Negli ultimi anni, i modelli di fondazione sono emersi come potenti strumenti per scoprire modelli, relazioni e le complesse proprietà statistiche delle molecole biologiche quali proteine, DNA e RNA. Sfruttando questi modelli, i ricercatori sono pronti a rivoluzionare la ricerca nel campo della biologia molecolare, inaugurando una nuova era di scoperte e comprensione in questo campo della biologia con il potenziale per lo sviluppo di nuove terapie e strumenti diagnostici. Il gruppo di discussione sui modelli AI delle biomolecole riunisce i membri del SIB interessati ai modelli di base dell'RNA, del DNA e delle proteine per condividere e discutere gli ultimi sviluppi, le migliori pratiche e le sfide in questo campo, con l'obiettivo di far progredire la scienza e l'applicazione di questi modelli trasformativi.
Informazioni sui focus group al SIB
I focus group mirano a promuovere lo scambio di conoscenze e la collaborazione nella comunità dei 900 membri Il SIB su argomenti scientifici specifici e/o trasversali, dal sequenziamento di singole cellule all'uguaglianza, alla diversità e all'inclusione. Visualizza tutti i focus group
Modelli di base per biomolecole
I modelli di base rappresentano un importante passo avanti nel deep learning, caratterizzati da architetture di grandi dimensioni addestrate su enormi quantità di dati non etichettati per creare rappresentazioni generiche in grado di risolvere un'ampia varietà di compiti a valle. I modelli linguistici di grandi dimensioni (LLM) per il linguaggio naturale, come ChatGPT, sono esempi eccellenti di modelli di base. Spesso si basano sul Architettura Transformer che consente loro di cogliere le complesse relazioni e dipendenze all'interno delle sequenze di testo. Di conseguenza, hanno inaugurato una nuova era di possibilità nell'NLP, fornendo ricche rappresentazioni del testo e la capacità di generare un linguaggio naturale nuovo ma fedele.
Informazioni sui focus group al SIB
I focus group mirano a promuovere lo scambio di conoscenze e la collaborazione nella comunità dei 900 membri Il SIB su argomenti scientifici specifici e/o trasversali, dal sequenziamento di singole cellule all'uguaglianza, alla diversità e all'inclusione. Visualizza tutti i focus group
In biologia, modelli simili stanno dimostrando grandi promesse, in particolare nella previsione di strutture e funzioni. A differenza dei precedenti modelli specifici per attività, spesso basati su reti neurali convoluzionali che eccellono nel riconoscimento di modelli locali, questi modelli di base si distinguono per la loro capacità di cogliere dipendenze a lungo raggio e disposizioni strutturali complesse. Recentemente sono emersi modelli per DNA, RNA e proteine. I modelli di base dell'RNA, ad esempio, sono destinati a rivoluzionare la ricerca sull'RNA, scoprendo modelli e relazioni che stanno alla base delle strutture secondarie e terziarie, nonché delle funzioni regolatorie, aprendo la strada a una nuova era di scoperte in biologia. Tuttavia, prima che questa tecnologia possa diventare uno standard di ricerca, è necessario affrontare diverse sfide, tra cui decifrare ciò che questi modelli apprendono realmente, comprenderne i limiti, utilizzarli in modo efficace e migliorarne continuamente le capacità.
Obiettivi del focus group
Il gruppo di lavoroAI Models of Biomolecules riunisce i membri del SIB interessati ai modelli di base per l'omica per condividere e discutere gli ultimi sviluppi, le migliori pratiche e le sfide nel campo. Data la rapidità dei progressi e la necessità di rimanere informati sulle tecnologie trasformative, questo gruppo mira a promuovere la collaborazione tra esperti del settore e informatici. Ampliando il nostro raggio d'azione ai ricercatori nazionali e internazionali, cerchiamo di creare una piattaforma per:
- Rimanere aggiornati: poiché i modelli fondamentali genomici evolvono rapidamente, è difficile stare al passo. Questo gruppo mira a garantire che i membri del SIB e la comunità in generale rimangano informati sugli ultimi sviluppi, mantenendo una rete attiva di esperti diversificati per supportare e formare sia la comunità svizzera che quella internazionale.
- Condivisione delle risorse: dato che i modelli di base RNA, DNA e proteine richiedono notevoli risorse informatiche ed energetiche, questo gruppo cerca di costruire una rete di gruppi di ricerca che possano condividere le risorse, rendendo questi modelli più accessibili all'intera comunità e a beneficio del maggior numero di persone possibile.
- Promuovere la collaborazione: il miglior sviluppo dei modelli di base dell'RNA, del DNA e delle proteine avviene attraverso una stretta collaborazione tra informatici ed esperti del settore. Questo gruppo di lavoro mira a unire queste comunità offrendo una piattaforma per lo scambio di conoscenze attraverso incontri mensili di persona e online, in cui i membri di Il SIB possono presentare le loro esperienze, esaminare articoli pertinenti e condividere le loro ultime scoperte.
Incoraggiamo i membri a partecipare attivamente condividendo le loro esperienze con gli strumenti più recenti, esaminando articoli e contribuendo con codice a un repository GitHub pubblico dedicato ai modelli di base RNA/DNA.
Il gruppo riunisce attualmente 13 gruppi di ricerca del SIB e membri associati registrati al canale dedicato #LLM-omics-meetings al SIB Slack. Prevediamo di lanciare il nostro primo incontro mensile a settembre, con incontri di follow-up previsti ogni mese, sia di persona che in remoto. Stiamo inoltre pianificando di ospitare relatori internazionali 4 volte all'anno.
Membri coordinatori del focus group
- Raphaëlle Luisier, presidente (responsabile del gruppo)
- Janna Hastings, copresidente (capogruppo)
- Vincent Jung, copresidente (dottorando)
- Charlotte Tumesheit, copresidente (ricercatrice post-dottorato)
Sei un membro del SIB e sei interessato a partecipare? Contatta Raphaëlle Luisier o Janna Hastings per essere aggiunto al canale Slack e per prenotare una data per una presentazione futura.