Rationalisation de l'analyse des données générées par spectrométrie de masse

prolfqua : un package R complet pour l'analyse de l'expression différentielle des protéines

La spectrométrie de masse est un outil essentiel pour quantifier la présence de divers peptides et protéines dans des échantillons biologiques. Afin de rationaliser cette analyse, le groupe Proteome Informatics FGCZ dirigé par Christian Panse a développé le package R prolfqua. Dans cet in silico talk, Witold Wolski présente la conception du package et explique comment l'utiliser pour analyser l'expression différentielle de peptides ou de protéines. Si vous êtes intéressé par la quantification des protéines à l'aide de la spectrométrie de masse et l'analyse de l'expression différentielle, cette conférence est faite pour vous !

À propos de la série in silico talks - Les dernières avancées en bioinformatique par les scientifiques du SIB

La série in silico talks a pour but d'informer les bioinformaticiens, les spécialistes des sciences de la vie et les cliniciens des dernières avancées réalisées par les scientifiques du SIB sur un large éventail de sujets liés aux méthodes, à la recherche et aux ressources en bioinformatique. Restez au courant des derniers développements, obtenez des informations exclusives sur les articles récents et découvrez comment ces avancées pourraient vous aider dans votre travail ou votre recherche en vous inscrivant à la liste de diffusion in silico talks.

Intervenants
Name:
Witold E. Wolski
Institute:
ETHZ et Université de Zurich
Group:

Witold E. Wolski a obtenu son doctorat en chimie computationnelle à l'Université libre de Berlin, en Allemagne, sous la supervision de Knut Reinert, après quoi il a effectué des recherches postdoctorales à l'École de mathématiques et de statistiques de l'Université de Newcastle, au Royaume-Uni. Il a travaillé pendant cinq ans comme ingénieur logiciel chez Bruker Daltonics à Brême, en Allemagne, où il a développé des logiciels pour la spectrométrie de masse. Il s'est ensuite installé en Suisse pour apporter son soutien en bioinformatique au laboratoire de Ruedi Aebersold. Witold contribue depuis plus de deux décennies à la spectrométrie de masse computationnelle et à la protéomique. Il travaille aujourd'hui au SIB Group, dirigé par Christian Panse, au Functional Genomics Center Zurich. Ses recherches portent notamment sur la modélisation mathématique et statistique des données de protéomique et de métabolomique par spectrométrie de masse et sur l'automatisation de l'analyse des données.

Vidéo
Duration:
14 minutes 44 secondes
Licence:

Cette vidéo est disponible sous la licence Creative Commons CC-BY-4.0

Reference(s)

Wolski et al., prolfqua : un ensemble complet de programmes R pour l'analyse différentielle de l'expression protéomique. Journal of proteome research 2023. 

DOI:
DOI: 10.1021/acs.jproteome.2c00441

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