Aujourd'hui, nous présentons une vue d'ensemble du projet BioMedIT, coordonné par le groupe Personalized Health Informatics du SIB, comme premier article d'une série consacrée au rôle du SIB dans le développement d'une infrastructure de recherche en santé personnalisée en Suisse.
Présentation de la série « Mise en place d'une infrastructure nationale pour permettre l'échange de données biomédicales »
Les perspectives offertes par la santé personnalisée en Suisse, rendues possibles grâce au SPHN, ont déjà fait l'objet d'une grande attention tant dans les médias grand public que dans la presse spécialisée. En revanche, les activités en coulisses qui permettront à la santé personnalisée de prendre son essor, à savoir la création d'une infrastructure informatique sécurisée et d'un langage commun permettant le partage des données des patients à des fins de recherche, ont été beaucoup moins évoquées.
Le SIB est responsable de ces aspects, à savoir le projet BioMedIT et le Data Coordination Centre, et dans cette série, nous présenterons les points de vue des différents acteurs impliqués : chercheurs, infrastructures communes et hôpitaux.
BioMedIT en bref
La capacité des scientifiques spécialisés dans les sciences de la vie à faire progresser nos connaissances sur les maladies et à identifier des thérapies innovantes et personnalisées dépend de leur accès à de grandes quantités de données de haute qualité sur les patients. Cependant, ces données sont soumises à des niveaux élevés de protection et de sécurité, qui imposent des exigences strictes aux infrastructures informatiques, aux processus et à l'expertise sous-jacents.
BioMedIT mettra en place un réseau national coordonné d'infrastructures sécurisées (les « nœuds ») pour soutenir la recherche biomédicale, en s'appuyant sur l'expertise et les infrastructures de recherche existantes des institutions partenaires. BioMedIT fournira ainsi aux chercheurs un environnement informatique sécurisé et performant, ainsi que l'expertise technique nécessaire pour exploiter les connaissances issues des données des patients.
A ce stade, trois noeuds BioMedIT sont en cours de mise en place, à Bâle (exploité par le groupe sciCORE de l'Université de Bâle), à Lausanne (exploité par le SIB) et à Zurich (exploité par le groupe SIS de l'ETH Zurich). Les nœuds fonctionnent selon la même « politique de sécurité de l'information SPHN » et sont coordonnés par le groupe Personalized Health Informatics (PHI) du SIB.
Pourquoi le SIB mène-t-il ce projet ?
Le SIB Institut Suisse de Bioinformatique a été mandaté par le gouvernement suisse pour diriger le Centre de coordination des données de l'initiative SPHN ainsi que le projet BioMedIT en raison de sa position unique en tant que fondation nationale à but non lucratif dont le seul intérêt est l'avancement des sciences de la vie et de la santé. Grâce à ses 20 ans d'expérience dans le domaine des infrastructures de recherche, à son implication en tant que Data Coordination Centre dans plusieurs projets de santé publics-privés à l'échelle européenne et à ses partenariats établis avec des hôpitaux universitaires pour des activités de bioinformatique clinique, le SIB est en effet bien placé pour combler le fossé entre la recherche et le monde clinique.
Comment cela fonctionnera-t-il ? Contexte et cadre juridique
le « Cadre éthique pour un traitement responsable des données dans la recherche en santé personnalisée du Swiss Personalized Health Network (SPHN) » fournit des directives éthiques relatives au traitement des données personnelles au sein du SPHN, en mettant particulièrement l'accent sur le partage des données.
En règle générale, avant tout transfert de données, un projet de recherche utilisant des données sensibles relatives à des personnes nécessite : le consentement éclairé du patient à l'utilisation de ses données à des fins de recherche ; l'approbation du projet de recherche par un comité d'éthique ; et un « accord de transfert et d'utilisation des données » avec les hôpitaux suisses fournissant les données.
Une fois ces conditions remplies, les données sont anonymisées, codées et cryptées avant d'être transférées vers le compte du chercheur sur un nœud BioMedIT. Enfin, BioMedIT fournit aux membres autorisés du projet un accès à un environnement informatique sécurisé dans lequel ils peuvent effectuer leur analyse des données, où qu'ils se trouvent en Suisse.
Où en sommes-nous aujourd'hui ?
Les premières étapes vers un workflow coordonné de cryptage/décryptage ont été franchiesavec succès en septembre 2018. Elles comprenaient un workflow d'analyse computationnelle sous forme de conteneur afin de démontrer la faisabilité d'une analyse robuste et distribuée des données à travers le réseau BioMedIT.
Une « politique de sécurité de l'information SPHN » clarifiant les rôles et les responsabilités des différentes parties a également été mise en place en septembre, et un atelier de formation à la sensibilisation à la sécurité a été organisé à Zurich à la fin de l'année dernière.
Aujourd'hui, l'infrastructure informatique haute performance (y compris le stockage et le calcul) dédiée à BioMedIT est déjà opérationnelle à Zurich. Elle est actuellement déployée à Bâle et le sera à Lausanne dans les prochains mois.
Martin Fox, chef de projet BioMedIT au sein du groupe Personalized Health Informatics du SIB : « Tous les nœuds BioMedIT n'évoluent pas au même rythme, chaque site ayant ses propres contraintes techniques. C'est une chose que les nœuds individuels soient prêts à fonctionner et à accueillir des utilisateurs, mais c'en est une autre que l'ensemble du réseau soit interopérable et connecté de manière sécurisée aux entrepôts de données hospitaliers. Je suis convaincu que d'ici fin 2019, nous disposerons de trois nœuds BioMedIT en ligne et des structures nécessaires pour traiter efficacement les données destinées à la recherche en santé personnalisée.
Comment BioMedIT interagit-il avec le SPHN ?
L'interface entre le projet et l'initiative SPHN est assurée par le groupe Personalized Health Informatics du SIB, qui gère à la fois BioMedIT et le Data Coordination Centre (DCC) du SPHN.
Le SPHN pose les bases pour faciliter les projets de recherche en santé personnalisée, telles que les cadres éthiques, juridiques et techniques pour organiser l'échange de données. Il est supervisé par l'Académie Suisse des Sciences Médicales (ASSM). L'initiative alloue également des fonds à des projets visant à développer ou à mettre en œuvre des infrastructures, ainsi qu'à des projets de recherche favorisant le développement de systèmes de gestion des données cliniques.
Le DCC gère la mise en œuvre de normes nationales en matière de sémantique des données et de mécanismes d'échange afin d'atteindre les objectifs d'interopérabilité de l'initiative. Il oriente le développement des infrastructures en fonction des besoins scientifiques des projets de recherche en santé personnalisée susmentionnés qui utilisent des données cliniques.
