Aujourd'hui, en Suisse, la plupart des tumeurs cancéreuses sont séquencées afin de caractériser leur profil moléculaire et de déterminer le traitement le plus approprié. Mais toutes les mutations génétiques trouvées dans les tumeurs n'ont pas la même pertinence clinique. La plateforme suisse d'interprétation des variants en oncologie (SVIP-O) a été lancée par le SIB, l'ETH Zurich et la HES-SO afin d'offrir aux cliniciens une interprétation harmonisée des variants liés au cancer. SVIP-O, désormais disponible dans sa première version publique, est financée par le projet BioMedIT et le Swiss Personalized Health Network (SPHN). Il s'agit de l'un des premiers projets de développement d'infrastructure du SPHN à être opérationnel.
Preuve de concept pour l'échange sécurisé de données de santé en Suisse
La plateforme suisse d'interprétation des variants en oncologie (SVIP-O) vise à fournir une ressource centrale sécurisée permettant aux cliniciens et aux chercheurs d'interpréter les variants cliniquement vérifiés du cancer et d'identifier ceux qui sont vraiment importants. Le projet est financé par le SPHN et BioMedIT en tant que « projet de développement d'infrastructure », et pour cause : « SVIP-O posait un défi majeur en matière de sécurité, car les données cliniques des patients associées aux variants eux-mêmes ne peuvent être hébergées que sur une infrastructure ultra-sécurisée », explique Valérie Barbié, responsable du groupe Clinical Bioinformatics au SIB et co-investigatrice principale du projet. « Le projet a ainsi contribué à jeter les bases de la protection des données de santé sensibles en Suisse grâce à l'infrastructure BioMedIT. »
« SVIP-O n'est pas un projet de recherche au sens classique du terme, mais plutôt une initiative nationale d'amélioration de la qualité, dans le cadre de laquelle des cliniciens valident conjointement les annotations des variants et les utilisent dans leurs diagnostics de routine. De plus, ces données validées cliniquement seront mises à la disposition des chercheurs du monde entier de manière structurée et efficace », explique Daniel Stekhoven, directeur de NEXUS Personalized Health Technologies, ETH Zurich, et co-chercheur principal du projet.
Des données NGS individuelles à des interprétations harmonisées
Le cancer se caractérise par plusieurs mutations dans l'ADN de la tumeur. Certaines ont peu d'effet, se contentant de préparer le terrain pour la suivante, mais parfois, un seul changement d'acide aminé peut modifier la structure tridimensionnelle d'une protéine. Cela peut donc altérer sa fonction, comme le contrôle de la division cellulaire, provoquant le développement incontrôlable de cellules cancéreuses.
Comment fonctionne SVIP-O dans la pratique ? Actuellement, le service est disponible dans une version publique 1.0. Il propose un résumé des annotations publiques provenant de ressources établies et quelques annotations sélectionnées par SVIP.
À terme, les variants identifiés par séquençage de nouvelle génération dans les tumeurs de patients (par exemple, mélanome ou cancer du sein) seront intégrés dans SVIP-O par des cliniciens, accompagnés de données cliniques telles que l'âge ou le sexe, ce qui permettra d'enrichir en permanence la base de connaissances. Dans le même temps, les cliniciens recevront des rapports instantanés sur les annotations cliniquement validées de tous les variants identifiés chez leurs patients.
« En cas de divergences avec les annotations de variants provenant d'autres ressources, ou lorsqu'une variante rare n'est pas claire, la curation de la littérature spécialisée, soutenue par des outils de text mining, fournira une annotation préliminaire fondée sur des preuves et proposera une interprétation clinique probable », explique Patrick Ruch, responsable du groupe Text Mining et co-chercheur principal de SVIP-O. enfin, un panel clinique composé d'experts des hôpitaux partenaires examinera le résultat afin de fournir une interprétation harmonisée et suisse. La curation par des experts repose sur l'expertise de pointe en littérature biomédicale des biocurateurs Swiss-Prot du SIB, ce qui représente un facteur de confiance supplémentaire pour les partenaires cliniques de SVIP-O. Le cancer se caractérise par plusieurs mutations dans l'ADN de la tumeur. Certaines ont peu d'effet, se contentant de préparer le terrain pour la suivante, mais parfois, un seul changement d'acide aminé peut modifier la structure tridimensionnelle d'une protéine. Cela peut donc altérer sa fonction, telle que le contrôle de la division cellulaire, entraînant le développement incontrôlable de cellules cancéreuses.
Prêt à recevoir des données cliniques
Dans sa version 1.0, SVIP-O contient déjà plus de 340 000 variants provenant de plus de 700 gènes, agrégés à partir de ressources internationales existantes telles que CIViC, OncoKB, ClinVar et COSMIC. Plus de 270 éléments de preuve validés par SVIP ont été créés, et ce chiffre ne cesse d'augmenter à mesure que vous lisez ces lignes.
Outre l'interface publique, disponible sur svip.ch, l'interface de curation est pleinement opérationnelle, un espace sécurisé pour les transactions de données de santé sensibles a été mis en place et une interface de révision réactive destinée aux partenaires cliniques chargés de valider les annotations SVIP sera bientôt disponible. En résumé, SVIP-O est prêt à recevoir du contenu clinique.
Au-delà de l'oncologie, au-delà de la Suisse
Dans un avenir proche, le projet SVIP-O prévoit de collaborer non seulement avec les projets pilotes VICC et BRCA Exchange de la Global Alliance for Genomics and Health (GA4GH), mais aussi avec les groupes ELIXIR qui développent la prochaine génération de Beacon API, permettant un échange transparent des annotations à l'échelle mondiale, et nous donnant ainsi une chance de lutter contre le cancer et d'autres maladies rares.
Le projet SVIP-O est codirigé par trois chefs de groupe du SIB, Valérie Barbié, Daniel Stekhoven et Patrick Ruch, qui dirigent respectivementle groupe Clinical Bioinformatics au SIB, NEXUS Personalized Health Technologies à l'ETH Zurich et le groupe Text Mining de la HES-SO.
SVIP-O s'appuie sur un réseau national d'institutions médicales engagées dans un objectif commun : Société Suisse de Pathologie Moléculaire; Société Suisse de Pathologie; Personalized Health Basel; Kantonsspital Baselland; Hôpital universitaire de Berne; Département de recherche biomédicale et Institut de médecine tissulaire et de pathologie, Université de Berne ; Hôpital universitaire de Genève; Hôpital universitaire de Lausanne; Institut de pathologie de Locarno; Hôpital cantonal de Saint-Gall; Hôpital universitaire de Zurich
