Quelles sont les dernières avancées informatiques pour mieux comprendre les maladies ou les écosystèmes ? Comment les bioinformaticiens font-ils face à la crise du COVID-19 ? La première édition virtuelle de notre conférence interne (8-10 juin) est restée fidèle à son ambition de représenter la diversité scientifique de la bioinformatique suisse. Elle a réuni 390 scientifiques issus de groupes de biologie computationnelle et de bioinformatique de toute la Suisse, ainsi que deux conférencières internationales, Victoria Nembaware (Sickle Africa Data Coordination Centre) et Flora Graham (Nature Briefing). Nous vous invitons à découvrir un résumé des temps forts des sessions parallèles, de la table ronde sur la COVID-19 et des conférences, ainsi qu'à visionner les enregistrements de la plupart des interventions qui ont pu être rendus publics.
Que sont les SIB Days ?
Les SIB Days sont la conférence interne du SIB Institut Suisse de Bioinformatique, organisée tous les deux ans. Son ambition ? Donner la parole aux 80 groupes du SIB à travers la Suisse, à travers une diversité de thèmes liés à la bioinformatique, et offrir à ses 800 membres l'occasion de se rencontrer, d'en apprendre davantage sur les activités des uns et des autres et de lancer des collaborations, dans une ambiance conviviale. En raison de la COVID-19, la conférence s'est déroulée pour la première fois en ligne, du 8 au 10 juin 2020.
Faire face à la crise du COVID-19 en tant que bioinformaticiens : quatre points de vue
« Avec cette table ronde, nous avons voulu approfondir certains aspects de la pandémie qui ont été peu abordés, mais qui sont étroitement liés à nos intérêts en tant que bioinformaticiens », explique Julien Roux de l'Université de Bâle, qui a coprésidé la session. Parmi les thèmes abordés figuraient la biocuration, la durabilité des ressources, la formation et la science ouverte.
À travers les perspectives de quatre scientifiques du SIB - Emma Hodcroft de l'Université de Bâle, Philippe Le Mercier du groupe Swiss-Prot du SIB, Patricia Palagi du groupe Training du SIB et Fabio Rinaldi de l'Université de Zurich et de l'Institut Dalle Molle pour la recherche en intelligence artificielle - il est rapidement apparu qu'au-delà de sa nature disruptive, la crise du COVID-19 a également mis en lumière comme jamais auparavant les ressources bioinformatiques telles que Nextstrain et ViralZone ; elle a rendu plus pertinente que jamais la question du financement à long terme des bases de données et des outils logiciels ; elle a accéléré la transition vers la mise en ligne des cours de bioinformatique du SIB, qui peuvent ainsi bénéficier à un public plus large ; enfin, elle a favorisé d'étonnants efforts de collaboration et de science ouverte.
La communication avec les médias en période de crise sanitaire a également été abordée. « Les phylogénies sont « magnifiquement dangereuses » », a déclaré Emma Hodcroft, co-développeuse de Nextstrain, ce qui peut conduire à tirer des conclusions inexactes. Elle a expliqué comment elle et ses collègues ont rédigé des descriptions sur le site web de la ressource afin de mieux expliquer des concepts complexes à un large public.
Découvrez les nombreux enseignements tirés de cette situation exceptionnelle, ainsi que les défis qui restent à relever pour la prochaine pandémie en regardant la session, suivie d'une séance de questions-réponses :
Accédez aux vidéos des sessions enregistrées : Playlist SIB Days 2020
Aperçu du paysage bioinformatique suisse
La diversité des thèmes abordés constitue l'un des points forts de cet événement : le SIB met en relation des scientifiques travaillant dans des domaines aussi variés que la sécurité des infrastructures, la génomique, la transcriptomique ou la biologie des systèmes. Huit sessions thématiques comprenant plus de 50 exposés ont permis d'aborder cette diversité. Deux sessions ont notamment illustré la manière dont la bioinformatique est aujourd'hui appliquée à des questions sociétales telles que la santé ou l'environnement.
La session « Data-driven efforts in understanding health and disease » (Efforts basés sur les données pour comprendre la santé et la maladie) était coprésidée par Katja Baerenfaller, responsable de groupe au SIB (Institut suisse de recherche sur les allergies et l'asthme, Davos) et Konstantin Popadin, chercheur postdoctoral (EPFL). Cartographier l'hétérogénéité des tumeurs à l'aide de données unicellulaires, permettre la détection précoce de l'ictère néonatal grâce à l'apprentissage automatique, permettre l'analyse fédérée des données pour la recherche biomédicale... De la mise en place d'infrastructures sécurisées à l'approfondissement des connaissances sur les (dys)fonctions biologiques, la session a mis en évidence l'omniprésence de la bioinformatique dans l'amélioration de la santé.
« Nous avons été très impressionnés par l'ampleur des projets présentés, qui allaient de l'analyse et la visualisation des données au calcul biomédical. Cette session a mis en lumière les progrès considérables réalisés dans le domaine du calcul, qui permettent aux scientifiques de mieux comprendre la santé et les maladies », a déclaré Katja Baerenfaller. Regarder la vidéo
Maria Anisimova (ZHAW Zurich University of Applied Sciences), responsable du groupe SIB, et Théo Gaboriau (UNIL) ont co-présidé la session « Bioinformatique des écosystèmes en écologie et en agriculture », qui comprenait des exposés sur le microbiome océanique, l'utilisation des communautés de protistes comme bioindicateurs agricoles, le projet Microbe Atlas (MAP) ainsi que ce que la salive des Aborigènes d'Australie peut nous apprendre. Regarder la vidéo
Élargir ses horizons grâce à des discours inspirants
Victoria Nembaware, qui s'est jointe à nous en ligne depuis l'Afrique du Sud, est chef de projet pour le Sickle Africa Data Coordination Centre (SADaCC) et secrétaire de la Société africaine de génétique humaine. Elle a partagé son expérience en matière d'informatique biomédicale en Afrique, en présentant un aperçu détaillé de la conception et de la mise en œuvre d'initiatives politiques à grande échelle visant à lutter contre la drépanocytose dans la région subsaharienne. Son message clé ? Elle a insisté sur l'importance d'impliquer les gestionnaires de données dans l'analyse des données : « Une fois que vous portez votre propre eau, vous apprenez la valeur de chaque goutte ». Regardez la vidéo
De nombreux participants connaissaient déjà la deuxième intervenante principale grâce à la rubrique« Nature Briefing » du quotidien influent qui résume l'actualité scientifique. Ils ont maintenant eu l'occasion d'écouter et d'échanger avec Flora Graham, journaliste scientifique et rédactrice en chef de la newsletter quotidienne de Nature, qui s'est jointe à nous depuis Londres. Flora a offert un aperçu des coulisses du journalisme scientifique, notamment de la manière d'aborder les médias sociaux et de mesurer le succès. Elle a proposé de déconstruire l'idée selon laquelle « la bioinformatique est trop ennuyeuse » en offrant un aperçu de la manière dont les bioinformaticiens peuvent contribuer au débat plus large sur des sujets tels que les appels au partage des données en génomique ou les technologies pertinentes pour la santé ou l'environnement.
« Nous avons eu beaucoup de chance d'avoir deux conférenciers exceptionnels : ils ont vraiment élargi la portée des SIB Days, tant par les thèmes qu'ils ont abordés que par leur parcours et leur expérience professionnelle uniques. Les présentations ont sensibilisé le public aux défis négligés de la recherche en matière de santé en Afrique et aux solutions passionnantes qui sont en cours d'élaboration. Et nous avons été vivement motivés pour comprendre pourquoi et comment nous pouvons relier les résultats de nos recherches à de larges canaux de communication, tout en ayant un aperçu de leur fonctionnement interne », déclare Roman Arguello (Université de Lausanne), chef de groupe du comité scientifique des SIB Days 2020.
Le passage d'une conférence sur site à un événement virtuel pose plusieurs défis : comment s'assurer que les participants peuvent facilement accéder aux différentes sessions ? Comment garantir qu'ils peuvent discuter et interagir entre eux ? Comment leur permettre de présenter un poster, et sous quel format ?
comme beaucoup d'autres événements organisés pendant cette période, nous avons dû nous adapter très rapidement à des circonstances particulières », explique Franziska Gruhl, responsable des événements scientifiques au département Communication du SIB. « De l'adaptation du programme scientifique à la mise en place d'une plateforme en ligne intuitive, tout a été fait pour garantir une interactivité maximale entre les participants, car c'est la raison d'être des SIB Days.
La plateforme de conférence, développée en collaboration avec l'agence web suisse Inetis, intégrait des salles virtuelles pour chaque session et chaque poster. À partir d'un seul endroit, elle permettait aux participants de consulter le programme, de rejoindre une session, d'interagir avec les présentateurs de posters, sans avoir à installer de logiciel. Elle intégrait également la plateforme de communication Slack, qui servait de canal parallèle permettant aux organisateurs de rester en contact avec les participants.
« Nous avons utilisé plusieurs technologies pour chaque objectif, telles que Zoom, Slack et Jitsi », poursuit sa collègue Solange Guye, responsable événementielle. « Plusieurs sessions de test ont ainsi été proposées afin d'informer et de préparer au mieux les présidents de session, les intervenants et les présentateurs de posters. Au final, nous avons été ravis de constater le succès remporté par la galerie de posters et les sessions. Nous avons certainement beaucoup de matière à réflexion concernant les fonctionnalités virtuelles à conserver pour les futurs événements en présentiel ! »
390
participants
7
ateliers
8
sessions parallèles
83
intervenants et animateurs d'ateliers
18
présidents de session
95
affiches et démonstrations de logiciels
3 634
messages publiés sur Slack
2
cours de yoga (dont un pour toute la famille) et un cours de crossfit
7 heures 43 minutes
de temps de lecture dans la playlist SIB Days sur Spotify
Diversité, égalité, inclusion
Plusieurs mesures ont été prises par le comité scientifique* et l'équipe organisatrice des SIB Days 2020 afin de garantir la représentation de la diversité de la communauté des membres du SIB et l'égalité des chances. Une attention particulière a été accordée à la promotion des femmes scientifiques parmi les organisateurs, les présidents de session et les conférenciers principaux.
Par exemple, les binômes de présidents de session étaient non seulement équilibrés en termes de genre, mais aussi délibérément mixtes en termes d'ancienneté (par exemple, chefs de groupe et chercheurs postdoctoraux) et de lieu (par exemple, Zurich / Genève).
la diversité était présente dès le début du processus d'organisation des SIB Days : notre comité scientifique comprenait des membres de différents niveaux hiérarchiques, sexes et lieux de travail en Suisse. Cela a créé une atmosphère collégiale où divers points de vue ont pu être échangés librement, ce que nous avons cherché à insuffler à l'ensemble de la conférence. En tant que postdoc, cela a également été une expérience très enrichissante de travailler main dans la main avec les chefs de groupe et les organisateurs des SIB », explique Aleksandra Sapala (ETH Zurich), membre du comité scientifique des SIB Days 2020.
Le déséquilibre entre les soumissions des femmes et des hommes, par rapport à la répartition de l'ensemble des membres, s'est légèrement amélioré depuis les derniers SIB Days :
- En 2018, les hommes représentaient 62 % des membres et les femmes 38 %, et 81 % des propositions de présentations provenaient d'hommes contre 19 % de femmes.
- En 2020, les membres étaient composés de 59 % d'hommes et 41 % de femmes, et 71 % des propositions de présentations provenaient d'hommes contre 29 % de femmes.
*Le comité scientifique des SIB Days 2020 : Roman Arguello, chef de groupe (Université de Lausanne) ; Julien Roux, scientifique senior (Hôpital universitaire de Bâle) ; Aleksandra Sapala, chercheuse postdoctorale (ETH Zurich) ; Robert Waterhouse, chef de groupe (Université de Lausanne)
Au plaisir de vous voir à [BC]2 2021 !
« Le rassemblement lors des SIB Days 2020 a clairement démontré les liens qui unissent notre communauté et a mis en évidence le rôle inestimable de la bioinformatique dans la recherche en sciences de la vie, ainsi que sa valeur en tant que discipline scientifique à part entière », a déclaré Robert Waterhouse (Université de Lausanne), chef de groupe du comité scientifique des SIB Days 2020.
La [BC]2 Basel Computational Biology Conference, organisée par le SIB, aura lieu du 13 au 16 septembre 2021 à Bâle. De plus amples informations suivront prochainement.
Accédez aux vidéos des sessions enregistrées : playlist SIB Days 2020