Quali sono gli ultimi progressi nel campo dell'informatica che consentono di comprendere meglio le malattie o gli ecosistemi? Come stanno affrontando la crisi COVID-19 i bioinformatici? La prima edizione virtuale della nostra conferenza interna (8-10 giugno) è rimasta fedele alla sua ambizione di rappresentare la diversità scientifica della bioinformatica svizzera. Ha riunito 390 scienziati provenienti da gruppi di biologia computazionale e bioinformatica di tutta la Svizzera, oltre alle relatrici internazionali Victoria Nembaware (Sickle Africa Data Coordination Centre) e Flora Graham (Nature Briefing). Vi invitiamo a scoprire una sintesi dei momenti salienti delle sessioni parallele, della tavola rotonda sul COVID-19 e delle relazioni principali, e a guardare le registrazioni degli interventi, la maggior parte dei quali è stata resa pubblica.
Cosa sono i SIB days?
SIB days sono la conferenza interna del SIB Istituto Svizzero di Bioinformatica, organizzata ogni due anni. Il suo obiettivo? Dare voce agli 80 gruppi del SIB in tutta la Svizzera, attraverso una varietà di argomenti di bioinformatica, e offrire ai suoi 800 membri l'opportunità di incontrarsi, conoscere le attività degli altri e avviare collaborazioni in un'atmosfera amichevole. A causa del COVID-19, la conferenza si è svolta per la prima volta in modalità virtuale, dall'8 al 10 giugno 2020.
Affrontare la crisi COVID-19 come bioinformatici: quattro prospettive
"Con questa tavola rotonda abbiamo voluto approfondire aspetti della pandemia che sono stati poco discussi, ma che sono profondamente legati ai nostri interessi di bioinformatici", afferma Julien Roux dell'Università di Basilea, che ha co-presieduto la sessione. Tra i temi discussi figuravano: biocurazione, sostenibilità delle risorse, formazione e scienza aperta.
Attraverso le prospettive di quattro scienziati del SIB - Emma Hodcroft dell'Università di Basilea, Philippe Le Mercier del gruppo Swiss-Prot del SIB, Patricia Palagi del gruppo di formazione del SIB e Fabio Rinaldi dell'Università di Zurigo e dell'Istituto Dalle Molle per la ricerca sull'intelligenza artificiale - è emerso rapidamente che, al di là della sua natura dirompente, la crisi COVID-19 ha anche portato alla ribalta come mai prima d'ora risorse della bioinformatica come Nextstrain e ViralZone; ha reso più che mai rilevante il tema del finanziamento a lungo termine di banche dati e strumenti software; ha accelerato il passaggio alla disponibilità online dei corsi di bioinformatica al SIB, a beneficio di un pubblico più ampio; e, infine, ha favorito straordinari sforzi di collaborazione e di scienza aperta.
Si è discusso anche della comunicazione con i media in tempi di crisi sanitaria pubblica. "Le filogenesi sono 'meravigliosamente pericolose'", ha affermato Emma Hodcroft, co-sviluppatrice di Nextstrain, il che rende allettante trarre conclusioni inaccurate. Ha spiegato come lei e i suoi colleghi abbiano sviluppato narrazioni scritte sul sito web della risorsa per spiegare meglio concetti complessi a un vasto pubblico.
Scoprite le numerose lezioni apprese da questa situazione eccezionale, nonché le sfide ancora da affrontare per la prossima pandemia, guardando la sessione, seguita da una sessione di domande e risposte:
Accedi ai video delle sessioni registrate: playlist SIB days 2020
Panoramica sul panorama bioinformatico svizzero
Uno dei punti di forza dell'evento è la varietà degli argomenti trattati: il SIB mette in contatto scienziati che lavorano in settori diversi come infrastrutture sicure, genomica, trascrittomica o biologia dei sistemi. Otto sessioni tematiche con oltre 50 interventi hanno abbracciato questa varietà. In particolare, due sessioni hanno illustrato bene come la bioinformatica sia oggi applicata a questioni sociali come la salute o l'ambiente.
La sessione "Data-driven efforts in understanding health and disease" (Sforzi basati sui dati per comprendere la salute e la malattia) è stata co-presieduta dalla leader del gruppo Il SIB Katja Baerenfaller (Istituto svizzero di ricerca sulle allergie e l'asma, Davos) e dal ricercatore post-dottorato Konstantin Popadin (EPFL). Mappare l'eterogeneità dei tumori utilizzando dati su singole cellule, consentire la diagnosi precoce dell'ittero neonatale con l'apprendimento automatico, consentire l'analisi federata dei dati per la ricerca biomedica...: dalla creazione di infrastrutture sicure all'approfondimento delle (dis)funzioni biologiche, la sessione ha evidenziato quanto la bioinformatica sia pervasiva quando si tratta di migliorare la salute.
"Siamo rimasti profondamente colpiti dalla portata dei progetti presentati, dall'analisi e visualizzazione dei dati al calcolo biomedico. Questa sessione ha messo in luce i notevoli progressi computazionali che consentono agli scienziati di acquisire una comprensione più approfondita della salute e delle malattie", afferma Katja Baerenfaller. Guarda il video
Maria Anisimova (ZHAW Zurich University of Applied Sciences), leader del gruppo Il SIB, e Théo Gaboriau (UNIL), ricercatore post-dottorato, hanno co-presieduto la sessione ""Bioinformatica degli ecosistemi in ecologia e agricoltura", che ha visto interventi sul microbioma oceanico, sull'uso delle comunità di protisti come bioindicatori agricoli, sul Microbe Atlas Project (MAP) e su ciò che la saliva degli aborigeni australiani può dirci. Guarda il video
Ampliare gli orizzonti con discorsi stimolanti
In collegamento online dal Sudafrica, Victoria Nembaware è project manager del Sickle Africa Data Coordination Centre (SADaCC) e segretaria dell'African Society for Human Genetics. Ha condiviso le sue esperienze nell'ambito dell'informatica biomedica in Africa, attraverso una panoramica dettagliata della progettazione e dell'attuazione di iniziative su larga scala, guidate da politiche mirate alla lotta contro l'anemia falciforme nella regione subsahariana. Il messaggio chiave? Ha insistito sull'importanza di coinvolgere i gestori dei dati nell'analisi dei dati: "Una volta che ti porti l'acqua da solo, imparerai il valore di ogni goccia". Guarda il video
Molti partecipanti conoscevano già il secondo relatore principale grazie all'influente rassegna stampa quotidiana"Nature Briefing" dedicata alle notizie scientifiche. Ora hanno avuto la possibilità di ascoltare e interagire con Flora Graham, giornalista scientifica e redattrice senior della newsletter quotidiana di Nature, che ha partecipato dall'Europa. Flora ha offerto uno sguardo dietro le quinte su come funziona il giornalismo scientifico, compreso come approcciare i social media e come misurare il successo. Ha proposto di decostruire l'idea che "la bioinformatica è troppo noiosa" offrendo approfondimenti su come i bioinformatici possono contribuire al dibattito più ampio su argomenti quali la condivisione dei dati in genomica o sulle tecnologie rilevanti per la salute o l'ambiente.
siamo stati estremamente fortunati ad avere due relatori principali eccezionali: hanno davvero ampliato la portata dei SIB days, sia attraverso gli argomenti trattati, sia grazie al loro background e alle loro esperienze lavorative uniche. Le presentazioni hanno esposto al pubblico le sfide di ricerca trascurate in Africa in materia di salute e le soluzioni entusiasmanti che si stanno elaborando. E abbiamo ricevuto una motivazione vivace sul perché e sul come possiamo collegare i risultati delle nostre ricerche con ampi canali di comunicazione, dando al contempo uno sguardo al loro funzionamento interno", afferma il capogruppo Roman Arguello (Università di Losanna) del Comitato scientifico dei SIB days 2020.
Il passaggio da una conferenza in presenza a un evento virtuale comporta diverse sfide: come garantire che i partecipanti possano accedere facilmente alle singole sessioni? Come garantire che possano parlare e interagire tra loro? Come consentire loro di presentare un poster e in quale formato?
«Come molti altri eventi nello stesso periodo, abbiamo dovuto adattarci molto rapidamente alle circostanze particolari», afferma Franziska Gruhl, responsabile degli eventi scientifici presso il dipartimento Comunicazione del SIB. «Dall'adattamento del programma scientifico alla creazione di una piattaforma online intuitiva, è stato fatto tutto il possibile per garantire la massima interattività tra i partecipanti, poiché questa è la ragion d'essere dei SIB days ».
La piattaforma della conferenza, sviluppata in collaborazione con l'agenzia web svizzera Inetis, integrava sale virtuali per ogni sessione e poster. Da un unico luogo, consentiva ai partecipanti di consultare il programma, partecipare a una sessione, interagire con i relatori dei poster, senza richiedere loro di installare alcun software. Incorporava anche la piattaforma di comunicazione Slack, che fungeva da canale parallelo per consentire agli organizzatori di rimanere in contatto con i partecipanti.
"Ci siamo affidati a diverse tecnologie per ogni scopo, come Zoom, Slack e Jitsi", continua la sua collega Solange Guye, Event Manager. "Sono state quindi offerte diverse sessioni di prova per informare e preparare nel miglior modo possibile i presidenti di sessione, i relatori e i presentatori dei poster. Alla fine, è stato fantastico vedere quanto fossero popolari la galleria dei poster e le sessioni. Abbiamo sicuramente molti spunti di riflessione sulle funzionalità virtuali da mantenere per i futuri eventi in presenza!".
390
partecipanti
7
workshop
8
sessioni parallele
83
relatori e presentatori dei workshop
18
presidenti di sessione
95
poster e dimostrazioni software
3.634
messaggi pubblicati su Slack
2
lezioni di yoga (di cui una per tutta la famiglia) e una lezione di crossfit
7 ore e 43 minuti
di riproduzione della playlist SIB days su Spotify
Diversità, uguaglianza, inclusione
Il Comitato Scientifico* e il Team Organizzativo dei SIB days 2020 hanno intrapreso diverse azioni per garantire che la variegata comunità dei membri del SIB fosse rappresentata e che fossero offerte pari opportunità, prestando particolare attenzione alla promozione delle donne scienziate tra gli organizzatori, i presidenti di sessione e i relatori principali.
Ad esempio, le coppie di presidenti di sessione non solo erano equilibrate in termini di genere, ma anche intenzionalmente miste per quanto riguarda i livelli di anzianità (ad esempio, capigruppo e ricercatori post-dottorato) e le sedi (ad esempio, Zurigo/Ginevra).
"La diversità era presente fin dall'inizio del processo di organizzazione dei SIB days: il nostro comitato scientifico comprendeva un mix di livelli di anzianità, generi e sedi in Svizzera. Ciò ha creato un'atmosfera collegiale in cui era possibile scambiare liberamente punti di vista diversi, cosa che abbiamo cercato di instillare nella conferenza nel suo complesso. Come post-dottoranda, è stata anche una grande esperienza di apprendimento lavorare fianco a fianco con i capigruppo e gli organizzatori del SIB days, afferma Aleksandra Sapala (ETH Zurigo), membro del Comitato scientifico dei SIB days 2020.
Lo squilibrio tra le candidature presentate da donne e uomini, rispetto al dato relativo a tutti i membri, è leggermente migliorato rispetto all'ultima edizione dei SIB days:
- Nel 2018, il 62% dei membri era costituito da uomini e il 38% da donne, e l'81% delle proposte di interventi proveniva da uomini rispetto al 19% da donne;
- Nel 2020, il 59% dei membri era costituito da uomini e il 41% da donne, e il 71% delle proposte di intervento proveniva da uomini rispetto al 29% da donne.
*Il Comitato Scientifico dei SIB days 2020: Roman Arguello, Capogruppo (Università di Losanna); Julien Roux, Ricercatore Senior (Ospedale Universitario di Basilea); Aleksandra Sapala, Ricercatrice post-dottorato (ETH Zurigo); Robert Waterhouse, Capogruppo (Università di Losanna)
Non vediamo l'ora di vedervi al [BC]2 2021!
"L'incontro in occasione dei SIB days 2020 ha chiaramente dimostrato i nostri legami come comunità, oltre a mettere in evidenza come la bioinformatica sia sia una parte preziosa della ricerca nel campo delle scienze della vita sia una disciplina scientifica a sé stante", afferma Robert Waterhouse (Università di Losanna), responsabile del gruppo del Comitato scientifico dei SIB days 2020.
La [BC]2 Basel Computational Biology Conference, organizzata da Il SIB, si terrà dal 13 al 16 settembre 2021 a Basilea. Maggiori informazioni seguiranno a breve.
Accedi ai video delle sessioni registrate: playlist SIB days 2020