, Celia W.G. van Gelder, Aleksandra Nenadic, Patricia M. Palagi, Eija Korpelainen, Philip Lijnzaad, Diana Marek, Susanna-Assunta Sansone, John Hancock, Carole Goble. 2017 Jun 03.
Article: BioCIDER: a Contextualisation InDEx for biological Resources discovery. Carlos Horro, Martin Cook, Teresa K. Attwood, Michelle D. Brazas, John M. Hancock, Patricia M. Palagi, Manuel Corpas, Rafael Jimenez. Bioinformatics. 2017 Apr 12. doi: 10.1093/bioinformatics/btx213.
Conference poster: GOBLET Standards Committee: best practices and standards in bioinformatics and biocuration. Maria Victoria Schneider, Teresa K. Attwood, Manuel Corpas, Mike Charleston, Saravanan Dayalan, Pascale Gaudet, Judit Kumuthini, Sarah Morgan, Patricia M. Palagi, Gabriella Rustici. ISB 2017 Mar.

Report: Defining a lingua franca for the ELIXIR/GOBLET e-learning ecosystem. Teresa K. Attwood, Brane Leskosek, Jure Dimec, Sarah Morgan, Nicola Mulder, Celia W. van Gelder, Patricia M. Palagi. 2016 Nov 13.
Report: Report on the training needs identified across the ELIXIR community. Celia van Gelder, Sarah Morgan, Allegra Via, Rita Hendricusdottir, Eija Korpelainen, Chris Ponting, Terri Attwood, Patricia Palagi. 2016 Sep 2.
Article: The SIB Swiss Institute of Bioinformatics' resources: focus on curated databases. SIB Swiss Institute of Bioinformatics Members. Nucleic Acids Res. 2016 Jan 4;44(D1):D27-37. doi: 10.1093/nar/gkv1310. Epub 2015 Nov 28.

Article: GOBLET: The Global Organisation for Bioinformatics Learning, Education and Training
Teresa K. Atwood, Erik Bongcam-Rudloff, Michelle E. Brazas, Manuel Corpas, Pascale Gaudet, Fran Lewitter, Nicola Mulder, Patricia M. Palagi, Maria Victoria Schneider, Celia W. G. van Gelder, and the GOBLET Consortium. PLoS Computational Biology 04/2015; 11(4):e1004143. DOI:10.1371/journal.pcbi.1004143