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Une solution pour améliorer l'assemblage des génomes

MAPACHE: un pipeline flexible pour cartographier l'ADN ancien 

19 octobre 2023

L'ADN trouvé dans des restes peut nous en apprendre davantage sur les espèces disparues et sur la façon dont les individus vivaient dans les civilisations anciennes. Cependant, le niveau de dégradation de cet ADN ancien ainsi que le risque de contamination rendent difficile le séquençage complet du génome. Dans cet in silico talk, Samuel Neuenschwander, du groupe SIB d'Anna-Sapfo Malaspinas à l'Université de Lausanne, présente MAPACHE, un workflow qui permet de cartographier l'ADN ancien afin d'assembler des génomes de manière efficace et reproductible. Cette méthode a été publiée dans la revue Bioinformatique. Si vous souhaitez travailler avec de l'ADN ancien ou d'autres échantillons d'ADN qui doivent être cartographiés, cette conférence in silico talk est faite pour vous.

À propos de la série in silico talks - Les dernières avancées en bioinformatique par les scientifiques du SIB

La série in silico talks a pour but d'informer les bioinformaticiens, les spécialistes des sciences de la vie et les cliniciens des dernières avancées réalisées par les scientifiques du SIB sur un large éventail de sujets liés aux méthodes, à la recherche et aux ressources en bioinformatique. Restez au courant des derniers développements, obtenez des informations exclusives sur les articles récents et découvrez comment ces avancées pourraient vous aider dans votre travail ou votre recherche en vous inscrivant à la liste de diffusion in silico talks.

Intervenants

Name:

Samuel Neuenschwander

Institute:

Université de Lausanne

Group:

Evolutionary Genomics

Samuel Neuenschwander travaille comme biologiste computationnel senior au SIB dans le groupe Vital-IT ainsi que dans le groupe Génomique évolutive de l'Université de Lausanne. En 2006, il a obtenu un doctorat en génétique des populations à l'Université de Berne sous la supervision de Laurent Excoffier, chef de groupe au SIB, puis a effectué un postdoctorat au sein du groupe de Jérôme Goudet au Département d'écologie et d'évolution de l'Université de Lausanne. Ses recherches portent principalement sur la génomique des populations, de la modélisation computationnelle à l'analyse génomique d'échantillons génomiques modernes et anciens.