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SWISS BIOINFORMATICS
SIB NEWSLETTER - SEPTEMBRE 2016
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Prof. Ron Appel
Directeur

ÉDITORIAL

La Suisse abrite une multitude d’instituts de recherche impliqués dans des domaines scientifiques très variés. Parmi ceux-ci, la bioinformatique ne se contente pas d’être une discipline scientifique à part entière. Elle est également en passe de devenir la colonne vertébrale des sciences du vivant dans leur ensemble. Avec un nombre de groupes qui ne cesse de croître – le SIB en compte actuellement 65 – et le rôle grandissant de la bioinformatique dans les avancées scientifiques actuelles, le champ d’action du SIB s’étend à la fois sur le plan national et international.  

Un développement notable de la bioinformatique est son application à l’environnement clinique. Le SIB a créé un groupe dont le but est justement de soutenir la bioinformatique clinique dans les hôpitaux universitaires à travers le pays; son premier outil de diagnostic a d’ores et déjà été installé. Le SIB se prépare aussi au lancement officiel de l’initiative Swiss Personalized Health Network (SPHN); l’Institut collaborera dans ce cadre avec des experts dans le domaine de l’informatique médicale, en vue de définir la stratégie et les directives générales à adopter en rapport avec la production, le stockage, l’intéropérabilité et les échanges de données en Suisse.

Sur le plan européen, SIB est le nœud suisse d’ELIXIR – le programme bioinformatique pan-européen dont la mission est de construire une infrastructure européenne pérenne pour l’information biologique.

Nous sommes fiers du rôle toujours plus important que joue le SIB au sein du monde de la bioinformatique, et nous espérons que vous prendrez plaisir à découvrir tous ces développements dans notre newsletter.

SUR LA SCÈNE INTERNATIONALE
Open Data in Action: chercheurs, investisseurs et représentants de l’industrie soulignent l’importance de données biologiques publiques pour booster l’innovation
En février dernier, la conférence Open Data in Action a eu lieu à Bruxelles. La rencontre a rassemblé une centaine de chercheurs, décideurs, responsables des infrastructures de recherche et représentants de l’industrie pour discuter de l’impact sur l’innovation des données biologiques publiques. Lors de son discours, Ron Appel, directeur du SIB, a fait part des précieuses contributions de l’Institut en termes de progrès scientifique dans les sciences de la vie. Il a souligné la nécessité de développer une infrastructure solide afin de garantir la durabilité et l’accessibilité des données des sciences du vivant.
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Indicateurs pour les ressources bioinformatiques fondamentales de la plateforme ELIXIR (Core Bioinformatics Resources)
SIB participe au projet Horizon 2020 ELIXIR-EXCELERATE. L’un des objectifs est l’identification des ressources bioinformatiques fondamentales d’ELIXIR – une collection de bases de données européennes d’importance fondamentale pour l’ensemble de la communauté des sciences du vivant – ainsi que la préservation à long terme des données biologiques. Au cours de ces derniers mois, le SIB, nœud suisse d’ELIXIR, travaille sur l’identification des indicateurs qui permettront d’évaluer avec soin les multiples facettes de ces bases de données.
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FOCUS SUR LA MÉDECINE PERSONNALISÉE
L’expertise du SIB au bénéfice des cliniciens et des patients
Le premier pipeline de diagnostic bioinformatique du SIB a d’ores et déjà été installé dans un hôpital. Il permet d’intégrer harmonieusement le transfert, stockage, annotation et signalement des mutations génétiques d’échantillons de tumeurs analysées par le séquençage de nouvelle génération. Le pipeline a été développé par les groupes de Bioinformatique Clinique du SIB et Vital-IT, en étroite collaboration avec le personnel de l’Hôpital Universitaire de Genève (HUG). Ceci ouvre un nouveau chapitre dans l’histoire de l’Institut: l’expertise du SIB bénéficiera dorénavant non seulement aux cliniciens dans les hôpitaux mais aussi à leurs patients.
Swiss Personalized Health Network (SPHN)
Le SIB, ainsi que d’autres acteurs, se préparent pour le lancement officiel du Swiss Personalized Health Network (SPHN). Torsten Schwede a accepté le rôle de directeur du Centre de Coordination des Données (DCC). Le DCC sera en charge de l’interopérabilité et de l’organisation des données sur le plan national. Torsten travaillera à cette fin avec le Data Expert Group, composé d’experts du domaine de l’informatique médicale, afin de définir la stratégie et les lignes directrices pour la production, le stockage, l’intéropérabilité et l’échange des données.
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BRÈVES
Poils, plumes et écailles: de nombreux points en commun
L’existence d’un lien évolutif entre les poils chez les mammifères, les plumes chez les oiseaux et les écailles chez les reptiles est débattu depuis des décennies.

Aujourd’hui, des chercheurs de l’UNIGE et du SIB démontrent que ces appendices cutanés partagent un ancêtre commun.
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Tic Tac – le séquençage du génome de la tique
Après dix ans de recherches, le génome de la tique du chevreuil a enfin été séquencé par une équipe internationale de scientifiques, dont des chercheurs du SIB. L’étude d’un tel génome permet d’élucider divers aspects fonctionnels de la tique, et contribuera à développer de nouveaux programmes de contrôle en interférant avec les processus de transmission de maladies.
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Des mutations néfastes se sont accumulées durant les premières migrations humaines hors de l’Afrique
Plus une population se déplace loin de son lieu d’origine, plus elle porte de mutations néfastes. C’est le résultat d’une étude menée par le chef de groupe SIB Laurent Excoffier, Professeur à l’Université de Berne, et son équipe, dans le cadre d’une collaboration internationale.
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Les séminaires virtuels du SIB disponibles en ligne et ouverts à tous
Les séminaires de Computational Biology organisés par le SIB sur le campus de l’Université de Lausanne sont désormais disponibles en ligne et ouverts à tous. Ces séminaires constituent une excellente opportunité pour les scientifiques et les cliniciens d’en apprendre davantage sur les recherches, l’expertise et les ressources du SIB.

Pour plus d’information, veuillez visiter la page web Virtual Seminar Series et souscrire à notre mailing list afin de recevoir les annonces futures.

Contact : diana.marek@sib.swiss
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ÉVÉNEMENTS
SIB Days 2016
Les 7 et 8 juin derniers, Bienne (Suisse) a accueilli les SIB Days 2016. Le SIB organise cet événement scientifique pour ses membres tous les deux ans, en alternance avec la [BC]2- Basel Computational Biology Conference.

Au programme, des conférences en lien avec la bioinformatique et d’autres domaines scientifiques, des sessions de posters, des présentations éclair par de jeunes chercheurs, des intervenants de marque ainsi que des workshops.

Pour les membres du SIB, ces journées constituent une occasion unique de rencontrer et échanger avec leurs pairs. 
Un groupe fondateur du SIB célèbre ses 30 ans
Coïncidant avec la Biocuration Conference 2016, le SIB et le groupe Swiss-Prot ont célébré le 10 avril dernier à Genève les trente ans de la banque de données UniProtKB/Swiss-Prot.

Pionnière dans le domaine, cette base de données de protéines annotées de manière exhaustive est hebergée et entretenue par le groupe Swiss-Prot du SIB, en collaboration avec leur collègues du consortium UniProt. Elle atteint aujourd’hui plus de 800'000 demandes par mois. Durant ces 30 dernières années, la banque de données est devenue une source essentielle d’information pour la communauté scientifique. Avec l’arrivée des technologies de haute performance, ella a également évolué de manière substantielle – sans jamais compromettre la qualité. Elle s’est adaptée à la science du 21ème siècle et est résolument tournée vers le futur.

Une série d’articles a été écrite à cette occasion et est également accessible sur notre page internet dédiée.
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LA BIOINFORMATIQUE POUR TOUS
L’Atelier “La pizza métagénomique” 2016
Le SIB propose un grand nombre d’activités parmi lesquelles des ateliers en ligne. A la disposition des enseignants, des étudiants et du grand public, ces ateliers sont accessibles en anglais, français ou allemand. Ils invitent le public à découvrir le rôle primordial que joue la bioinformatique dans les sciences du vivant aujourd’hui. En avril, un article décrivant l’un des ateliers les plus populaires du SIB – “La pizza métagénomique” – qui présente le monde de la bioinformatique aux grand public et aux étudiants, a été publié dans EMBnet.journal.
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Dernier Protein Spotlight: Un assouplissement des habitudes
Nous ne sommes pas seuls. Dès la naissance, nous cohabitons avec une horde de micro-organismes qui, si tout se passe bien, vivent à nos crochets tout en donnant quelque chose en retour. Cet univers microscopique, qui fait partie intégrante de notre physiologie, est appelé le microbiome. Ces dernières années, les scientifiques ont démontré le rôle majeur que le microbiome joue sur notre santé générale: comment il peut influencer notre bien-être tout comme être à l'origine de maladies. Prenez par exemple notre bouche: celle-ci abrite des milliards de micro-organismes avec lesquels nous partageons notre vie au quotidien. More
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AUTOUR DU SIB
SIB Profile 2016 / Rapport annuel 2015
L’étendue des activités du SIB ne cesse de croître dans tous les domaines de la bioinformatique – de la protéomique et la génomique à la métabolomique, en passant par le domaine crucial de la médecine personnalisée. L’un des moments forts du SIB en 2015 a été sa nomination en tant que Centre de Référence pour la Bioinformatique par l’Organisation des Nations Unies pour l’alimentation et l’agriculture (FAO). Durant l’année 2015, cinq nouveaux groupes de recherche ainsi qu’une institution partenaire ont rejoint le SIB, ce qui démontre non seulement l’importance du SIB au sein de l’environnement des sciences du vivant, mais aussi la nécessité d’une telle infrastructure.

Découvrez nos moments phares 2015 dans notre dernier rapport annuel.
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À propos du SIB Institut Suisse de Bioinformatique
Le SIB Institut Suisse de Bioinformatique est une organisation académique à but non lucratif. Sa mission est de diriger et coordonner le domaine de la bioinformatique en Suisse. Ses experts en science des données s’unissent pour faire avancer la recherche biomédicale et améliorer la santé en (i) offrant à la communauté nationale et internationale des sciences de la vie une infrastructure de pointe en bioinformatique, comprenant ressources, expertise et services; (ii) fédérant les chercheurs de classe mondiale et proposant un programme étendu de formation en bioinformatique. Le SIB rassemble quelque 65 groupes de recherche et de services et quelque 800 scientifiques reconnus au niveau international dans les domaines de la génomique, la transcriptomique, la protéomique, l’évolution, la génétique des populations, la biologie des systèmes, la biologie structurale, la biophysique et la bioinformatique clinique.
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