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SWISS BIOINFORMATICS
SIB NEWSLETTER - SEPTEMBER 2016
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Prof. Ron Appel
Direktor

EDITORIAL

Die Schweiz beherbergt eine Vielzahl von Forschungsinstituten in den verschiedensten wissenschaftlichen Disziplinen. Die Bioinformatik ist dabei nicht nur eine wissenschaftliche Disziplin an sich, sondern nimmt auch für die Life Sciences als Ganzes mehr und mehr eine Schlüsselrolle ein. Mit immer mehr SIB Gruppen – zurzeit deren 65 – und einem heutzutage immer grösser werdenden Beitrag der Bioinformatik zu bedeutenden wissenschaftlichen Errungenschaften weitet sich der Einfluss des SIB sowohl auf nationaler wie auch auf internationaler Ebene stetig aus.

Ein wichtiger, weiterer Schritt in der Entwicklung der Bioinformatik ist ihre Ausweitung ins klinische Umfeld. Hierfür hat das SIB eine Gruppe zur Unterstützung der klinischen Bioinformatik an Universitätsspitälern eingerichtet und das erste Diagnosetool installiert. Im gleichen Zuge bereitet sich das SIB auf den offiziellen Start der „Swiss Personalized Health Network“ (SPNH) Initiative vor; das Institut wird zusammen mit Experten der medizinischen Informatik eine Strategie sowie Richtlinien und Leitfäden für die Datenproduktion, die Datenspeicherung, die Kompatibilität und den Datenaustausch in der Schweiz erarbeiten.

Auf europäischer Ebene ist das SIB der Schweizer Knotenpunkt von ELIXIR – das gesamteuropäische Bioinformatik-Programm, dessen Mission der Aufbau einer nachhaltigen, europäischen Infrastruktur für biologische Informationen ist.

Wir sind stolz auf die immer wichtiger werdende Rolle, die das SIB auf dem Gebiet der Bioinformatik einnimmt, und wir wünschen Ihnen viel Vergnügen bei der weiterführenden Lektüre in diesem Newsletter.

AUF DER INTERNATIONALEN BÜHNE
„Open Data in Action“: Forscher, Geldgeber und Industrie heben die Wichtigkeit des offenen Datenaustauschs zur Förderung von Innovation in den Life Sciences hervor
Im Februar fand die „Open Data in Action“ Konferenz in Brüssel statt. Das Meeting brachte rund 100 Forscher, politische Entscheidungsträger, Betreiber von Forschungsinfrastrukturen und Vertreter der Industrie zusammen, um über die Auswirkung von offenem Datenaustausch auf die Innovationskraft in den Life Sciences zu diskutieren. Ron Appel, Direktor des SIB, erwähnte in seiner Rede die wertvollen Beiträge des SIB zum Fortschritt in den Life Sciences. Er hob die Notwendigkeit hervor, eine robuste Infrastruktur zur Sicherung der Nachhaltigkeit und des langfristigen Zugangs zu Daten in den Life Sciences zu entwicklen.
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Indikatoren für ELIXIRs bioinformatische Kernressourcen
Das SIB ist Teil des Horizon 2020 ELIXIR-EXCELERATE Projekts. Ein erklärtes Ziel des Projekts ist die Identifizierung von ELIXIR Kerndatenbeständen, eine Reihe europäischer Datenquellen, die von zentraler Bedeutung für die Wissenschaftler in den Life Sciences und für die langfristige Erhaltung von biologischen Daten sind. In den letzten Monaten arbeitete das SIB, der Schweizer Knotenpunkt von ELIXIR, an der Bestimmung von Indikatoren, die es erlauben, die vielschichtigen Aspekte der verschiedenen Datenquellen sorgfältig zu bewerten.
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FOKUS AUF PERSONALISIERTE MEDIZIN
SIBs Know-how für Ärzte und Patienten
Die erste bioinformatische Diagnostik-Pipeline des SIB ist in einem Spital installiert worden. Das Verfahren erlaubt den nahtlosen Transfer, die Speicherung, die Annotation und die Berichterstellung von genetischen Mutationen in Tumorproben, die durch Next-Generation Sequenzierung analysiert werden. Es wurde von den SIB Gruppen klinische Bioinformatik und Vital-IT in enger Zusammenarbeit mit den Mitarbeitern des Genfer Universitätsspitals entwickelt. Damit bricht ein neues Kapitel in der Geschichte des Instituts an, in welchem das Know-how des SIB nicht nur direkt den Ärzten, sondern auch ihren Patienten zugutekommt.
„Swiss Personalized Health Network“ (SPHN)
Das SIB und weitere Interessenvertreter machen sich für den offiziellen Start des „Swiss Personalized Health Network“ (SPHN) bereit. Torsten Schwede erklärte sich einverstanden, den Posten des Direktors des Datenkoordinationszentrums (DCC) zu übernehmen. Torsten wird mit der Expertengruppe für Daten, zusammengesetzt aus Sachverständigen auf dem Gebiet der medizinischen Informatik, zusammenarbeiten und die Strategie und Richtlinien für die Datenproduktion, die Datenspeicherung, die Kompatibilität und den Datenaustausch erarbeiten.
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AUSGEWÄHLTE NEWS
Haare, Federn und Schuppen haben vieles gemeinsam
Die mögliche evolutionäre Verwandtschaft zwischen Säugetierhaar, Vogelfedern und Reptilienschuppen wurde schon während Jahrzehnten debattiert.

Nun konnten Forscher der Universität Genf (UNIGE) und dem SIB zeigen, dass all diese Hautanhangsgebilde einen gemeinsamen Ursprung haben.
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Die Sequenzierung des Zecken-Genoms
Nach einem jahrzehntelangen Forschungsaufwand ist es einem internationalen Team von Wissenschaftlern mit Beteiligung von SIB Forschern nun gelungen, das Genom der Hirschzecke zu sequenzieren. Von der Analyse des Zecken-Genoms erhofft man sich ein besseres Verständnis davon, wie die Zecken funktionieren. Sie soll dabei helfen, neue Zecken-Kontrollprogramme zu entwickeln, die auf Ebene der Krankheitsübertragung ansetzen.
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Schädliche Mutationen häuften sich während der frühen Wanderung des Menschen aus Afrika
Je weiter eine Population von Ihrem Ursprungsort wegzieht, desto mehr schädliche Mutationen sammeln sich in ihr an. Dies ist das Ergebnis einer Studie unter der Leitung von Laurent Excoffier, SIB Gruppenleiter und Professor an der Universität Bern, und seinem Team im Zuge einer internationalen Zusammenarbeit.
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Die virtuellen SIB Seminare sind jetzt online und für jeden frei zugänglich
Die vom SIB auf dem Campus der Universität Lausanne organisierten Computational Biology-Seminare sind nun online und für jeden frei zugänglich. Diese Seminare bieten Naturwissenschaftlern und Medizinern eine ausgezeichnete Gelegenheit, mehr über die Forschung, das Know-how und die Ressourcen des SIB zu erfahren.

Für weitere Informationen besuchen Sie bitte die Homepage der Virtual Seminar Series und abonnieren Sie unsere Mailingliste, um Ankündigungen für zukünftige Seminare zu erhalten.

Kontakt: diana.marek@sib.swiss
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EVENTS
SIB Days 2016
Am 7. und 8. Juni fanden die SIB Days 2016 in Biel/Bienne statt. Das SIB organisiert diese interne wissenschaftliche Tagung im Zweijahresrhythmus abwechselnd mit der [BC]2- Basel Computational Biology Konferenz.

Auf dem Programm standen Vorträge über Bioinformatik oder andere wissenschaftliche Gebiete, Poster-Sessions, Blitzvorträge von jungen Forschern, Keynote-Präsentationen und Workshops.

Die SIB Days sind für die SIB Mitglieder eine einzigartige Gelegenheit, sich zu treffen und sich mit ihren Fachkollegen auszutauschen.
SIB Gründungsmitglied feiert sein 30-jähriges Jubiläum
Am 10. April 2016, gleichzeitig mit der Biocuration 2016 Konferenz, feierte das SIB Schweizerische Institut für Bioinformatik und die Swiss-Prot Gruppe das 30-jährige Jubiläum der UniProtKB/Swiss-Prot Datenbank in Genf.

Diese Pionierin der Datenbanken über umfangreich annotierte Proteine wird von der SIB Gruppe Swiss-Prot zusammen mit ihren Partnern im UniProt Konsortium unterhalten und zur Verfügung gestellt, und erzielt über 800'000 Zugriffe jeden Monat. Während den letzten 30 Jahren wurde die Datenbank zu einer unverzichtbaren Ressource an Informationen für die Wissenschaft. Mit dem Aufkommen neuer Hochleistungs-Technologien hat die Swiss-Prot Wissensdatenbank kontinuierlich an Volumen zugelegt, ohne dabei jedoch auf Qualität zu verzichten. Sie ist mit Bravour im 21. Jahrhundert angekommen und blickt gespannt in die Zukunft.

Eine Reihe von Beiträgen wurde zu diesem Anlass verfasst, welche ebenso auf unserer Spezialseite zur Verfügung stehen.
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BIOINFORMATIK FÜR JEDEN
Der 2016 Workshop „Metagenomische Pizza“
Das SIB bietet eine Vielzahl an Aktivitäten rund um die Bioinformatik, unter anderem auch online Workshops. Diese Workshops stehen sowohl Lehrpersonal, Schülern wie auch dem breiten Publikum zur Verfügung und sind in Englisch, Französisch, oder Deutsch gehalten. Sie zeigen den Teilnehmern die Schlüsselrolle auf, die die Bioinformatik in der heutigen Wissenschaftslandschaft einnimmt. Im April wurde einer der bekanntesten Workshops des SIB – die „Metagenomische Pizza“ – in der Fachzeitschrift EMBnet.journal vorgestellt.
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Neuester Protein Spotlight Artikel: Gewohnheiten lockern
Wir sind nicht allein. Seit dem Tag unserer Geburt tragen wir Scharen von Mikroorganismen mit uns herum, welche, wenn alles gut läuft, von uns profitieren und uns dabei aber auch etwas zurückgeben. Dieses Mikrouniversum, ein integraler Bestandteil unserer Physiologie, nennen wir das Mikrobiom. In der jüngsten Vergangenheit haben Forscher die Wichtigkeit des Mikrobioms für unsere Gesundheit aufgezeigt; wie es unser Wohlergehen beeinflusst aber auch die Ursache einer Krankheit sein kann. Nehmen wir als Beispiel unseren Mund. Unser Rachen ist Heimat für Milliarden von Mikroorganismen, mit welchen wir unser tägliches Leben bestreiten.ead More
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ÜBER DAS SIB
SIB Profile 2016 / Jahresbericht 2015
Das SIB weitet seine Aktivitäten immer mehr in allen Bereichen der Bioinformatik aus – von der Proteomik und der Genomik zur Metabolomik bis zum äusserst wichtigen Aspekt der personalisierten Lösungen im Gesundheitswesen. Ein Höhepunkt des SIB im 2015 war seine Ernennung zu einem FAO-Referenzzentrum für Bioinformatik durch die Ernährungs- und Landwirtschaftsorganisation der Vereinten Nationen (FAO). Im Laufe des Jahres 2015 sind dem SIB fünf neue Forschungsgruppen und eine weitere Partnerinstitution beigetreten. Dies beweist nicht nur die Bedeutung des SIB für die Life Sciences, sondern zeugt auch von der Nachfrage nach einer solchen Infrastruktur.

Lernen Sie mehr über die Höhepunkte des SIB im 2015 in unserem Jahresbericht.
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Über das SIB Schweizerische Institut für Bioinformatik
Das SIB Schweizerische Institut für Bioinformatik ist eine akademische, gemeinnützige Organisation. Auftrag des Instituts ist es, das Gebiet der Bioinformatik in der Schweiz zu leiten und zu koordinieren. Die Data-Science-Experten des SIB bündeln ihre Kompetenzen mit dem Ziel, die biologische und medizinische Forschung voranzubringen und das Gesundheitswesen zu verbessern, indem sie (i) für die nationale und internationale naturwissenschaftliche Forschung in den Life Science hochmoderne bioinformatische Infrastruktur bereitstellen, einschließlich Ressourcen, Fachkompetenz und Dienstleistungen; (ii) Spitzenforscher verbinden und Fortbildung auf dem Gebiet der Bioinformatik durchführen. Das SIB besteht aus rund 65 Forschungs- und Dienstleistungsgruppen von Weltrang mit etwa 800 Forschern in den Bereichen Genomik, Transkriptomik, Proteomik, Evolutionsbiologie, Populationsgenetik, Systembiologie, Strukturbiologie, Biophysik und klinische Bioinformatik.
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www.sib.swiss | Kontakt

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