Se concentrer sur la mission du groupe
Le groupe Training du SIB, dirigé par Patricia Palagi, coordonne l'offre de formation et les cours en bioinformatique de l'institut. À travers ses activités, il veille à ce que la prochaine génération de bioinformaticiens et de scientifiques du vivant tire le meilleur parti des dernières avancées en biologie computationnelle.
Nos cours sont uniques : dispensés par des experts, ils sont à la pointe de l'actualité et axés sur la pratique. Ils complètent l'enseignement dispensé dans les universités suisses, avec lesquelles nous collaborons. En tant que leaders dans le domaine des directives ouvertes et FAIR* pour les supports pédagogiques, nous nous engageons également à autonomiser d'autres formateurs à travers le monde grâce à l'élaboration de normes et au renforcement des capacités.
Répondre aux besoins en matière de formation
Des cours en présentiel et en streaming aux supports librement accessibles, en passant par des enregistrements et des modules d'apprentissage en ligne, une gamme de contenus et de thèmes régulièrement mis à jour est proposée. Ils sont conçus pour répondre aux besoins de formation en bioinformatique detous les acteurs des sciences de la vie, qu'ils soient issus du monde universitaire ou du secteur privé, y compris les doctorants, les post-doctorants et les professionnels de la santé. Découvrez tous les cours à venir etrestez informé. Si vous avez besoin d'une formation dans un domaine de la bioinformatique qui n'est pas encore couvert, n'hésitez pasà nous en faire part.
Collaborations internationales
Le groupe Training collabore à des projets de formation paneuropéens et internationaux, en collaboration avec la communauté bioinformatique élargied'ELIXIR,GOBLET etISCB. Par exemple, le groupe Training codirige ou participe aux projets suivants :
- ELIXIR-STEERS: contribuer à donner aux nœuds ELIXIR les moyens d'offrir de meilleures formations.
- Pathogen Data Network (PDN) : contribuer au développement et à la mise en place de cours ciblés.
- EOSC-FIDELIS: contribuer à promouvoir le développement et le fonctionnement d'un réseau européen de référentiels fiables.
- ELIXIR-GOBLET Train-the-Trainer: codiriger le programme ELIXIR et GOBLET, qui permet aux chercheurs de dispenser une formation de haute qualité.
- Co-direction de l'ISCB Education COSI, qui encourage les collaborations dans le domaine de l'éducation et de la formation en bioinformatique.
Nos formateurs
Le SIB Training exploite les connaissances des membres du SIB ainsi que celles d'experts nationaux et internationaux pour proposer des cours de niveau mondial.
Comité consultatif pour la formation
Le comité Training discute et décide des perspectives stratégiques et du concept des activités de formation. Il comprend les responsables de groupe du SIB les plus impliqués dans les activités de formation, à savoir :
- Pedro Beltrao
- Rémy Bruggmann
- Marek Basler (Unibas)
- Alessandro de Simone (UNIGE)
- Christophe Dessimoz
- Pierre Farmer (Novartis)
- Mark Ibberson
- Raphaelle Luisier
- Patricia Palagi
- Mark Robinson
- Frédéric Schütz (président)
- Thierry Sengstag
- Vincent Zoete
- Rapport : Partage et réutilisation des données dans le cadre du RGPD - Rapport de l'atelier BY-COVID Fest. Saldner, S. et al. Zenodo.
- Rapport : BY-COVID D6.2 Rapport sur les efforts de formation. Palagi, P. et al. Zenodo.
- Article : Utilisation de Glittr.org pour trouver, comparer et réutiliser des ressources en ligne pour la formation et l'éducation. van Geest G. et al. PLoS ONE 19(12) : e0308729.
- Article : La communauté ELIXIR Biodiversity : comprendre les changements à court et à long terme de la biodiversité. Waterhouse, R. et al. F1000Res. 22 mai 2024 ; 12 : ELIXIR-499.
- Article : Une communauté de gestion des données de recherche (RDM) pour ELIXIR. D'Anna, F. et al. F1000Res ; 2024.
- Article : Manuel de formation FAIR ELIXIR. Holinski, A. et al. Zenodo ; 2024. Lire l'actualité
- Article : Bioschemas training profiles: A set of specifications for standardizing training information to facilitate the discovery of training programs and resources. Castro LJ. et al. PLoS Comput Biol. 2023.
- Article : Grands défis de l'enseignement et de la formation en bioinformatique. Büşra Işık, E. et al. Nat Biotechnol. 2023.
- Article : Consensus international sur une formation courte, efficace, inclusive et couvrant toute la carrière dans les sciences de la vie et au-delà. Williams, J. et al. PLoS One. 2023.
- Article : Au-delà de la COVID - comment le projet BY-COVID renforce la préparation de l'Europe à une pandémie. Lauer, K. et.al (2023). Zenodo.
- Article : Dix règles simples pour rédiger un article de conseils rapides pour PLOS Computational Biology.Palagi PM, Schwartz R, Markel S, Ouellette BFF (2023). PLoS Comput Biol 19(12) : e1011689.
- Article : Activités communautaires ELIXIR dans le domaine de l'omique unicellulaire. Czarnewski P, Mahfouz A, Calogero RA et al. Activités communautaires ELIXIR dans le domaine de l'omique unicellulaire [version 1 ; évaluation par les pairs : en attente d'évaluation]. F1000Research 2022, 11(ELIXIR):869
- Article : Dix règles simples pour une bonne pratique de la recherche. Simon Schwab, Perrine Janiaud, Michael Dayan, Valentin Amrhein, Radoslaw Panczak, Patricia M. Palagi, Lars G. Hemkens, Meike Ramon, Nicolas Rothen, Stephen Senn, Eva Furrer, Leonhard Held. PLoS Computational Biology, 23 juin 2022.
- Article : Dix règles simples pour une bonne pratique de la recherche pour les chercheurs en début de carrière. Simon Schwab, Perrine Janiaud, Michael Dayan, Valentin Amrhein, Radoslaw Panczak, Patricia Palagi, Lars M. Hemkens, Meike G. Ramon, Nicolas Rothen, Stephen Senn. 2021, OSF Preprint.
- Article : ELIXIR‐EXCELERATE : établir l'infrastructure européenne de données pour la recherche en sciences de la vie de demain. Jennifer Harrow, John Hancock, Niklas Blomberg, Søren Brunak, Salvador Capella‐Gutierrez, Christine Durinx, Chris T Evelo, Carole Goble, Ivo Gut, Jon Ison, Thomas Keane, Brane Leskošek, Luděk Matyska, Johanna McEntyre, Célia Miguel, Arcadi Navarro, Steven Newhouse, Tommi Nyrönen, Patricia Palagi, Bengt Persson, Cyril Pommier, Jordi Rambla, Marco Roos, Gabriella Rustici, Andrew Smith, Alfonso Valencia, Celia van Gelder, Jiri Vondrasek, Nils Peder Willassen, Juan Arenas, Helen Parkinson, Robert D Finn, Sergi Beltran, Leslie Matalonga, Hannah Hurst, Paul Kersey, Ilkka Lappalainen, Pascal Kahlem, Gary Saunders, Sirarat Sarntivijai, Rachel Drysdale, Johnathan Tedds, Jeremy Lanfear. The EMBO Journal, 40, 6, e107409, 2021.
- Rapport : Directives en matière de droits d'auteur - Comment citer et être cité dans les supports de formation. Frédééric Schütz, Clement Parisato, Valeria Di Cola, Monique Zahn, Patricia M. Palagi. 29 novembre 2021.
- Présentation : Rendre les supports de formation FAIR : expériences, défis, solutions. Saskia Hiltemann, Anna Swan, Verena Ras, Maria Doyle, Melissa Burke, Patricia M. Palagi, Celia W.G van Gelder. 25 juillet 2021.
- Présentation : Ouverture et FAIR dans la bioinformatique et la formation. Patricia M. Palagi. Mars 2021, Open Science Zurich, 4 mars 2021, en ligne.
- Rapport : Leçons apprises lors du passage des cours de formation du SIB en présentiel à l'enseignement en ligne – tout ce qui touche à la bioinformatique peut être enseigné en ligne, mais pas n'importe comment. Patricia M. Palagi. 17 septembre 2020.
- Article : Biocuration - cartographie des ressources et des besoins. Alexandra Holinski, Melissa L. Burke, Sarah L. Morgan, Peter McQuilton, Patricia M. Palagi. 4 septembre 2020.
- Article : Bioinformatique clinique pour la génomique microbienne et la métagénomique : un atelier technique postuniversitaire de l'ESCMID. Gilbert Greub, Patricia M. Palagi, David Dylus, Adrian Egli, Trestan Pillonel, John W. A. Rossen, Helena M. B. Seth-Smith, Aitana Lebrand. 22 août 2020.
- Article : Un cadre pour évaluer la qualité et l'impact de la formation en bioinformatique au sein d'ELIXIR. Kim T. Gurwitz, Prakash Singh Gaur, Louisa J. Bellis, Lee Larcombe, Eva Alloza, Balint Laszlo Balint, Alexander Botzki, Jure Dimec, Victoria Dominguez del Angel, Pedro L. Fernandes, Eija Korpelainen, Roland Krause, Mateusz Kuzak, Loredana Le Pera, Brane Leskošek, Jessica M. Lindvall, Diana Marek, Paula A. Martinez, Tuur Muyldermans, Ståle Nygård, Patricia M. Palagi, Hedi Peterson, Fotis Psomopoulos, Vojtech Spiwok, Celia W. G. van Gelder, Allegra Via, Marko Vidak, Daniel Wibberg, Sarah L. Morgan, Gabriella Rustici. 23 juillet 2020.
- Présentation : Appliquer les meilleures pratiques pour améliorer la formation en bioinformatique en Suisse. Diana Marek, Wandrille Duchemin, Isabelle Dupanloup, Grégoire Rossier, Margaux Roulet, Frédéric Schütz, Monique Zahn, Patricia M. Palagi. 16 juillet 2020.
- Article : Dix règles simples pour rendre les supports de formation FAIR. Leyla Garcia, Bérénice Batut, Melissa L. Burke, Mateusz Kuzak, Fotis Psomopoulos, Ricardo Arcila, Teresa K. Attwood, Niall Beard, Denise Carvalho-Silva, Alexandros C. Dimopoulos, Victoria Dominguez del Angel, Michel Dumontier, Kim T. Gurwitz, Roland Krause, Peter McQuilton, Loredana Le Pera, Sarah L. Morgan, Päivi Rauste, Allegra Via, Pascal Kahlem, Gabriella Rustici, Celia W. G. van Gelder, Patricia M. Palagi. 21 mai 2020
- Rapport : Rapport sur la formation dispensée au sein de la communauté ELIXIR. Attwood Terri, Ben-Avraham Daniel, Beard Niall, Dominguez del Angel Victoria, Fernandes Pedro, Gurwitz Kim, Kahlem Pascal, Korpelainen Eija, Leskošek Brane, Lindvall Jessica, Morgan Sarah, Nygard Stale, Palagi Patricia, Peterson Heidi, Rustici Gabriella, Sansone Susanna-A, Thurston Milo, van Gelder Celia, Via Allegra. 23 août 2019
- Présentation : FAIR Training in ELIXIR Europe. Mateusz Kuzak, Leyla García Castro, Bérénice Batut, Ricardo Arcila, Niall Beard, Melissa Burke, Denise Carvalho-Silva, Victoria Dominguez Del Angel, Kim Gurwitz, Pascal Kahlem, Paula Martinez, Sarah Morgan, Peter McQuilton, Patricia Palagi, Fotis Psomopoulos, Gabriella Rustici, Celia van Gelder. 24 juillet 2019.
- Présentation : ELIXIR-Training-2018-ELIXIR-CZ-Conference. Celia van Gelder, Patricia M. Palagi, Gabriella Rustici, Pascal Kahlem. 24 novembre 2018.
- Présentation : Les défis de l'adoption des principes FAIR dans le domaine de la formation. Patricia M. Palagi, Pascal Kahlem, Gabriela Rustici, Celia W. G. van Gelder. 29 octobre 2018.
- Article : Un nouveau programme paneuropéen de formation des formateurs en bioinformatique : résultats pilotes sur la faisabilité, l'utilité et la durabilité de l'apprentissage. Allegra Via, Teresa K. Attwood, Pedro L. Fernandes, Sarah L. Morgan, Maria Victoria Schneider, Patricia M. Palagi, Gabriella Rustici, Rochelle E. Tractenberg. 26 septembre 2017.
- Article : Le programme pilote ELIXIR-EXCELERATE Train-the-Trainer : donner aux chercheurs les moyens de dispenser une formation de haute qualité . Sarah L. Morgan, Patricia M. Palagi, Pedro L. Fernandes, Eija Koperlainen, Jure Dimec, Diana Marek, Lee Larcombe, Gabriella Rustici, Teresa K. Attwood, Allegra Via. 24 août 2017.
- Article : Développer une stratégie pour la formation aux compétences en laboratoire informatique grâce à Software and Data Carpentry : expériences tirées de l'action pilote ELIXIR. Aleksandra Pawlik, Celia W.G. van Gelder, Aleksandra Nenadic, Patricia M. Palagi, Eija Korpelainen, Philip Lijnzaad, Diana Marek, Susanna-Assunta Sansone, John Hancock, Carole Goble. 3 juin 2017.
- Article : BioCIDER : un index de contextualisation pour la découverte de ressources biologiques. Carlos Horro, Martin Cook, Teresa K. Attwood, Michelle D. Brazas, John M. Hancock, Patricia M. Palagi, Manuel Corpas, Rafael Jimenez. Bioinformatique. 12 avril 2017. doi : 10.1093/bioinformatics/btx213.
- Affiche de conférence : Comité des normes GOBLET : meilleures pratiques et normes en bioinformatique et biocuration. Maria Victoria Schneider, Teresa K. Attwood, Manuel Corpas, Mike Charleston, Saravanan Dayalan, Pascale Gaudet, Judit Kumuthini, Sarah Morgan, Patricia M. Palagi, Gabriella Rustici. ISB mars 2017.
- Rapport : Définition d'une lingua franca pour l'écosystème d'apprentissage en ligne ELIXIR/GOBLET. Teresa K. Attwood, Brane Leskosek, Jure Dimec, Sarah Morgan, Nicola Mulder, Celia W. van Gelder, Patricia M. Palagi. 13 novembre 2016.
- Rapport : Rapport sur les besoins en formation identifiés au sein de la communauté ELIXIR. Celia van Gelder, Sarah Morgan, Allegra Via, Rita Hendricusdottir, Eija Korpelainen, Chris Ponting, Terri Attwood, Patricia Palagi. 2 septembre 2016.
- Article : Les ressources du SIB Institut Suisse de Bioinformatique : focus sur les bases de données organisées. Membres du SIB Institut Suisse de Bioinformatique. Nucleic Acids Res. 4 janvier 2016 ; 44(D1) : D27-37. doi : 10.1093/nar/gkv1310. Publication électronique 28 novembre 2015.
- Article : GOBLET : Organisation mondiale pour l'apprentissage, l'éducation et la formation en bioinformatique
Teresa K. Atwood, Erik Bongcam-Rudloff, Michelle E. Brazas, Manuel Corpas, Pascale Gaudet, Fran Lewitter, Nicola Mulder, Patricia M. Palagi, Maria Victoria Schneider, Celia W. G. van Gelder et le consortium GOBLET. PLoS Computational Biology 04/2015 ; 11(4) : e1004143. DOI:10.1371/journal.pcbi.1004143
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