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SIB - Swiss Institute of Bioinformatics

SWISS BIOINFORMATICS

SIB NEWSLETTER - AVRIL 2017

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Prof. Ron Appel
Directeur

ÉDITORIAL

L’année 2017 a bien commencé pour le SIB qui a reçu des marques de reconnaissance réjouissantes. Au niveau national, le gouvernement suisse a décidé de renouveler son soutien financier à notre Institut pour la période 2017-2020, et de fournir le financement permettant au SIB d’assurer des fonctions centrales au sein du Swiss Personalized Health Network (SPHN). Au-delà de nos frontières, le SIB représente aussi la Suisse dans des groupements européens et internationaux visant à assurer la pérennité des infrastructures essentielles aux sciences de la vie.
De telles marques de reconnaissance m’amènent à rappeler ce qui fait l’ADN de notre Institut, qui connaît un développement constant depuis sa création.
La raison d’être du SIB est d’offrir des ressources essentielles et des centres de compétences, comme UniProtKB/Swiss-Prot ou Vital-IT, à la communauté internationale des sciences de la vie. Cette richesse de connaissances et d’expertise permet d’accélérer la recherche dans tous les domaines des sciences de la vie et joue un rôle majeur dans les projets relatifs à la santé personnalisée. Notre Institut fédère aussi près de 800 chercheurs en bioinformatique en Suisse (dont 200 sont employés par le SIB) et dispense une formation de pointe en biologie computationnelle à la communauté des sciences de la vie.
Bienvenue dans cette édition d’avril 2017 de Swiss Bioinformatics.

AU CŒUR DU SIB

Le SIB, membre d’une coalition mondiale pour la préservation de bases de données cruciales

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Le temps est compté pour des bases de données essentielles aux sciences de la vie et à la médecine. Qu’il s’agisse de banques de séquence d’ADN ou de bases de connaissance de protéines, leur pérennité est menacée notamment par des programmes de financement à court terme. Le SIB contribue à traiter cette question au sein d’une coalition mondiale, comme annoncé le mois dernier dans Nature.

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Le nouveau SIB Profile est arrivé

L’an dernier a été riche en développements pour le SIB, que ce soit sur le front de la biocuration, avec l’organisation par le SIB de la 9ème conférence internationale sur ce thème, des nombreux projets menés en santé personnalisée ou encore des nombreuses autres avancées scientifiques rendues possibles par la biologie computationnelle. Découvrez les détails de nos temps forts en 2016 dans notre dernier rapport d’activité.

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Rejoignez-nous sur les réseaux sociaux

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Si vous ne nous suivez pas encore sur Twitter (1,448 followers), Facebook (2,750), LinkedIn (3,536) ou YouTube (154), rejoignez dès à présent la communauté grandissante du SIB et interagissez sur nos réseaux sociaux. Une manière efficace de suivre de près nos activités, notre actualité ou nos vidéos!

FOCUS SUR LA SANTÉ PERSONNALISÉE

Lancement du Swiss Personalized Health Network (SPHN)

Fin 2016, le gouvernement suisse a décidé d’allouer des fonds au SIB dans le cadre de l’initiative SPHN. Torsten Schwede est à la tête du groupe Personalized Health Informatics du SIB qui pilote, depuis janvier 2017, les efforts de l’Institut en qualité de centre de coordination des données du SPHN.

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Vidéos – le SIB et la santé personnalisée

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Découvrez le rôle du SIB dans différentes initiatives liées à la santé: à l’échelle nationale avec les activités du groupe de Bioinformatique Clinique du SIB et le rôle clé de l’Institut dans le Swiss Personalized Health Network, ainsi qu’à l’international avec un partenariat européen mis en place pour lutter contre le diabète.

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OncobenchTM: une journée de gagnée dans la lutte contre le cancer

Dans la lutte contre le cancer, obtenir un diagnostic un jour plus tôt et faire gagner aux professionnels des laboratoires cliniques une journée de travail par semaine présente des avantages à la fois pour les patients, les hôpitaux et l’assurance santé. Une telle avancée a été rendue possible, parmi d’autres, grâce à un outil développé par le SIB et le service de pathologie clinique de l’Hôpital Universitaire de Genève (HUG), selon une récente étude de satisfaction.

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RECHERCHE AU SIB

Prédiction de la propagation géographique de la grippe aviaire

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Une équipe pluridisciplinaire de chercheurs, composée de membres des groupes Swiss-Prot et Vital-IT du SIB, de l’Université Libre de Bruxelles et de l’organisation des Nations Unies pour l’alimentation et l’agriculture (FAO), a publié le premier modèle global permettant de prédire où l’influenza aviaire hautement pathogène est la plus susceptible de se développer une fois introduite. Découvrez les variables sur lesquelles s’appuie le modèle.

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Pourquoi suis-je plus petit que toi?

La réponse tient en partie à notre régime alimentaire et à notre environnement, mais surtout à notre ADN (80%). Une récente étude a ramené le nombre de modifications candidates à 83 variants, dont certains affectant la taille de plus de 2 cm. Plus de 300 scientifiques, dont les chefs de groupes SIB Zoltán Kutalik, co-chercheur principal de l’article, et Sven Bergmann, ont collaboré pour savoir ce qui fait que nous sommes grands ou petits.

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Le SIB accélère la lutte contre le diabète

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La découverte de molécules permettant de détecter le diabète de type 2 jusqu’à neuf ans avant son diagnostic est le résultat d’un projet collaboratif paneuropéen intitulé IMIDIA, dans lequel le SIB est étroitement impliqué depuis 2010. Cette avancée et d’autres ont été compilées dans deux publications récentes qui marquent le succès du projet, un partenariat public-privé de l’Initiative en matière de médicaments innovants (IMI).

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LA BIOINFORMATIQUE POUR TOUS

Les médicaments de demain à portée de main

Développé par le SIB, l’atelier Drug Design (plateforme didactique en ligne basée sur des outils professionnels) a déjà permis à plus de 1500 personnes de s’initier à la création des médicaments du futur. Il a reçu le soutien de l’Agora, programme de financement pour la communication scientifique du Fonds National Suisse. Une présentation de ce concept aux enseignants est disponible en ligne.

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Réservez vos dates pour une sortie en famille!

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Le SIB présentera prochainement la science des données au public. Rejoignez-nous: les 20 et 21 mai aux portes ouvertes de l’Université de Lausanne, autour des activités «Dessine-moi un médicament»; le 20 mai au musée d’Histoire des Sciences de Genève, pendant La Nuit des Musées, pour découvrir les espèces cachées dans un gâteau; le 16 mai au vernissage de l’exposition Images de Sciences de ce même musée, pour aborder la bioinformatique en images.

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Dernier Protein Spotlight: Quelque chose d’autre

Le couteau a été conçu pour couper. Pourtant, nous nous en servons aussi pour ouvrir des enveloppes, ou encore comme ouvre-boîte. La nature aussi détourne parfois ses créations de leur rôle initial. C’est exactement ce qui s’est passé avec une protéine du nom d’ostéocrine. L’ostéocrine a été découverte dans les os. Près de dix ans plus tard, les scientifiques ont découvert qu’elle était aussi présente dans le cerveau des primates…

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